seq1 = pF1KB6535.tfa, 1101 bp
seq2 = pF1KB6535/gi568815595f_186513142.tfa (gi568815595f:186513142_186720927), 207786 bp

>pF1KB6535 1101
>gi568815595f:186513142_186720927 (Chr3)

1-213  (100001-100213)   100% ->
214-324  (102544-102654)   100% ->
325-409  (103302-103386)   100% ->
410-573  (104046-104209)   100% ->
574-675  (105395-105496)   100% ->
676-759  (106716-106799)   100% ->
760-1101  (107445-107786)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGTCCCTCGTCCTGCTCCTTTGTCTTGCTCAGCTCTGGGGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGTCCCTCGTCCTGCTCCTTTGTCTTGCTCAGCTCTGGGGCTGCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTCAGCCCCACATGGCCCAGGGCTGATTTATAGACAACCGAACTGCGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CTCAGCCCCACATGGCCCAGGGCTGATTTATAGACAACCGAACTGCGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATCCAGAAACTGAGGAAGCAGCTCTGGTGGCTATAGACTACATCAATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATCCAGAAACTGAGGAAGCAGCTCTGGTGGCTATAGACTACATCAATCAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACCTTCCTTGGGGATACAAACACACCTTGAACCAGATTGATGAAGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AACCTTCCTTGGGGATACAAACACACCTTGAACCAGATTGATGAAGTAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTGTGGCCTCAG         CAGCCCTCCGGAGAGCTGTTTGAGATTG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTGTGGCCTCAGGTA...CAGCAGCCCTCCGGAGAGCTGTTTGAGATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAATAGACACCCTGGAAACCACCTGCCATGTGCTGGACCCCACCCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102572 AAATAGACACCCTGGAAACCACCTGCCATGTGCTGGACCCCACCCCTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCAAGATGCAGCGTGAGGCAGCTGAAGGAGCAT         GCTGTCGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102622 GCAAGATGCAGCGTGAGGCAGCTGAAGGAGCATGTG...CAGGCTGTCGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGGAGACTGTGATTTCCAGCTGTTGAAACTAGATGGCAAGTTTTCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103310 AGGAGACTGTGATTTCCAGCTGTTGAAACTAGATGGCAAGTTTTCCGTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TATACGCAAAATGTGATTCCAGTCCAG         ACTCAGCCGAGGAC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 103360 TATACGCAAAATGTGATTCCAGTCCAGGTA...CAGACTCAGCCGAGGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GTGCGCAAGGTGTGCCAAGACTGCCCCCTGCTGGCCCCGCTGAACGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104060 GTGCGCAAGGTGTGCCAAGACTGCCCCCTGCTGGCCCCGCTGAACGACAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAGGGTGGTGCACGCCGCGAAAGCTGCCCTGGCCGCCTTCAACGCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104110 CAGGGTGGTGCACGCCGCGAAAGCTGCCCTGGCCGCCTTCAACGCTCAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 ACAACGGCTCCAATTTTCAGCTGGAGGAAATTTCCCGGGCTCAGCTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104160 ACAACGGCTCCAATTTTCAGCTGGAGGAAATTTCCCGGGCTCAGCTTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574          CCCCTCCCACCTTCTACCTATGTGGAGTTTACAGTGTCTGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104210 GTA...CAGCCCCTCCCACCTTCTACCTATGTGGAGTTTACAGTGTCTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CACTGACTGTGTTGCTAAAGAGGCCACAGAGGCAGCCAAGTGTAACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105436 CACTGACTGTGTTGCTAAAGAGGCCACAGAGGCAGCCAAGTGTAACCTGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGGCAGAAAAG         CAATATGGCTTTTGTAAGGCAACACTCAGT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105486 TGGCAGAAAAGGTG...CAGCAATATGGCTTTTGTAAGGCAACACTCAGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGAAGCTTGGTGGGGCAGAGGTTGCAGTGACCTGCATGGTGTTCCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106746 GAGAAGCTTGGTGGGGCAGAGGTTGCAGTGACCTGCATGGTGTTCCAAAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 ACAG         CCCGTGAGCTCACAGCCCCAACCAGAAGGTGCCAATG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106796 ACAGGTA...CAGCCCGTGAGCTCACAGCCCCAACCAGAAGGTGCCAATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAGCAGTCCCCACACCCGTGGTGGACCCAGATGCACCTCCGTCCCCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107482 AAGCAGTCCCCACACCCGTGGTGGACCCAGATGCACCTCCGTCCCCTCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTTGGCGCACCTGGACTCCCTCCAGCTGGCTCACCCCCAGACTCCCATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107532 CTTGGCGCACCTGGACTCCCTCCAGCTGGCTCACCCCCAGACTCCCATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GTTACTGGCAGCTCCTCCAGGACACCAGTTGCACCGGGCGCACTACGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107582 GTTACTGGCAGCTCCTCCAGGACACCAGTTGCACCGGGCGCACTACGACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGCGCCACACCTTCATGGGTGTGGTCTCATTGGGGTCACCCTCAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107632 TGCGCCACACCTTCATGGGTGTGGTCTCATTGGGGTCACCCTCAGGAGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GTGTCGCACCCCCGGAAAACACGCACAGTGGTGCAGCCTAGTGTTGGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107682 GTGTCGCACCCCCGGAAAACACGCACAGTGGTGCAGCCTAGTGTTGGTGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGCTGCTGGGCCAGTGGTTCCTCCATGTCCGGGGAGGATCAGACACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107732 TGCTGCTGGGCCAGTGGTTCCTCCATGTCCGGGGAGGATCAGACACTTCA

   1150     .
   1097 AGGTC
        |||||
 107782 AGGTC