seq1 = pF1KB6542.tfa, 1173 bp
seq2 = pF1KB6542/gi568815596f_86620668.tfa (gi568815596f:86620668_86873408), 252741 bp

>pF1KB6542 1173
>gi568815596f:86620668_86873408 (Chr2)

1-142  (100001-100142)   100% ->
143-285  (120260-120402)   100% ->
286-420  (131229-131363)   100% ->
421-521  (132791-132891)   100% ->
522-688  (144360-144526)   100% ->
689-854  (145192-145357)   100% ->
855-957  (149356-149458)   100% ->
958-1112  (150891-151045)   100% ->
1113-1173  (152681-152741)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCAGTGCGTGACGGTGGAGCGCGAGCTGGAGAAGGTGCTGCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCAGTGCGTGACGGTGGAGCGCGAGCTGGAGAAGGTGCTGCACAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GTTCTCAGGCTACGGGCAGCTGTGCGAGCGCGGCCTGGAGGAGCTCATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GTTCTCAGGCTACGGGCAGCTGTGCGAGCGCGGCCTGGAGGAGCTCATCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACTACACCGGCGGCCTCAAGCACGAGATCCTGCAGAGCCACG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 100101 ACTACACCGGCGGCCTCAAGCACGAGATCCTGCAGAGCCACGGTA...TA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    143  GCCAAGATGCTGAATTATCAGGGACACTTTCACTTGTTTTGACACAGTG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120259 GGCCAAGATGCTGAATTATCAGGGACACTTTCACTTGTTTTGACACAGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTGTAAAAGAATAAAGGATACTGTTCAAAAATTGGCCTCCGACCACAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120309 CTGTAAAAGAATAAAGGATACTGTTCAAAAATTGGCCTCCGACCACAAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACATCCACAGCAGTGTTTCTCGGGTTGGAAAAGCCATTGATAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 120359 ACATCCACAGCAGTGTTTCTCGGGTTGGAAAAGCCATTGATAAGGTA...

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    286    AATTTTGATTCTGACATTAGCAGTGTGGGAATAGATGGCTGCTGGCA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131226 CAGAATTTTGATTCTGACATTAGCAGTGTGGGAATAGATGGCTGCTGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGCAGACAGCCAAAGGCTTCTCAATGAGGTGATGGTGGAGCACTTCTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131276 GGCAGACAGCCAAAGGCTTCTCAATGAGGTGATGGTGGAGCACTTCTTTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GACAAGGAATGCTGGATGTGGCTGAGGAGCTCTGTCAG         GAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 131326 GACAAGGAATGCTGGATGTGGCTGAGGAGCTCTGTCAGGTA...CAGGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TCTGGTCTTTCTGTAGACCCAAGTCAGAAGGAACCATTTGTGGAGTTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132794 TCTGGTCTTTCTGTAGACCCAAGTCAGAAGGAACCATTTGTGGAGTTAAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TAGAATATTAGAGGCATTAAAGGTCAGAGTTCTGAGACCTGCTCTGGA  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 132844 TAGAATATTAGAGGCATTAAAGGTCAGAGTTCTGAGACCTGCTCTGGAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    522        GTGGGCAGTGTCAAACCGGGAAATGCTTATAGCTCAAAACAGC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132894 G...TAGGTGGGCAGTGTCAAACCGGGAAATGCTTATAGCTCAAAACAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCTTGGAATTTAAGCTACACAGACTGTATTTTATTAGCTTGTTAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144403 TCCTTGGAATTTAAGCTACACAGACTGTATTTTATTAGCTTGTTAATGGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TGGAACCACAAATCAGCGAGAGGCATTACAATATGCTAAAAATTTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144453 TGGAACCACAAATCAGCGAGAGGCATTACAATATGCTAAAAATTTTCAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CATTTGCCCTAAATCATCAAAAAG         ACATTCAGGTTTTGATG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 144503 CATTTGCCCTAAATCATCAAAAAGGTG...TAGACATTCAGGTTTTGATG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGAAGCCTTGTGTACCTGAGACAAGGGATTGAGAACTCACCATATGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145209 GGAAGCCTTGTGTACCTGAGACAAGGGATTGAGAACTCACCATATGTTCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCTACTTGATGCAAACCAGTGGGCTGATATCTGTGACATCTTTACACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145259 CCTACTTGATGCAAACCAGTGGGCTGATATCTGTGACATCTTTACACGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 ATGCTTGTGCCCTCCTGGGGCTCTCCGTGGAGTCCCCTCTCAGTGTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 145309 ATGCTTGTGCCCTCCTGGGGCTCTCCGTGGAGTCCCCTCTCAGTGTCAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    855         TTTCTCAGCAGGTTGTGTGGCGCTGCCAGCTTTAATTAACAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 145359 TA...CAGTTTCTCAGCAGGTTGTGTGGCGCTGCCAGCTTTAATTAACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CAAAGCCGTGATTGAACAGAGGCAGTGTACTGGAGTTTGGAACCAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149398 CAAAGCCGTGATTGAACAGAGGCAGTGTACTGGAGTTTGGAACCAGAAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATGAATTACCT         ATTGAAGTGGACCTTGGTAAAAAGTGCTGG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 149448 ATGAATTACCTGTG...CAGATTGAAGTGGACCTTGGTAAAAAGTGCTGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TATCACTCTATATTTGCCTGCCCCATTCTTCGTCAGCAAACAACAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150921 TATCACTCTATATTTGCCTGCCCCATTCTTCGTCAGCAAACAACAGATAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CAATCCACCCATGAAATTGGTCTGTGGTCATATTATATCAAGAGATGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150971 CAATCCACCCATGAAATTGGTCTGTGGTCATATTATATCAAGAGATGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TGAATAAAATGTTTAATGGTAGCAA         ATTAAAATGTCCCTAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 151021 TGAATAAAATGTTTAATGGTAGCAAGTA...TAGATTAAAATGTCCCTAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1129 TGTCCAATGGAACAAAGTCCAGGAGATGCCAAACAGATATTTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152697 TGTCCAATGGAACAAAGTCCAGGAGATGCCAAACAGATATTTTTC