seq1 = pF1KB6540.tfa, 1173 bp
seq2 = pF1KB6540/gi568815580f_63488668.tfa (gi568815580f:63488668_63697360), 208693 bp

>pF1KB6540 1173
>gi568815580f:63488668_63697360 (Chr18)

1-165  (100001-100165)   100% ->
166-225  (100989-101048)   100% ->
226-354  (103681-103809)   100% ->
355-472  (104187-104304)   100% ->
473-615  (105688-105830)   100% ->
616-771  (106362-106517)   100% ->
772-1173  (108292-108693)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATTCACTTGGCGCCGTCAGCACTCGACTTGGGTTTGATCTTTTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATTCACTTGGCGCCGTCAGCACTCGACTTGGGTTTGATCTTTTCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGAGCTGAAGAAAACAAATGATGGCAACATCTTCTTTTCCCCTGTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGAGCTGAAGAAAACAAATGATGGCAACATCTTCTTTTCCCCTGTGGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTGACTGCAATTGGCATGGTCCTCCTGGGGACCCGAGGAGCCACCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTTGACTGCAATTGGCATGGTCCTCCTGGGGACCCGAGGAGCCACCGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCCAGTTGGAGGAG         GTGTTTCACTCTGAAAAAGAGACGAA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCCAGTTGGAGGAGGTT...CAGGTGTTTCACTCTGAAAAAGAGACGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GAGCTCAAGAATAAAGGCTGAAGAAAAAGAGGTG         ATTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 101015 GAGCTCAAGAATAAAGGCTGAAGAAAAAGAGGTGGTA...AAGATTGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ACACAGAAGCAGTACATCAACAATTCCAAAAGTTTTTGACTGAAATAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103688 ACACAGAAGCAGTACATCAACAATTCCAAAAGTTTTTGACTGAAATAAGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 AAACTCACTAATGATTATGAACTGAACATAACCAACAGGCTGTTTGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103738 AAACTCACTAATGATTATGAACTGAACATAACCAACAGGCTGTTTGGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAAAACATACCTCTTCCTTCAA         AAATACTTAGATTATGTTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 103788 AAAAACATACCTCTTCCTTCAAGTA...AAGAAATACTTAGATTATGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAAAATATTATCATGCATCTCTGGAACCTGTTGATTTTGTAAATGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104206 AAAAATATTATCATGCATCTCTGGAACCTGTTGATTTTGTAAATGCAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATGAAAGTCGAAAGAAGATTAATTCCTGGGTTGAAAGCAAAACAAATG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 104256 GATGAAAGTCGAAAGAAGATTAATTCCTGGGTTGAAAGCAAAACAAATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    473         AAAAAATCAAGGACTTGTTCCCAGATGGCTCTATTAGTAGCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104306 TA...CAGAAAAAATCAAGGACTTGTTCCCAGATGGCTCTATTAGTAGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTACCAAGCTGGTGCTGGTGAACATGGTTTATTTTAAAGGGCAATGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105730 CTACCAAGCTGGTGCTGGTGAACATGGTTTATTTTAAAGGGCAATGGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGGGAGTTTAAGAAAGAAAATACTAAGGAAGAGAAATTTTGGATGAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105780 AGGGAGTTTAAGAAAGAAAATACTAAGGAAGAGAAATTTTGGATGAATAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 G         AGCACAAGTAAATCTGTACAGATGATGACACAGAGCCATT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105830 GGTA...CAGAGCACAAGTAAATCTGTACAGATGATGACACAGAGCCATT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CCTTTAGCTTCACTTTCCTGGAGGACTTGCAGGCCAAAATTCTAGGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106402 CCTTTAGCTTCACTTTCCTGGAGGACTTGCAGGCCAAAATTCTAGGGATT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCATATAAAAACAACGACCTAAGCATGTTTGTGCTTCTGCCCAACGACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106452 CCATATAAAAACAACGACCTAAGCATGTTTGTGCTTCTGCCCAACGACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGATGGCCTGGAGAAG         ATAATAGATAAAATAAGTCCTGAGA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 106502 CGATGGCCTGGAGAAGGTA...TAGATAATAGATAAAATAAGTCCTGAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AATTGGTAGAGTGGACTAGTCCAGGGCATATGGAAGAAAGAAAGGTGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108317 AATTGGTAGAGTGGACTAGTCCAGGGCATATGGAAGAAAGAAAGGTGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTGCACTTGCCCCGGTTTGAGGTGGAGGACAGTTACGATCTAGAGGCGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 108367 CTGCACTTGCCCCGGTTTGAGGTGGAGGACGGTTACGATCTAGAGGCGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTGGCTGCCATGGGGATGGGCGATGCCTTCAGTGAGCACAAAGCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108417 CCTGGCTGCCATGGGGATGGGCGATGCCTTCAGTGAGCACAAAGCCGACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACTCGGGAATGTCGTCAGGCTCCGGGTTGTACGCCCAGAAGTTCCTGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108467 ACTCGGGAATGTCGTCAGGCTCCGGGTTGTACGCCCAGAAGTTCCTGCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AGTTCCTTTGTGGCAGTAACTGAGGAAGGCACCGAGGCTGCAGCTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108517 AGTTCCTTTGTGGCAGTAACTGAGGAAGGCACCGAGGCTGCAGCTGCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGGCATAGGCTTTACTGTCACATCCGCCCCAGGTCATGAAAATGTTCACT
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108567 CGGCATAGGCTTTACTGTCACATCCGCCCCAGGTCATGAAAATGTTCACT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 GCAATCATCCCTTCCTGTTCTTCATCAGGCACAATGAATCCAACAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108617 GCAATCATCCCTTCCTGTTCTTCATCAGGCACAATGAATCCAACAGCATC

   1200     .    :    .    :    .
   1147 CTCTTCTTCGGCAGATTTTCTTCTCCT
        |||||||||||||||||||||||||||
 108667 CTCTTCTTCGGCAGATTTTCTTCTCCT