seq1 = pF1KB6546.tfa, 1176 bp
seq2 = pF1KB6546/gi568815595r_28224045.tfa (gi568815595r:28224045_28440617), 216573 bp

>pF1KB6546 1176
>gi568815595r:28224045_28440617 (Chr3)

(complement)

1-216  (100001-100216)   100% ->
217-339  (102003-102125)   100% ->
340-439  (102582-102681)   100% ->
440-588  (103733-103881)   100% ->
589-647  (108191-108249)   100% ->
648-766  (113668-113786)   100% ->
767-1176  (116164-116573)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGCACTGGTAGAAGATGATATCTGTATTCTGAATCATGAAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGCACTGGTAGAAGATGATATCTGTATTCTGAATCATGAAAAAGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCATAAGAGAGATACAGTGACTCCAGTTTCAATATATTCAGGAGATGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCATAAGAGAGATACAGTGACTCCAGTTTCAATATATTCAGGAGATGAAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGTTGCTTCCCATTTTGCTCTTGTCACTGCATATGAAGACATCAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGTTGCTTCCCATTTTGCTCTTGTCACTGCATATGAAGACATCAAAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CGACTTAAGGATTCAGAGAAAGAGAACTCTTTGTTAAAGAAGAGAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CGACTTAAGGATTCAGAGAAAGAGAACTCTTTGTTAAAGAAGAGAATAAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ATTTTTGGAAGAAAAG         CTAATAGCTCGATTTGAAGAAGAAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100201 ATTTTTGGAAGAAAAGGTA...TAGCTAATAGCTCGATTTGAAGAAGAAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAAGTTCCGTGGGACGAGAACAAGTAAATAAGGCCTATCATGCATATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102028 CAAGTTCCGTGGGACGAGAACAAGTAAATAAGGCCTATCATGCATATCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGTTTGCATTGATAGAGATAATTTGAAGAGCAAACTGGACAAAATG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 102078 GAGGTTTGCATTGATAGAGATAATTTGAAGAGCAAACTGGACAAAATGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    340        AATAAAGACAACTCTGAATCTTTGAAAGTATTGAATGAGCAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102128 A...TAGAATAAAGACAACTCTGAATCTTTGAAAGTATTGAATGAGCAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TACAATCTAAAGAAGTAGAACTCCTCCAGCTGAGGACAGAGGTGGAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102625 TACAATCTAAAGAAGTAGAACTCCTCCAGCTGAGGACAGAGGTGGAAACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGCAGG         TGATGAGGAATTTAAATCCACCTTCATCAAACTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102675 CAGCAGGGTA...TAGTGATGAGGAATTTAAATCCACCTTCATCAAACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGGTGGAAAAGTTGAGCTGTGACCTGAAGATCCATGGTTTGGAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103767 GGAGGTGGAAAAGTTGAGCTGTGACCTGAAGATCCATGGTTTGGAACAAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTGGAACTGATGAGGAAAGAATGTAGCGATCTCAAAATAGAACTACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103817 AGCTGGAACTGATGAGGAAAGAATGTAGCGATCTCAAAATAGAACTACAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AAAGCCAAACAAACG         GATCCATATCAGGAAGACAATCTGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 103867 AAAGCCAAACAAACGGTA...CAGGATCCATATCAGGAAGACAATCTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAGCAGAGATCTCCAAAAACTAAGCATTTCAAG         TGATAATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108217 GAGCAGAGATCTCCAAAAACTAAGCATTTCAAGGTA...CAGTGATAATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TGCAGCATGCATACTGGGAACTGAAGAGAGAAATGTCTAATTTACATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113676 TGCAGCATGCATACTGGGAACTGAAGAGAGAAATGTCTAATTTACATCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GTGACTCAAGTACAAGCTGAACTACTAAGAAAACTGAAAACCTCAACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113726 GTGACTCAAGTACAAGCTGAACTACTAAGAAAACTGAAAACCTCAACTGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AATCAAGAAAG         CCTGTGCCCCTGTAGGATGCAGTGAAGACC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 113776 AATCAAGAAAGGCA...TAGCCTGTGCCCCTGTAGGATGCAGTGAAGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGGAAGAGACAGCACAAAACTGCACTTGATGAATTTTACTGCAACATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116194 TTGGAAGAGACAGCACAAAACTGCACTTGATGAATTTTACTGCAACATAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACAAGACATCCCCCTCTCTTACCAAATGGCAAAGCTCTTTGTCATACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116244 ACAAGACATCCCCCTCTCTTACCAAATGGCAAAGCTCTTTGTCATACCAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATCTTCCCCTTTACCAGGAGATGTAAAGGTTTTATCAGAGAAAGCAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116294 ATCTTCCCCTTTACCAGGAGATGTAAAGGTTTTATCAGAGAAAGCAATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCCAATCATGGACAGACAATGAGAGATCCATTCCTAATGATGGTACATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116344 TCCAATCATGGACAGACAATGAGAGATCCATTCCTAATGATGGTACATGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 TTTCAGGAACACAGTTCTTATGGCAGAAATTCTCTGGAAGACAATTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116394 TTTCAGGAACACAGTTCTTATGGCAGAAATTCTCTGGAAGACAATTCCTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GGTATTTCCAAGTCCTCCTAAATCAAGTGAGACAGCATTTGGGGAAACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116444 GGTATTTCCAAGTCCTCCTAAATCAAGTGAGACAGCATTTGGGGAAACTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 AAACTAAAACTTTGCCTTTACCCAACCTTCCACCACTGCATTACTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116494 AAACTAAAACTTTGCCTTTACCCAACCTTCCACCACTGCATTACTTGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :
   1147 CAACATAATCAGAACTGCCTTTATAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 116544 CAACATAATCAGAACTGCCTTTATAAGAAT