seq1 = pF1KB6555.tfa, 1116 bp
seq2 = pF1KB6555/gi568815587f_12277648.tfa (gi568815587f:12277648_12627922), 350275 bp

>pF1KB6555 1116
>gi568815587f:12277648_12627922 (Chr11)

1-136  (100001-100136)   100% ->
137-226  (196098-196187)   100% ->
227-297  (196266-196336)   100% ->
298-400  (200200-200302)   100% ->
401-541  (218811-218951)   100% ->
542-657  (226667-226782)   100% ->
658-716  (230937-230995)   100% ->
717-736  (233867-233886)   100% ->
737-798  (235652-235713)   100% ->
799-867  (236350-236418)   100% ->
868-969  (239963-240064)   100% ->
970-1042  (240798-240870)   100% ->
1043-1116  (250202-250275)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCTCCCCGCAGAAGTCGCCTTCTGTCCCCAAGTCTCCCACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCACCTCCCCGCAGAAGTCGCCTTCTGTCCCCAAGTCTCCCACTCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGTCGCCCCCGTCCCGCAAGAAAGATGATTCCTTCTTGGGGAAACTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGTCGCCCCCGTCCCGCAAGAAAGATGATTCCTTCTTGGGGAAACTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGGGACCCTGGCCCGGAGGAAGAAAGCCAAGGAGG         TGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100101 GAGGGACCCTGGCCCGGAGGAAGAAAGCCAAGGAGGGTG...CAGTGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAGCTGCAGGAGGAGGGAATGAACGCCATCAACCTGCCCCTCAGCCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196103 GAGCTGCAGGAGGAGGGAATGAACGCCATCAACCTGCCCCTCAGCCCAAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCCCTTTGAGCTGGACCCCGAGGACACGATGCTGG         AGGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 196153 TCCCTTTGAGCTGGACCCCGAGGACACGATGCTGGGTA...AAGAGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGAGGTGCGAACAATGGTGGATCCAAACTCACGCAGTGACCCCAAGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196272 ATGAGGTGCGAACAATGGTGGATCCAAACTCACGCAGTGACCCCAAGCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAGAACTGATGAAG         GTATTAATTGACTGGATTAATGATGT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 196322 CAAGAACTGATGAAGGTA...TAGGTATTAATTGACTGGATTAATGATGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GTTGGTTGGAGAAAGAATCATTGTGAAAGACCTAGCTGAAGATTTGTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200226 GTTGGTTGGAGAAAGAATCATTGTGAAAGACCTAGCTGAAGATTTGTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGGACAAGTCCTGCAGAAGCTTTTCG         AGAAACTGGAGAGT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 200276 ATGGACAAGTCCTGCAGAAGCTTTTCGGTA...CAGAGAAACTGGAGAGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GAGAAGCTAAATGTGGCTGAGGTCACCCAGTCAGAGATTGCTCAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218825 GAGAAGCTAAATGTGGCTGAGGTCACCCAGTCAGAGATTGCTCAGAAGCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AAAACTGCAGACTGTCCTGGAGAAGATCAATGAAACCCTGAAACTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 218875 AAAACTGCAGACTGTCCTGGAGAAGATCAATGAAACCCTGAAACTTCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCAGGAGCATCAAGTGGAATGTGGATT         CTGTTCATGCCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 218925 CCAGGAGCATCAAGTGGAATGTGGATTGTG...CAGCTGTTCATGCCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGCCTGGTGGCCATCTTACACCTGCTCGTTGCTCTGTCTCAGTATTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226681 AGCCTGGTGGCCATCTTACACCTGCTCGTTGCTCTGTCTCAGTATTTCCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CGCACCAATTCGACTCCCAGACCATGTTTCCATCCAAGTGGTTGTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226731 CGCACCAATTCGACTCCCAGACCATGTTTCCATCCAAGTGGTTGTGGTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AG         AAACGAGAAGGAATCCTCCAGTCTCGGCAAATCCAAGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 226781 AGGTA...CAGAAACGAGAAGGAATCCTCCAGTCTCGGCAAATCCAAGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAATAACTGGTAACACAGA         GGCTCTTTCCGGGAGGCATG 
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||>
 230976 GAAATAACTGGTAACACAGAGTA...CAGGGCTCTTTCCGGGAGGCATGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    737         AACGTGATGCCTTTGACACCTTGTTCGACCATGCCCCAGACA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 233888 TA...CAGAACGTGATGCCTTTGACACCTTGTTCGACCATGCCCCAGACA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 AGCTGAATGTGGTGAAAAAG         ACACTCATCACTTTCGTGAAC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 235694 AGCTGAATGTGGTGAAAAAGGTG...TAGACACTCATCACTTTCGTGAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 AAGCACCTGAATAAACTGAACCTGGAGGTCACAGAACTGGAAACCCAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 236371 AAGCACCTGAATAAACTGAACCTGGAGGTCACAGAACTGGAAACCCAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    868        TTTGCAGATGGGGTGTACCTGGTGCTGCTCATGGGGCTCCTGG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 236421 G...CAGTTTGCAGATGGGGTGTACCTGGTGCTGCTCATGGGGCTCCTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 AGGGCTACTTTGTGCCCCTGCACAGCTTCTTCCTGACCCCGGACAGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 240006 AGGGCTACTTTGTGCCCCTGCACAGCTTCTTCCTGACCCCGGACAGCTTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 GAACAGAAG         GTCTTGAATGTCTCCTTTGCCTTTGAGCTCAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 240056 GAACAGAAGGTA...CAGGTCTTGAATGTCTCCTTTGCCTTTGAGCTCAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1002 GCAAGATGGAGGGTTGGAAAAGCCAAAACCGCGGCCAGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 240830 GCAAGATGGAGGGTTGGAAAAGCCAAAACCGCGGCCAGAAGGTA...CAG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 ACATAGTCAACTGTGACCTGAAATCTACACTACGAGTGTTGTACAACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 250202 ACATAGTCAACTGTGACCTGAAATCTACACTACGAGTGTTGTACAACCTC

   1200     .    :    .    :
   1093 TTCACCAAGTACCGTAACGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||
 250252 TTCACCAAGTACCGTAACGTGGAG