seq1 = pF1KB6559.tfa, 1119 bp
seq2 = pF1KB6559/gi568815597f_15664984.tfa (gi568815597f:15664984_15884658), 219675 bp

>pF1KB6559 1119
>gi568815597f:15664984_15884658 (Chr1)

1-250  (100001-100250)   100% ->
251-438  (102393-102580)   100% ->
439-541  (103545-103647)   100% ->
542-711  (105426-105595)   99% ->
712-890  (109635-109813)   100% ->
891-1008  (112187-112304)   100% ->
1009-1119  (119565-119675)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCAAAGCCTGAGAAGAGGGTGGCATCGTCTGTCTTTATCACCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCAAAGCCTGAGAAGAGGGTGGCATCGTCTGTCTTTATCACCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCACCCCCGCGCCGCGATGTGGCCGTGGCGGAGGAAGTGAGGCAGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCACCCCCGCGCCGCGATGTGGCCGTGGCGGAGGAAGTGAGGCAGGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTTGTGAGGCCCGGCGTGGCCGCCCCTGGGAGGCTCCTGCCCCCATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTTGTGAGGCCCGGCGTGGCCGCCCCTGGGAGGCTCCTGCCCCCATGAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACACCCGAGGCTGGCTTGGCGGGGAGGCCCAGCCCCTGGACAACCCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACACCCGAGGCTGGCTTGGCGGGGAGGCCCAGCCCCTGGACAACCCCTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAGAGCTGCAGCCACAGTGCCGGCTGCACCTATGCAGCTCTTCAATGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAGAGCTGCAGCCACAGTGCCGGCTGCACCTATGCAGCTCTTCAATGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251          GATGCCCACCCCCTCCTCCTGTCCTGGATGGTGAGGACGTG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GTA...CAGGATGCCCACCCCCTCCTCCTGTCCTGGATGGTGAGGACGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTCCTGACCTGGACCTCCTCCCACCCCCTCCACCGCCCCCTCCAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102434 CTTCCTGACCTGGACCTCCTCCCACCCCCTCCACCGCCCCCTCCAGTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TCTGCCTTCTGAAGAGGAGGCTCCTGCTCCAATGGGGGCCTCACTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102484 TCTGCCTTCTGAAGAGGAGGCTCCTGCTCCAATGGGGGCCTCACTCATTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CAGACTTAGAGCAGCTGCACCTGTCCCCGCCCCCGCCCCCACCACAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102534 CAGACTTAGAGCAGCTGCACCTGTCCCCGCCCCCGCCCCCACCACAGGTA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    439       GCCCCAGCGGAGGGACCTTCAGTCCAGCCCGGTCCCCTCAGGCC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102584 ...CAGGCCCCAGCGGAGGGACCTTCAGTCCAGCCCGGTCCCCTCAGGCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 CATGGAGGAAGAGCTGCCACCTCCCCCGGCAGAACCTGTTGAGAAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103589 CATGGAGGAAGAGCTGCCACCTCCCCCGGCAGAACCTGTTGAGAAAGGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CATCCACAG         ACATCTGTGCCTTCTGCCACAAGACCGTGTTC
        |||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||| |
 103639 CATCCACAGGTA...CAGACATCTGTGCCTTCTGCCACAAGACCGTGTCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCCCGAGAGCTGGCTGTGGAGGCCATGAAGAGGCAGTACCATGCCCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105458 CCCCGAGAGCTGGCTGTGGAGGCCATGAAGAGGCAGTACCATGCCCAGTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CTTCACGTGCCGCACCTGCCGCCGCCAGCTGGCTGGGCAGAGCTTCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105508 CTTCACGTGCCGCACCTGCCGCCGCCAGCTGGCTGGGCAGAGCTTCTACC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AGAAGGATGGGCGACCCCTCTGCGAACCCTGCTACCAG         GAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 105558 AGAAGGATGGGCGACCCCTCTGCGAACCCTGCTACCAGGTA...TAGGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACACTGGAGAGGTGCGGCAAGTGTGGCGAGGTGGTCCGGGACCACATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109638 ACACTGGAGAGGTGCGGCAAGTGTGGCGAGGTGGTCCGGGACCACATCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAGGGCCCTGGGCCAGGCCTTCCACCCCTCCTGCTTCACGTGTGTGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109688 CAGGGCCCTGGGCCAGGCCTTCCACCCCTCCTGCTTCACGTGTGTGACCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GCGCCCGGTGCATTGGGGATGAGAGCTTTGCCCTGGGCAGCCAGAACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109738 GCGCCCGGTGCATTGGGGATGAGAGCTTTGCCCTGGGCAGCCAGAACGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GTGTACTGCCTGGACGACTTCTACAG         GAAATTCGCCCCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 109788 GTGTACTGCCTGGACGACTTCTACAGGTA...TAGGAAATTCGCCCCCGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTGCAGCATCTGTGAAAATCCCATCATCCCTCGGGATGGGAAAGATGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112202 CTGCAGCATCTGTGAAAATCCCATCATCCCTCGGGATGGGAAAGATGCCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 TCAAAATCGAATGCATGGGAAGAAACTTCCATGAAAATTGCTACAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112252 TCAAAATCGAATGCATGGGAAGAAACTTCCATGAAAATTGCTACAGGTGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 GAG         GACTGCAGGATCCTCCTGTCTGTCGAGCCCACGGACCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112302 GAGGTG...CAGGACTGCAGGATCCTCCTGTCTGTCGAGCCCACGGACCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGGCTGCTACCCCCTGAACAACCATCTCTTCTGCAAGCCATGCCATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119603 AGGCTGCTACCCCCTGAACAACCATCTCTTCTGCAAGCCATGCCATGTGA

   1150     .    :    .    :
   1097 AGCGGAGTGCTGCGGGGTGCTGC
        |||||||||||||||||||||||
 119653 AGCGGAGTGCTGCGGGGTGCTGC