seq1 = pF1KB6537.tfa, 1101 bp
seq2 = pF1KB6537/gi568815595r_196138691.tfa (gi568815595r:196138691_196370531), 231841 bp

>pF1KB6537 1101
>gi568815595r:196138691_196370531 (Chr3)

(complement)

1-117  (100001-100117)   100% ->
118-217  (112645-112744)   100% ->
218-334  (122209-122325)   100% ->
335-486  (123014-123165)   100% ->
487-565  (127892-127970)   100% ->
566-708  (128442-128584)   100% ->
709-897  (130797-130985)   100% ->
898-1101  (131638-131841)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGCACAGTGTTCAGCCAAGGTCAATGCAAGGAAGAGGAGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGCACAGTGTTCAGCCAAGGTCAATGCAAGGAAGAGGAGAAAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGCCCGGACCCAACGGGGCAACAGAAGAAGATGGGGTTCCTTCCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGCCCGGACCCAACGGGGCAACAGAAGAAGATGGGGTTCCTTCCAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCAGCGCTGTGCAGTG         GGCTTACGGCAACCAGCTCCTTTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCAGCGCTGTGCAGTGGTA...AAGGGCTTACGGCAACCAGCTCCTTTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCTGATGAAATTGAAGTTGACTTTAGTAAGCCCTATGTCAGGGTAACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112669 TCTGATGAAATTGAAGTTGACTTTAGTAAGCCCTATGTCAGGGTAACTAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAAGAAGCCAGCAGAGGAACTCCTT         GTGAGCGACCTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 112719 GGAAGAAGCCAGCAGAGGAACTCCTTGTA...TAGGTGAGCGACCTGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GAGTTTATGCCGATGGAATATTTGACTTATTTCACTCTGGTCACGCCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122224 GAGTTTATGCCGATGGAATATTTGACTTATTTCACTCTGGTCACGCCCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCTCTGATGCAAGCGAAGAACCTTTTCCCTAATACGTACCTCATTGTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122274 GCTCTGATGCAAGCGAAGAACCTTTTCCCTAATACGTACCTCATTGTGGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AG         TTTGCAGTGATGAGCTCACACACAACTTCAAAGGCTTCA
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122324 AGGTA...CAGTTTGCAGTGATGAGCTCACACACAACTTCAAAGGCTTCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CGGTGATGAACGAGAATGAGCGCTATGACGCAGTCCAGCACTGCCGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123053 CGGTGATGAACGAGAATGAGCGCTATGACGCAGTCCAGCACTGCCGCTAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGGATGAGGTGGTGAGGAATGCGCCCTGGACGCTGACACCCGAGTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123103 GTGGATGAGGTGGTGAGGAATGCGCCCTGGACGCTGACACCCGAGTTCCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCCGAACACCGG         ATTGATTTTGTAGCCCATGATGATATTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 123153 GGCCGAACACCGGGTA...CAGATTGATTTTGTAGCCCATGATGATATTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTTATTCATCTGCTGGCAGTGATGATGTTTATAAGCACATCAAGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127920 CTTATTCATCTGCTGGCAGTGATGATGTTTATAAGCACATCAAGGAGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 G         GCATGTTTGCTCCAACACAGAGGACAGAAGGTATCTCCAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127970 GGTG...TAGGCATGTTTGCTCCAACACAGAGGACAGAAGGTATCTCCAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 ATCAGACATCATCACCCGAATTGTGCGGGATTATGATGTGTATGCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128482 ATCAGACATCATCACCCGAATTGTGCGGGATTATGATGTGTATGCGAGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GGAACCTGCAGAGGGGCTACACAGCAAAGGAGCTCAATGTCAGCTTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128532 GGAACCTGCAGAGGGGCTACACAGCAAAGGAGCTCAATGTCAGCTTTATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AAC         GAGAAGAAATACCACTTGCAGGAGAGGGTTGACAAAGT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128582 AACGTG...TAGGAGAAGAAATACCACTTGCAGGAGAGGGTTGACAAAGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAAGAAGAAAGTGAAAGATGTGGAGGAAAAGTCAAAAGAATTTGTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130835 AAAGAAGAAAGTGAAAGATGTGGAGGAAAAGTCAAAAGAATTTGTTCAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AGGTGGAGGAAAAAAGCATTGACCTCATTCAGAAGTGGGAGGAGAAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130885 AGGTGGAGGAAAAAAGCATTGACCTCATTCAGAAGTGGGAGGAGAAGTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CGAGAATTCATTGGAAGTTTTCTGGAAATGTTTGGTCCGGAAGGAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130935 CGAGAATTCATTGGAAGTTTTCTGGAAATGTTTGGTCCGGAAGGAGCACT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 G         AAACATATGCTGAAAGAGGGGAAGGGCCGGATGCTGCAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130985 GGTA...CAGAAACATATGCTGAAAGAGGGGAAGGGCCGGATGCTGCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCATCAGCCCGAAGCAGAGCCCCAGCAGCAGCCCTACTCGCGAGCGCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131678 CCATCAGCCCGAAGCAGAGCCCCAGCAGCAGCCCTACTCGCGAGCGCTCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCCTCCCCCTCTTTCCGATGGCCCTTCTCCGGCAAGACTTCCCCACCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131728 CCCTCCCCCTCTTTCCGATGGCCCTTCTCCGGCAAGACTTCCCCACCTTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CTCCCCAGCAAATCTCTCCAGGCACAAGGCTGCAGCCTATGATATCAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131778 CTCCCCAGCAAATCTCTCCAGGCACAAGGCTGCAGCCTATGATATCAGTG

   1150     .    :
   1088 AGGATGAAGAAGAC
        ||||||||||||||
 131828 AGGATGAAGAAGAC