seq1 = pF1KB6533.tfa, 1101 bp
seq2 = pF1KB6533/gi568815593r_172668765.tfa (gi568815593r:172668765_172870952), 202188 bp

>pF1KB6533 1101
>gi568815593r:172668765_172870952 (Chr5)

(complement)

1-367  (100001-100367)   100% ->
368-513  (100647-100792)   100% ->
514-733  (101159-101378)   99% ->
734-1101  (101821-102188)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTCATGGAAGTGGGCACCCTGGACGCTGGAGGCCTGCGGGCGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTCATGGAAGTGGGCACCCTGGACGCTGGAGGCCTGCGGGCGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGGGAGCGAGCGGCGCAATGCCTGCTGCTGGACTGCCGCTCCTTCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGGGAGCGAGCGGCGCAATGCCTGCTGCTGGACTGCCGCTCCTTCTTCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTTCAACGCCGGCCACATCGCCGGCTCTGTCAACGTGCGCTTCAGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTTTCAACGCCGGCCACATCGCCGGCTCTGTCAACGTGCGCTTCAGCACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATCGTGCGGCGCCGGGCCAAGGGCGCCATGGGCCTGGAGCACATCGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATCGTGCGGCGCCGGGCCAAGGGCGCCATGGGCCTGGAGCACATCGTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CAACGCCGAGCTCCGCGGCCGCCTGCTGGCCGGCGCCTACCACGCCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CAACGCCGAGCTCCGCGGCCGCCTGCTGGCCGGCGCCTACCACGCCGTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGTTGCTGGACGAGCGCAGCGCCGCCCTGGACGGCGCCAAGCGCGACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGTTGCTGGACGAGCGCAGCGCCGCCCTGGACGGCGCCAAGCGCGACGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 ACCCTGGCCCTGGCGGCCGGCGCGCTCTGCCGCGAGGCGCGCGCCGCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCCTGGCCCTGGCGGCCGGCGCGCTCTGCCGCGAGGCGCGCGCCGCGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 AGTCTTCTTCCTCAAAG         GAGGATACGAAGCGTTTTCGGCTT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 100351 AGTCTTCTTCCTCAAAGGTA...CAGGAGGATACGAAGCGTTTTCGGCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 CCTGCCCGGAGCTGTGCAGCAAACAGTCGACCCCCATGGGGCTCAGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100671 CCTGCCCGGAGCTGTGCAGCAAACAGTCGACCCCCATGGGGCTCAGCCTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 CCCCTGAGTACTAGCGTCCCTGACAGCGCGGAATCTGGGTGCAGTTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100721 CCCCTGAGTACTAGCGTCCCTGACAGCGCGGAATCTGGGTGCAGTTCCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CAGTACCCCACTCTACGATCAG         GGTGGCCCGGTGGAAATCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 100771 CAGTACCCCACTCTACGATCAGGTT...CAGGGTGGCCCGGTGGAAATCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TGCCCTTTCTGTACCTGGGCAGTGCGTATCACGCTTCCCGCAAGGACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101178 TGCCCTTTCTGTACCTGGGCAGTGCGTATCACGCTTCCCGCAAGGACATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGATGCCTTGGGCATAACTGCCTTGATCAACGTCTCAGCCAATTGTCC
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 101228 CTGGATGCCTTGGGCATCACTGCCTTGATCAACGTCTCAGCCAATTGTCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 CAACCATTTTGAGGGTCACTACCAGTACAAGAGCATCCCTGTGGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101278 CAACCATTTTGAGGGTCACTACCAGTACAAGAGCATCCCTGTGGAGGACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 ACCACAAGGCAGACATCAGCTCCTGGTTCAACGAGGCCATTGACTTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101328 ACCACAAGGCAGACATCAGCTCCTGGTTCAACGAGGCCATTGACTTCATA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 G         ACTCCATCAAGAATGCTGGAGGAAGGGTGTTTGTCCACTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101378 GGTA...CAGACTCCATCAAGAATGCTGGAGGAAGGGTGTTTGTCCACTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 CCAGGCAGGCATTTCCCGGTCAGCCACCATCTGCCTTGCTTACCTTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101861 CCAGGCAGGCATTTCCCGGTCAGCCACCATCTGCCTTGCTTACCTTATGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    824 GGACTAATCGAGTCAAGCTGGACGAGGCCTTTGAGTTTGTGAAGCAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101911 GGACTAATCGAGTCAAGCTGGACGAGGCCTTTGAGTTTGTGAAGCAGAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 CGAAGCATCATCTCTCCCAACTTCAGCTTCATGGGCCAGCTGCTGCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101961 CGAAGCATCATCTCTCCCAACTTCAGCTTCATGGGCCAGCTGCTGCAGTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 TGAGTCCCAGGTGCTGGCTCCGCACTGTTCGGCAGAGGCTGGGAGCCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102011 TGAGTCCCAGGTGCTGGCTCCGCACTGTTCGGCAGAGGCTGGGAGCCCCG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 CCATGGCTGTGCTCGACCGAGGCACCTCCACCACCACCGTGTTCAACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102061 CCATGGCTGTGCTCGACCGAGGCACCTCCACCACCACCGTGTTCAACTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CCCGTCTCCATCCCTGTCCACTCCACGAACAGTGCGCTGAGCTACCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102111 CCCGTCTCCATCCCTGTCCACTCCACGAACAGTGCGCTGAGCTACCTTCA

   1100     .    :    .    :    .
   1074 GAGCCCCATTACGACCTCTCCCAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 102161 GAGCCCCATTACGACCTCTCCCAGCTGC