seq1 = pF1KB6539.tfa, 1104 bp
seq2 = pF1KB6539/gi568815595r_10201264.tfa (gi568815595r:10201264_10419279), 218016 bp

>pF1KB6539 1104
>gi568815595r:10201264_10419279 (Chr3)

(complement)

1-141  (100001-100141)   100% ->
142-186  (101186-101230)   100% ->
187-302  (103844-103959)   100% ->
303-454  (106550-106701)   100% ->
455-588  (107182-107315)   100% ->
589-722  (113588-113721)   100% ->
723-846  (114124-114247)   100% ->
847-993  (115108-115254)   100% ->
994-1104  (117906-118016)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGAGAACCTGTGCTTACTTGGTGTGTACCTCTTGAACTGCTTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGAGAACCTGTGCTTACTTGGTGTGTACCTCTTGAACTGCTTTGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCATCCTCTTCCACTGTCTGCCTTTCTGAAATCACAAGTCAAACTTTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCATCCTCTTCCACTGTCTGCCTTTCTGAAATCACAAGTCAAACTTTATA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCTACAGGGCTTGTGCTGGAAAAGATGAAATGGGGAAAATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100101 CCTACAGGGCTTGTGCTGGAAAAGATGAAATGGGGAAAATGGTA...TAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTGTCAGTAATTAACACTGTGGATACCTCCCATGAGGACATGATT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 101186 GTGTCAGTAATTAACACTGTGGATACCTCCCATGAGGACATGATTGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     CACGACGCCCAGATGGACTACTATGGCACCCGCCTGGCAACCTGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101236 .CAGCACGACGCCCAGATGGACTACTATGGCACCCGCCTGGCAACCTGCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CATCAGACAGGTCCGTCAAAATCTTTGATGTGCGCAATGGAGGGCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103890 CATCAGACAGGTCCGTCAAAATCTTTGATGTGCGCAATGGAGGGCAGATC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTATCGCCGACCTCAGGGG         TCATGAGGGTCCTGTGTGGCA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 103940 CTTATCGCCGACCTCAGGGGGTA...TAGTCATGAGGGTCCTGTGTGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGTGGCCTGGGCTCACCCCATGTACGGCAACATCCTGGCATCGTGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106571 AGTGGCCTGGGCTCACCCCATGTACGGCAACATCCTGGCATCGTGCTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATGACCGGAAAGTCATTATCTGGAGAGAGGAAAACGGCACCTGGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106621 ATGACCGGAAAGTCATTATCTGGAGAGAGGAAAACGGCACCTGGGAGAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGCCACGAGCATGCGGGACACGACTCCTCAG         TGAACTCGGT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 106671 AGCCACGAGCATGCGGGACACGACTCCTCAGGTA...CAGTGAACTCGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTGCTGGGCCCCCCATGACTACGGCCTGATCCTGGCCTGTGGGAGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107192 GTGCTGGGCCCCCCATGACTACGGCCTGATCCTGGCCTGTGGGAGCTCGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGGGGCCATCTCCCTGCTGACTTACACCGGGGAAGGCCAATGGGAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107242 ATGGGGCCATCTCCCTGCTGACTTACACCGGGGAAGGCCAATGGGAAGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AAGAAGATCAACAACGCTCACACC         ATTGGCTGCAATGCCGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 107292 AAGAAGATCAACAACGCTCACACCGTG...CAGATTGGCTGCAATGCCGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAGCTGGGCCCCTGCTGTTGTACCTGGAAGCCTCATAGACCACCCATCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113605 CAGCTGGGCCCCTGCTGTTGTACCTGGAAGCCTCATAGACCACCCATCGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGCAGAAACCCAATTACATCAAGAGGTTTGCATCAGGTGGCTGTGACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113655 GGCAGAAACCCAATTACATCAAGAGGTTTGCATCAGGTGGCTGTGACAAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CTCATCAAGCTGTGGAA         GGAGGAGGAGGACGGCCAGTGGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113705 CTCATCAAGCTGTGGAAGTA...TAGGGAGGAGGAGGACGGCCAGTGGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GGAGGAGCAGAAGCTAGAAGCGCACAGTGACTGGGTTCGAGATGTGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114148 GGAGGAGCAGAAGCTAGAAGCGCACAGTGACTGGGTTCGAGATGTGGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GGGCCCCCTCCATCGGCCTGCCCACCAGCACCATCGCCAGCTGCTCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114198 GGGCCCCCTCCATCGGCCTGCCCACCAGCACCATCGCCAGCTGCTCCCAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847          GATGGTCGTGTGTTCATTTGGACCTGTGATGATGCCTCAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114248 GTC...TAGGATGGTCGTGTGTTCATTTGGACCTGTGATGATGCCTCAAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CAATACGTGGTCCCCTAAATTGTTGCACAAGTTCAACGATGTGGTGTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115149 CAATACGTGGTCCCCTAAATTGTTGCACAAGTTCAACGATGTGGTGTGGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 ATGTGAGCTGGTCCATCACAGCCAACATCCTGGCTGTCTCTGGTGGAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115199 ATGTGAGCTGGTCCATCACAGCCAACATCCTGGCTGTCTCTGGTGGAGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AATAAG         GTGACCCTGTGGAAGGAGTCAGTTGATGGGCAGTG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115249 AATAAGGTA...CAGGTGACCCTGTGGAAGGAGTCAGTTGATGGGCAGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 GGTGTGCATCAGTGATGTCAACAAGGGCCAGGGCTCCGTATCAGCATCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117941 GGTGTGCATCAGTGATGTCAACAAGGGCCAGGGCTCCGTATCAGCATCAG

   1150     .    :    .    :    .
   1079 TGACAGAGGGCCAGCAGAACGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||
 117991 TGACAGAGGGCCAGCAGAACGAGCAG