seq1 = pF1KB6536.tfa, 1170 bp
seq2 = pF1KB6536/gi568815580f_24360729.tfa (gi568815580f:24360729_24577559), 216831 bp

>pF1KB6536 1170
>gi568815580f:24360729_24577559 (Chr18)

1-193  (100001-100193)   100% ->
194-357  (108060-108223)   100% ->
358-1170  (116019-116831)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCAGATACTAATAGCACAATCAATTTATCACTAAGCACTCGTGTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCAGATACTAATAGCACAATCAATTTATCACTAAGCACTCGTGTTAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTAGCATTTTTTATGTCCTTAGTAGCTTTTGCTATAATGCTAGGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TTTAGCATTTTTTATGTCCTTAGTAGCTTTTGCTATAATGCTAGGAAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTTGGTCATTTTAGCTTTTGTGGTGGACAAAAACCTTAGACATCGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTTTGGTCATTTTAGCTTTTGTGGTGGACAAAAACCTTAGACATCGAAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTTATTTTTTTCTTAACTTGGCCATCTCTGACTTCTTTGTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 100151 AGTTATTTTTTTCTTAACTTGGCCATCTCTGACTTCTTTGTGGGTA...C

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    194   GTGTGATCTCCATTCCTTTGTACATCCCTCACACGCTGTTCGAATGGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108058 AGGTGTGATCTCCATTCCTTTGTACATCCCTCACACGCTGTTCGAATGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTTTGGAAAGGAAATCTGTGTATTTTGGCTCACTACTGACTATCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108108 ATTTTGGAAAGGAAATCTGTGTATTTTGGCTCACTACTGACTATCTGTTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGTACAGCATCTGTATATAACATTGTCCTCATCAGCTATGATCGATACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108158 TGTACAGCATCTGTATATAACATTGTCCTCATCAGCTATGATCGATACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GTCAGTCTCAAATGCT         GTGTCTTATAGAACTCAACATACTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 108208 GTCAGTCTCAAATGCTGTA...TAGGTGTCTTATAGAACTCAACATACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGGTCTTGAAGATTGTTACTCTGATGGTGGCCGTTTGGGTGCTGGCCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116044 GGGTCTTGAAGATTGTTACTCTGATGGTGGCCGTTTGGGTGCTGGCCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TTAGTGAATGGGCCAATGATTCTAGTTTCAGAGTCTTGGAAGGATGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116094 TTAGTGAATGGGCCAATGATTCTAGTTTCAGAGTCTTGGAAGGATGAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TAGTGAATGTGAACCTGGATTTTTTTCGGAATGGTACATCCTTGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116144 TAGTGAATGTGAACCTGGATTTTTTTCGGAATGGTACATCCTTGCCATCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CATCATTCTTGGAATTCGTGATCCCAGTCATCTTAGTCGCTTATTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116194 CATCATTCTTGGAATTCGTGATCCCAGTCATCTTAGTCGCTTATTTCAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 ATGAATATTTATTGGAGCCTGTGGAAGCGTGATCATCTCAGTAGGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116244 ATGAATATTTATTGGAGCCTGTGGAAGCGTGATCATCTCAGTAGGTGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 AAGCCATCCTGGACTGACTGCTGTCTCTTCCAACATCTGTGGACACTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116294 AAGCCATCCTGGACTGACTGCTGTCTCTTCCAACATCTGTGGACACTCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TCAGAGGTAGACTATCTTCAAGGAGATCTCTTTCTGCATCGACAGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116344 TCAGAGGTAGACTATCTTCAAGGAGATCTCTTTCTGCATCGACAGAAGTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCTGCATCCTTTCATTCAGAGAGACAGAGGAGAAAGAGTAGTCTCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116394 CCTGCATCCTTTCATTCAGAGAGACAGAGGAGAAAGAGTAGTCTCATGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TTCCTCAAGAACCAAGATGAATAGCAATACAATTGCTTCCAAAATGGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116444 TTCCTCAAGAACCAAGATGAATAGCAATACAATTGCTTCCAAAATGGGTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCTTCTCCCAATCAGATTCTGTAGCTCTTCACCAAAGGGAACATGTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116494 CCTTCTCCCAATCAGATTCTGTAGCTCTTCACCAAAGGGAACATGTTGAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTGCTTAGAGCCAGGAGATTAGCCAAGTCACTGGCCATTCTCTTAGGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116544 CTGCTTAGAGCCAGGAGATTAGCCAAGTCACTGGCCATTCTCTTAGGGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 TTTTGCTGTTTGCTGGGCTCCATATTCTCTGTTCACAATTGTCCTTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116594 TTTTGCTGTTTGCTGGGCTCCATATTCTCTGTTCACAATTGTCCTTTCAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 TTTATTCCTCAGCAACAGGTCCTAAATCAGTTTGGTATAGAATTGCATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116644 TTTATTCCTCAGCAACAGGTCCTAAATCAGTTTGGTATAGAATTGCATTT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 TGGCTTCAGTGGTTCAATTCCTTTGTCAATCCTCTTTTGTATCCATTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116694 TGGCTTCAGTGGTTCAATTCCTTTGTCAATCCTCTTTTGTATCCATTGTG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 TCACAAGCGCTTTCAAAAGGCTTTCTTGAAAATATTTTGTATAAAAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116744 TCACAAGCGCTTTCAAAAGGCTTTCTTGAAAATATTTTGTATAAAAAAGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .
   1133 AACCTCTACCATCACAACACAGTCGGTCAGTATCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116794 AACCTCTACCATCACAACACAGTCGGTCAGTATCTTCT