seq1 = pF1KB6557.tfa, 1116 bp
seq2 = pF1KB6557/gi568815589r_34452163.tfa (gi568815589r:34452163_34668981), 216819 bp

>pF1KB6557 1116
>gi568815589r:34452163_34668981 (Chr9)

(complement)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-319  (104150-104383)   100% ->
320-437  (110998-111115)   100% ->
438-604  (111290-111456)   100% ->
605-768  (112564-112727)   100% ->
769-949  (116128-116308)   100% ->
950-1116  (116653-116819)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCTCCTGTCCCGTGGGCCTGCTGTGCTGTGCTTGCCGCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTGCTCCTGTCCCGTGGGCCTGCTGTGCTGTGCTTGCCGCCGCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCAGTTGTCTACGCCCAGAGACACAGTCCACAGG         AGGCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 CGCAGTTGTCTACGCCCAGAGACACAGTCCACAGGGTG...CAGAGGCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCATGTGCAGTACGAGCGCCTGGGCTCTGACGTGACACTGCCATGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104156 CCCATGTGCAGTACGAGCGCCTGGGCTCTGACGTGACACTGCCATGTGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACAGCAAACTGGGATGCTGCGGTGACGTGGCGGGTAAATGGGACAGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104206 ACAGCAAACTGGGATGCTGCGGTGACGTGGCGGGTAAATGGGACAGACCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGCCCCTGACCTGCTCAACGGCTCTCAGCTGGTGCTCCATGGCCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104256 GGCCCCTGACCTGCTCAACGGCTCTCAGCTGGTGCTCCATGGCCTGGAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGGGCCACAGTGGCCTCTACGCCTGCTTCCACCGTGACTCCTGGCACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104306 TGGGCCACAGTGGCCTCTACGCCTGCTTCCACCGTGACTCCTGGCACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CGCCACCAAGTCCTGCTGCATGTGGGCT         TGCCGCCGCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 104356 CGCCACCAAGTCCTGCTGCATGTGGGCTGTA...CAGTGCCGCCGCGGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCCTGTGCTCAGCTGCCGCTCCAACACTTACCCCAAGGGCTTCTACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111011 GCCTGTGCTCAGCTGCCGCTCCAACACTTACCCCAAGGGCTTCTACTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCTGGCATCTGCCCACCCCCACCTACATTCCCAACACCTTCAATGTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111061 GCTGGCATCTGCCCACCCCCACCTACATTCCCAACACCTTCAATGTGACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGCT         GCATGGCTCCAAAATTATGGTCTGTGAGAAGGACCC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111111 GTGCTGTG...CAGGCATGGCTCCAAAATTATGGTCTGTGAGAAGGACCC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGCCCTCAAGAACCGCTGCCACATTCGCTACATGCACCTGTTCTCCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111326 AGCCCTCAAGAACCGCTGCCACATTCGCTACATGCACCTGTTCTCCACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCAAGTACAAGGTCTCCATAAGTGTCAGCAATGCCCTGGGCCACAATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111376 TCAAGTACAAGGTCTCCATAAGTGTCAGCAATGCCCTGGGCCACAATGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACAGCTATCACCTTTGACGAGTTCACCATTG         TGAAGCCTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111426 ACAGCTATCACCTTTGACGAGTTCACCATTGGTA...CAGTGAAGCCTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCCTCCAGAAAATGTGGTAGCCCGGCCAGTGCCCAGCAACCCTCGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112574 TCCTCCAGAAAATGTGGTAGCCCGGCCAGTGCCCAGCAACCCTCGCCGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGAGGTGACGTGGCAGACCCCCTCGACCTGGCCTGACCCTGAGTCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112624 TGGAGGTGACGTGGCAGACCCCCTCGACCTGGCCTGACCCTGAGTCTTTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCTCTCAAGTTCTTTCTGCGCTACCGACCCCTCATCCTGGACCAGTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112674 CCTCTCAAGTTCTTTCTGCGCTACCGACCCCTCATCCTGGACCAGTGGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCAT         GTGGAGCTGTCCGACGGCACAGCACACACCATCACAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112724 GCATGTG...CAGGTGGAGCTGTCCGACGGCACAGCACACACCATCACAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGCCTACGCCGGGAAGGAGTACATTATCCAGGTGGCAGCCAAGGACAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116165 ATGCCTACGCCGGGAAGGAGTACATTATCCAGGTGGCAGCCAAGGACAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGATTGGGACATGGAGTGACTGGAGCGTAGCCGCCCACGCTACGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116215 GAGATTGGGACATGGAGTGACTGGAGCGTAGCCGCCCACGCTACGCCCTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GACTGAGGAACCGCGACACCTCACCACGGAGGCCCAGGCTGCGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 116265 GACTGAGGAACCGCGACACCTCACCACGGAGGCCCAGGCTGCGGGTG...

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    950    AGACCACGACCAGCACCACCAGCTCCCTGGCACCCCCACCTACCACG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116650 CAGAGACCACGACCAGCACCACCAGCTCCCTGGCACCCCCACCTACCACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAGATCTGTGACCCTGGGGAGCTGGGCAGCGGCGGGGGACCCTCGGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116700 AAGATCTGTGACCCTGGGGAGCTGGGCAGCGGCGGGGGACCCTCGGCACC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTTCTTGGTCAGCGTCCCCATCACTCTGGCCCTGGCTGCCGCTGCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116750 CTTCTTGGTCAGCGTCCCCATCACTCTGGCCCTGGCTGCCGCTGCCGCCA

   1150     .    :    .    :
   1097 CTGCCAGCAGTCTCTTGATC
        ||||||||||||||||||||
 116800 CTGCCAGCAGTCTCTTGATC