seq1 = pF1KB6538.tfa, 1173 bp
seq2 = pF1KB6538/gi568815587f_67292160.tfa (gi568815587f:67292160_67497556), 205397 bp

>pF1KB6538 1173
>gi568815587f:67292160_67497556 (Chr11)

1-34  (99886-99919)   100% ->
35-105  (100002-100072)   100% ->
106-234  (100495-100623)   100% ->
235-349  (101337-101451)   100% ->
350-449  (101532-101631)   100% ->
450-559  (103557-103666)   100% ->
560-669  (103753-103862)   100% ->
670-734  (103952-104016)   100% ->
735-872  (104104-104241)   100% ->
873-1080  (105020-105227)   100% ->
1081-1173  (105305-105397)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTGCCTGGTCACGGGCGGCAACGTGAAGG         TGCTCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  99886 ATGAAGTGCCTGGTCACGGGCGGCAACGTGAAGGGTG...CAGTGCTCGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CAAGGCCGTCCACTCCCTGTCCCGCATCGGGGACGAGCTCTACCTGGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 CAAGGCCGTCCACTCCCTGTCCCGCATCGGGGACGAGCTCTACCTGGAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTTGGAGGACGGG         CTCTCCCTCCGGACGGTGAACTCCTCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100059 CCTTGGAGGACGGGGTG...CAGCTCTCCCTCCGGACGGTGAACTCCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CGCTCTGCCTATGCCTGCTTTCTCTTTGCCCCGCTCTTCTTCCAGCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100522 CGCTCTGCCTATGCCTGCTTTCTCTTTGCCCCGCTCTTCTTCCAGCAATA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CCAGGCAGCCACCCCTGGTCAGGACCTGCTGCGCTGTAAGATCCTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100572 CCAGGCAGCCACCCCTGGTCAGGACCTGCTGCGCTGTAAGATCCTGATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AG         TCTTTCCTGTCTGTCTTCCGCTCACTGGCGATGCTGGAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100622 AGGTG...CAGTCTTTCCTGTCTGTCTTCCGCTCACTGGCGATGCTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AAGACGGTGGAAAAATGCTGCATCTCCCTGAATGGCCGGAGCAGCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101376 AAGACGGTGGAAAAATGCTGCATCTCCCTGAATGGCCGGAGCAGCCGCCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGTGGTCCAGCTGCATTGCAAGTTCG         GGGTGCGGAAGACTC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101426 GGTGGTCCAGCTGCATTGCAAGTTCGGTG...CAGGGGTGCGGAAGACTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 ACAACCTGTCCTTCCAGGACTGTGAGTCCCTGCAGGCCGTCTTCGACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101547 ACAACCTGTCCTTCCAGGACTGTGAGTCCCTGCAGGCCGTCTTCGACCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCTCGTGCCCCCACATGCTCCGCGCCCCAGCACG         GGTTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101597 GCCTCGTGCCCCCACATGCTCCGCGCCCCAGCACGGTG...CAGGGTTCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GGGGGAGGCTGTTCTGCCCTTCTCTCCTGCACTGGCTGAAGTGACGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103563 GGGGGAGGCTGTTCTGCCCTTCTCTCCTGCACTGGCTGAAGTGACGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GCATTGGCCGTGGCCGCAGGGTCATCCTGCGCAGCTACCACGAGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103613 GCATTGGCCGTGGCCGCAGGGTCATCCTGCGCAGCTACCACGAGGAGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCAG         ACAGCACTGCCAAAGCCATGGTGACTGAGATGTGCCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103663 GCAGGTG...CAGACAGCACTGCCAAAGCCATGGTGACTGAGATGTGCCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGGAGAGGAGGATTTCCAGCAGCTGCAGGCCCAGGAAGGGGTGGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103790 TGGAGAGGAGGATTTCCAGCAGCTGCAGGCCCAGGAAGGGGTGGCCATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTTTCTGCCTCAAGGAATTCCGG         GGGCTCCTGAGCTTTGCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 103840 CTTTCTGCCTCAAGGAATTCCGGGTG...CAGGGGCTCCTGAGCTTTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GAGTCAGCAAACTTGAATCTTAGCATTCATTTTGATGCTCCAGGCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 103970 GAGTCAGCAAACTTGAATCTTAGCATTCATTTTGATGCTCCAGGCAGGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    735       GCCCGCCATCTTCACCATCAAGGACTCTTTGCTGGACGGCCACT
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104020 ...CAGGCCCGCCATCTTCACCATCAAGGACTCTTTGCTGGACGGCCACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 TTGTCTTGGCCACACTCTCAGACACCGACTCGCACTCCCAGGACCTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104148 TTGTCTTGGCCACACTCTCAGACACCGACTCGCACTCCCAGGACCTGGGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 TCCCCAGAGCGTCACCAGCCAGTGCCTCAGCTCCAGGCTCACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 104198 TCCCCAGAGCGTCACCAGCCAGTGCCTCAGCTCCAGGCTCACAGGTG...

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    873    CACACCCCACCCGGACGACTTTGCCAATGACGACATTGACTCTTACA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105017 CAGCACACCCCACCCGGACGACTTTGCCAATGACGACATTGACTCTTACA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGATCGCCATGGAAACCACTATAGGCAATGAGGGCTCGCGGGTGCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105067 TGATCGCCATGGAAACCACTATAGGCAATGAGGGCTCGCGGGTGCTGCCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TCCATTTCCCTTTCACCTGGCCCCCAGCCCCCCAAGAGCCCCGGTCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105117 TCCATTTCCCTTTCACCTGGCCCCCAGCCCCCCAAGAGCCCCGGTCCCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTCCGAGGAGGAAGATGAGGCTGAGCCCAGTACAGTGCCTGGGACTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105167 CTCCGAGGAGGAAGATGAGGCTGAGCCCAGTACAGTGCCTGGGACTCCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 CACCCAAGAAG         TTCCGCTCACTGTTCTTCGGCTCCATCCTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105217 CACCCAAGAAGGTA...CAGTTCCGCTCACTGTTCTTCGGCTCCATCCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 GCCCCTGTACGCTCCCCCCAGGGCCCCAGCCCTGTGCTGGCGGAAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105335 GCCCCTGTACGCTCCCCCCAGGGCCCCAGCCCTGTGCTGGCGGAAGACAG

   1250     .    :
   1161 TGAGGGTGAAGGC
        |||||||||||||
 105385 TGAGGGTGAAGGC