seq1 = pF1KB6554.tfa, 1173 bp
seq2 = pF1KB6554/gi568815587r_11251947.tfa (gi568815587r:11251947_11453119), 201173 bp

>pF1KB6554 1173
>gi568815587r:11251947_11453119 (Chr11)

(complement)

1-1173  (100001-101173)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGGACCCGTGCCAAGCAGGGCCAGAGTTTACACAGATGTTAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCGGGACCCGTGCCAAGCAGGGCCAGAGTTTACACAGATGTTAATAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACACAGACCTCGAGAATACTGGGATTACGAGTCACATGTGGTGGAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACACAGACCTCGAGAATACTGGGATTACGAGTCACATGTGGTGGAATGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAAATCAAGATGACTACCAGCTGGTTCGAAAATTAGGCCGAGGTAAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAAATCAAGATGACTACCAGCTGGTTCGAAAATTAGGCCGAGGTAAATAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTGAAGTATTTGAAGCCATCAACATCACAAATAATGAAAAAGTTGTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGTGAAGTATTTGAAGCCATCAACATCACAAATAATGAAAAAGTTGTTGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TAAAATTCTCAAGCCAGTAAAAAAGAAGAAAATTAAGCGTGAAATAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TAAAATTCTCAAGCCAGTAAAAAAGAAGAAAATTAAGCGTGAAATAAAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TTTTGGAGAATTTGAGAGGAGGTCCCAACATCATCACACTGGCAGACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TTTTGGAGAATTTGAGAGGAGGTCCCAACATCATCACACTGGCAGACATT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTAAAAGACCCTGTGTCACGAACCCCCGCCTTGGTTTTTGAACACGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTAAAAGACCCTGTGTCACGAACCCCCGCCTTGGTTTTTGAACACGTAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CAACACAGACTTCAAGCAATTGTACCAGACGTTAACAGACTATGATATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CAACACAGACTTCAAGCAATTGTACCAGACGTTAACAGACTATGATATTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GATTTTACATGTATGAGATTCTGAAGGCCCTGGATTATTGTCACAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GATTTTACATGTATGAGATTCTGAAGGCCCTGGATTATTGTCACAGCATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GGAATTATGCACAGAGATGTCAAGCCCCATAATGTCATGATTGATCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GGAATTATGCACAGAGATGTCAAGCCCCATAATGTCATGATTGATCATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GCACAGAAAGCTACGACTAATAGACTGGGGTTTGGCTGAGTTTTATCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GCACAGAAAGCTACGACTAATAGACTGGGGTTTGGCTGAGTTTTATCATC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CTGGCCAAGAATATAATGTCCGAGTTGCTTCCCGATACTTCAAAGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CTGGCCAAGAATATAATGTCCGAGTTGCTTCCCGATACTTCAAAGGTCCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GAGCTACTTGTAGACTATCAGATGTACGATTATAGTTTGGATATGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GAGCTACTTGTAGACTATCAGATGTACGATTATAGTTTGGATATGTGGAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 TTTGGGTTGTATGCTGGCAAGTATGATCTTTCGGAAGGAGCCATTTTTCC
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATTGGGTTGTATGCTGGCAAGTATGATCTTTCGGAAGGAGCCATTTTTCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATGGACATGACAATTATGATCAGTTGGTGAGGATAGCCAAGGTTCTGGGG
        |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 100701 ATGGACGTGACAATTATGATCAGTTGGTGAGGATAGCCAAGTTTCTGGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 ACAGAAGATTTATATGACTATATTGACAAATACAACATTGAATTAGATCC
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 ACAGAAGATTTATATGGCTATATTGACAAATACAACATTGAATTAGATCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACGTTTCAATGATATCTTGGGCAGACACTCTCGAAAGCGATGGGAACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACGTTTCAATGATATCTTGGGCAGACACTCTCGAAAGCGATGGGAACGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTGTCCACAGTGAAAATCAGCACCTTGTCAGCCCTGAGGCCTTGGATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 TTGTCCACAGTGAAAATCAGCACCTTGTCAGCCCTGAGGCCTTGGATTTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 CTGGACAAACTGCTGCGATATGACCACCAGTCACGGCTTACTGCAAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 CTGGACAAACTGCTGCGATATGACCACCAGTCACGGCTTACTGCAAGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GGCAATGGAGCACCCCTATTTCTACACTGTTGTGAAGGACCAGGCTCGAA
        ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GGCCATGGAGCACCCCTATTTCTACACTGTTGTGAAGGACCAGGCTCGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 TGGGTTCATCTAGCATGCCAGGGGGCAGTACGCCCGTCAGCAGCGCCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 TGGGTTCATCTAGCATGCCAGGGGGCAGTACGCCCGTCAGCAGCGCCAAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 ATGATGTCAGGGATTTCTTCAGTGCCAACCCCTTCACCCCTTGGACCTCT
         |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 101051 GTGATGTCAGGGATTTCTTCAGTGCCAACTCCTTCACCCCTTGGACCTCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 GGCAGGCTCACCAGTGATTGCTGCTGCCAACCCCCTTGGGATGCCTGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 GGCAGGCTCACCAGTGATTGCTGCTGCCAACCCCCTTGGGATGCCTGTTC

   1150     .    :    .    :
   1151 CAGCTGCCGCTGGCGCTCAGCAG
        |||||||| ||||||||||||||
 101151 CAGCTGCCACTGGCGCTCAGCAG