seq1 = pF1KB6548.tfa, 1176 bp
seq2 = pF1KB6548/gi568815596r_20518990.tfa (gi568815596r:20518990_20745508), 226519 bp

>pF1KB6548 1176
>gi568815596r:20518990_20745508 (Chr2)

(complement)

1-32  (94446-94477)   100% ->
33-198  (100004-100169)   100% ->
199-406  (104329-104536)   100% ->
407-623  (106857-107073)   100% ->
624-784  (120617-120777)   99% ->
785-920  (121478-121613)   99% ->
921-1176  (126264-126519)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGTCCCCGGCGGTGCTCGTCACCTCCAG         GCGACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
  94446 ATGCAGTCCCCGGCGGTGCTCGTCACCTCCAGGTG...CAGGCGACTTCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAATGCCCACACTGGCCTCGACCTGACTGTGCCCCAGCACCAGGAGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 GAATGCCCACACTGGCCTCGACCTGACTGTGCCCCAGCACCAGGAGGTAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GGGGCAAGATGATGTCTGGACACGTGGAGTACCAGATCCTGGTGGTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100063 GGGGCAAGATGATGTCTGGACACGTGGAGTACCAGATCCTGGTGGTGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGTCTGGCTGCGTTCAAGTCGGCCAAGCACAGGCCCGAGGATGTCGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100113 CGTCTGGCTGCGTTCAAGTCGGCCAAGCACAGGCCCGAGGATGTCGTCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTTCTTG         GTCTCCAAAAAGTACAGCGAGATTGAGGAGTTTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100163 GTTCTTGGTG...CAGGTCTCCAAAAAGTACAGCGAGATTGAGGAGTTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACCAGAAACTGAGCAGTCGTTATGCAGCAGCCAGCCTCCCCCCACTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104363 ACCAGAAACTGAGCAGTCGTTATGCAGCAGCCAGCCTCCCCCCACTACCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AGGAAGGTCCTGTTTGTTGGGGAGTCTGACATCCGGGAGAGGAGAGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104413 AGGAAGGTCCTGTTTGTTGGGGAGTCTGACATCCGGGAGAGGAGAGCCGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTTCAATGAGATCCTGCGCTGTGTCTCCAAGGATGCCGAGTTGGCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104463 GTTCAATGAGATCCTGCGCTGTGTCTCCAAGGATGCCGAGTTGGCAGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GCCCAGAGCTGCTAGAGTTCTTAG         GTACCAGATCCCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 104513 GCCCAGAGCTGCTAGAGTTCTTAGGTA...CAGGTACCAGATCCCCAGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTGCAGGGCTCACCAGCAGAGATTCCTCTGTCCTGGATGGCACAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106874 GCTGCAGGGCTCACCAGCAGAGATTCCTCTGTCCTGGATGGCACAGACAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCAGACAGGGAATGATGAAGAGGCTTTCGACTTTTTTGAGGAGCAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106924 TCAGACAGGGAATGATGAAGAGGCTTTCGACTTTTTTGAGGAGCAAGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGTGGCAGAAGAGGGTCCGCCCGTCCAGAGCCTGAAGGGCGAGGATGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106974 AAGTGGCAGAAGAGGGTCCGCCCGTCCAGAGCCTGAAGGGCGAGGATGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGGAATCCTTGGAGGAGGAGGAGGCGCTGGACCCTCTGGGCATTATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107024 GAGGAATCCTTGGAGGAGGAGGAGGCGCTGGACCCTCTGGGCATTATGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624          CTCCAAGAAGCCCAAGAAACATCCCAAAGTGGCCGTGAAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107074 GTT...CAGCTCCAAGAAGCCCAAGAAACATCCCAAAGTGGCCGTGAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CCAAGCCCTCGCCCCGGCTCACCATCTTTGACGAGGAGGTGGACCCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120658 CCAAGCCCTCGCCCCGGCTCACCATCTTTGACGAGGAGGTGGACCCTGAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GAGGGGCTCTTTGGCCCGGGCAGGAAGCTGTCTCCACAGGACCCCTCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120708 GAGGGGCTCTTTGGCCCGGGCAGGAAGCTGTCTCCACAGGACCCCTCGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GGACGTGTCATCCATGGACC         CCCTGAAGCTATTTGATGATC
        ||||||||||||| ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 120758 GGACGTGTCATCCGTGGACCGTA...CAGCCCTGAAGCTATTTGATGATC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CTGACCTCGGCGGGGCCATCCCCCTGGGTGACTCCCTCCTGCTGCCGGCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 121499 CTGACCTCGGCGGGGCCATCCCCCTGGGTGACTCCCTCCTGCTGCCAGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GCCTGTGAGAGTGGAGGGCCCACACCCAGCCTCAGCCACAGGGACGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121549 GCCTGTGAGAGTGGAGGGCCCACACCCAGCCTCAGCCACAGGGACGCCTC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAAGGAACTGTTCAG         AGTTGAAGAGGACTTGGACCAGATTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 121599 CAAGGAACTGTTCAGGTA...TAGAGTTGAAGAGGACTTGGACCAGATTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGAACCTGGGAGCTGAGCCCAAACCCAAGCCCCAGCTTAAGCCCAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126290 TGAACCTGGGAGCTGAGCCCAAACCCAAGCCCCAGCTTAAGCCCAAGCCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CCAGTGGCAGCTAAGCCGGTGATACCCAGAAAACCAGCTGTTCCCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126340 CCAGTGGCAGCTAAGCCGGTGATACCCAGAAAACCAGCTGTTCCCCCCAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 AGCGGGCCCGGCTGAAGCTGTGGCTGGGCAGCAGAAGCCGCAGGAGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126390 AGCGGGCCCGGCTGAAGCTGTGGCTGGGCAGCAGAAGCCGCAGGAGCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 TCCAAGCCATGGACGAGATGGACATCTTGCAGTACATCCAGGACCACGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126440 TCCAAGCCATGGACGAGATGGACATCTTGCAGTACATCCAGGACCACGAT

   1200     .    :    .    :    .    :
   1147 ACACCAGCCCAGGCCGCCCCCAGCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 126490 ACACCAGCCCAGGCCGCCCCCAGCCTCTTC