seq1 = pF1KB6561.tfa, 1122 bp
seq2 = pF1KB6561/gi568815597f_143776045.tfa (gi568815597f:143776045_143983572), 207528 bp

>pF1KB6561 1122
>gi568815597f:143776045_143983572 (Chr1)

1-31  (98749-98779)   100% ->
32-52  (99175-99195)   100% ->
53-307  (100008-100262)   99% ->
308-559  (104393-104647)   96% ->
560-844  (106069-106352)   99% ->
845-1122  (107251-107528)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGTTCTTGACAACTCTGCTCCTTTGGG         TTCCAGTTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  98749 ATGTGGTTCTTGACAACTCTGCTCCTTTGGGGTA...CAGTTCCAGTTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TGGGCAAGTGG         ACACCACAAAGGCAGTGATCACTTTGCAGC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
  99185 TGGGCAAGTGGGTG...TAGACACCACAAAGGCAGTGATCACTTTGCAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 CTCCATGGGTCAGCGTGTTCCAAGAGGAAACCGTAACCTTGCACTGTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100038 CTCCATGGGTCAGCGTGTTCCAAGAGGAAACCGTAACCTTGCACTGTGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTGCTCCATCTGCCTGGGAGTAGCTCTACACAGTGGTTTCTCAATGGCAC
        |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||
 100088 GTGCTCCATCTGCCTGGGAGCAGCTCCACACAGTGGTTTCTCAATGGCAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGCCACTCAGACCTCGACCCCCAGCTACAGAATCACCTCTGCCAGTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100138 AGCCACTCAGACCTCGACCCCCAGCTACAGAATCACCTCTGCCAGTGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGACAGTGGTGAATACAGGTGCCAGAGAGGTCTCTCAGGGCGAAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100188 ATGACAGTGGTGAATACAGGTGCCAGAGAGGTCTCTCAGGGCGAAGTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCCATACAGCTGGAAATCCACAGAG         GCTGGCTACTACTGCA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||| |||||||||
 100238 CCCATACAGCTGGAAATCCACAGAGGTA...CAGGCTGGCCACTACTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTCTCCAGCAGAGTCTTCACGGAAGGAGAACCTCTGGCCTTGAGGTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104409 GGTCTCCAGCAGAGTCTTCACGGAAGGAGAACCTCTGGCCTTGAGGTGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGCGTGGAAGGATAAGCTGGTGTACAATGTGCTTTACTATCGAAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104459 ATGCGTGGAAGGATAAGCTGGTGTACAATGTGCTTTACTATCGAAATGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAAGCCTTTAAGTTTTTCCACTGGAATTCTAACCTCACCATTCTGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104509 AAAGCCTTTAAGTTTTTCCACTGGAATTCTAACCTCACCATTCTGAAAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAACATAAGTCACAATGGCACCTACCATTGCTCAGGCATGGGAAAGCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 104559 CAACATAAGTCACAATGGCACCTACCATTGCTCAGGCAAGGGAAAGCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCTACACATCAGCAGGAATATC  TGT CACTGTGAAAG         AG
         |||||||||||||||||||||--  |-|||||||||||>>>...>>>||
 104609 ACTACACATCAGCAGGAATATCACAATACACTGTGAAAGGTA...TAGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    562 CTATTTCCAGCTCCAGTGCTGAATGCATCTGTGACATCCCCACTCCTGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||-
 106071 CTATTTCCAGCTCCAGTGCTGAATGCATCTGTGACATCCCCACTCCTGG 

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    612 GGGGAATCTGGTCACCCTGAGCTGTGAAACAAAGTTGCTCTTGCAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106120 GGGGAATCTGGTCACCCTGAGCTGTGAAACAAAGTTGCTCTTGCAGAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662 CTGGTTTGCAGCTTTACTTCTCCTTCTACATGGGCAGCAAGACCCTGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106170 CTGGTTTGCAGCTTTACTTCTCCTTCTACATGGGCAGCAAGACCCTGCGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712 GGCAGGAACACATCCTCTGAATACCAAATACTAACTGCTAGAAGAGAAGA
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
 106220 GGCAGGAACACATCCTCTGAATACTAAATACTAACTGCTAGAAGAGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    762 CTCTGGGTTATACTGGTGCGAGGCTGCCACAGAGGATGGAAATGTCCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106270 CTCTGGGTTATACTGGTGCGAGGCTGCCACAGAGGATGGAAATGTCCTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    812 AGCGCAGCCCTGAGTTGGAGCTTCAAGTGCTTG         GCCTCCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106320 AGCGCAGCCCTGAGTTGGAGCTTCAAGTGCTTGGTG...CAGGCCTCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    853 TTACCAACTCCTGTCTGGTTTCATGTCCTTTTCTATCTGGCAGTGGGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107259 TTACCAACTCCTGTCTGGTTTCATGTCCTTTTCTATCTGGCAGTGGGAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    903 AATGTTTTTAGTGAACACTGTTCTCTGGGTGACAATACGTAAAGAACTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107309 AATGTTTTTAGTGAACACTGTTCTCTGGGTGACAATACGTAAAGAACTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    953 AAAGAAAGAAAAAGTGGGATTTAGAAATCTCTTTGGATTCTGGTCATGAG
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 107359 AAAGAAAGAAAAAGTGGAATTTAGAAATCTCTTTGGATTCTGGTCATGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1003 AAGAAGGTAATTTCCAGCCTTCAAGAAGACAGACATTTAGAAGAAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107409 AAGAAGGTAATTTCCAGCCTTCAAGAAGACAGACATTTAGAAGAAGAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1053 GAAATGTCAGGAACAAAAAGAAGAACAGCTGCAGGAAGGGGTGCACCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107459 GAAATGTCAGGAACAAAAAGAAGAACAGCTGCAGGAAGGGGTGCACCGGA

   1150     .    :    .    :
   1103 AGGAGCCCCAGGGGGCCACG
        ||||||||||||||||||||
 107509 AGGAGCCCCAGGGGGCCACG