seq1 = pF1KB6553.tfa, 1113 bp
seq2 = pF1KB6553/gi568815575f_153805531.tfa (gi568815575f:153805531_154006725), 201195 bp

>pF1KB6553 1113
>gi568815575f:153805531_154006725 (ChrX)

1-25  (99616-99640)   100% ->
26-910  (100002-100886)   100% ->
911-1113  (100993-101195)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTCATGGCGTCCACCACTTCCG         CTGTGCCTGGGCATCC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
  99616 ATGCTCATGGCGTCCACCACTTCCGGTA...CAGCTGTGCCTGGGCATCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTCTCTGCCCAGCCTGCCCAGCAACAGCAGCCAGGAGAGGCCACTGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100018 CTCTCTGCCCAGCCTGCCCAGCAACAGCAGCCAGGAGAGGCCACTGGACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCCGGGACCCGCTGCTAGCCCGGGCGGAGCTGGCGCTGCTCTCCATAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100068 CCCGGGACCCGCTGCTAGCCCGGGCGGAGCTGGCGCTGCTCTCCATAGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGTGGCTGTGGCCCTGAGCAATGGCCTGGTGCTGGCGGCCCTAGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100118 TTTGTGGCTGTGGCCCTGAGCAATGGCCTGGTGCTGGCGGCCCTAGCTCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCGGGGCCGGCGGGGCCACTGGGCACCCATACACGTCTTCATTGGCCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100168 GCGGGGCCGGCGGGGCCACTGGGCACCCATACACGTCTTCATTGGCCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGTGCCTGGCCGACCTGGCCGTGGCTCTGTTCCAAGTGCTGCCCCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100218 TGTGCCTGGCCGACCTGGCCGTGGCTCTGTTCCAAGTGCTGCCCCAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCTGGAAGGCCACCGACCGCTTCCGTGGGCCAGATGCCCTGTGTCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100268 GCCTGGAAGGCCACCGACCGCTTCCGTGGGCCAGATGCCCTGTGTCGGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CGTGAAGTATCTGCAGATGGTGGGCATGTATGCCTCCTCCTACATGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100318 CGTGAAGTATCTGCAGATGGTGGGCATGTATGCCTCCTCCTACATGATCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGCCATGACGCTGGACCGCCACCGTGCCATCTGCCGTCCCATGCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100368 TGGCCATGACGCTGGACCGCCACCGTGCCATCTGCCGTCCCATGCTGGCG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 TACCGCCATGGAAGTGGGGCTCACTGGAACCGGCCGGTGCTAGTGGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100418 TACCGCCATGGAAGTGGGGCTCACTGGAACCGGCCGGTGCTAGTGGCTTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 GGCCTTCTCGCTCCTTCTCAGCCTGCCCCAGCTCTTCATCTTCGCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100468 GGCCTTCTCGCTCCTTCTCAGCCTGCCCCAGCTCTTCATCTTCGCCCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GCAACGTGGAAGGTGGCAGCGGGGTCACTGACTGCTGGGCCTGCTTTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100518 GCAACGTGGAAGGTGGCAGCGGGGTCACTGACTGCTGGGCCTGCTTTGCG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 GAGCCCTGGGGCCGTCGCACCTATGTCACCTGGATTGCCCTGATGGTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100568 GAGCCCTGGGGCCGTCGCACCTATGTCACCTGGATTGCCCTGATGGTGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CGTGGCACCTACCCTGGGTATCGCCGCCTGCCAGGTGCTCATCTTCCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100618 CGTGGCACCTACCCTGGGTATCGCCGCCTGCCAGGTGCTCATCTTCCGGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 AGATTCATGCCAGTCTGGTGCCAGGGCCATCAGAGAGGCCTGGGGGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100668 AGATTCATGCCAGTCTGGTGCCAGGGCCATCAGAGAGGCCTGGGGGGCGC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGCAGGGGACGCCGGACAGGCAGCCCCGGTGAGGGAGCCCACGTGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100718 CGCAGGGGACGCCGGACAGGCAGCCCCGGTGAGGGAGCCCACGTGTCAGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 AGCTGTGGCCAAGACTGTGAGGATGACGCTAGTGATTGTGGTCGTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100768 AGCTGTGGCCAAGACTGTGAGGATGACGCTAGTGATTGTGGTCGTCTATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TGCTGTGCTGGGCACCCTTCTTCCTGGTGCAGCTGTGGGCCGCGTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100818 TGCTGTGCTGGGCACCCTTCTTCCTGGTGCAGCTGTGGGCCGCGTGGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 CCGGAGGCACCTCTGGAAG         GGGCGCCCTTTGTGCTACTCAT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100868 CCGGAGGCACCTCTGGAAGGTG...CAGGGGCGCCCTTTGTGCTACTCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GTTGCTGGCCAGCCTCAACAGCTGCACCAACCCCTGGATCTATGCATCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101015 GTTGCTGGCCAGCCTCAACAGCTGCACCAACCCCTGGATCTATGCATCTT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TCAGCAGCAGCGTGTCCTCAGAGCTGCGAAGCTTGCTCTGCTGTGCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101065 TCAGCAGCAGCGTGTCCTCAGAGCTGCGAAGCTTGCTCTGCTGTGCCCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GGACGCACCCCACCCAGCCTGGGTCCCCAAGATGAGTCCTGCACCACCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101115 GGACGCACCCCACCCAGCCTGGGTCCCCAAGATGAGTCCTGCACCACCGC

   1100     .    :    .    :    .    :
   1083 CAGCTCCTCCCTGGCCAAGGACACTTCATCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 101165 CAGCTCCTCCCTGGCCAAGGACACTTCATCG