seq1 = pF1KB6532.tfa, 1167 bp
seq2 = pF1KB6532/gi568815584f_52607220.tfa (gi568815584f:52607220_52827614), 220395 bp

>pF1KB6532 1167
>gi568815584f:52607220_52827614 (Chr14)

1-85  (100001-100085)   100% ->
86-165  (101090-101169)   100% ->
166-205  (101264-101303)   100% ->
206-258  (101545-101597)   100% ->
259-326  (103882-103949)   100% ->
327-441  (104191-104305)   100% ->
442-529  (106662-106749)   100% ->
530-591  (110862-110923)   100% ->
592-715  (111010-111133)   100% ->
716-777  (111758-111819)   100% ->
778-898  (113642-113762)   100% ->
899-979  (113891-113971)   100% ->
980-1051  (116746-116817)   100% ->
1052-1167  (120280-120395)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACCCTAGAGATAAGGCGCTTCAGGACTACCGCAAGAAGTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACCCTAGAGATAAGGCGCTTCAGGACTACCGCAAGAAGTTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAACACAAGGAGATCGACGGCCGTCTTAAGGAGT         TAAGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100051 TGAACACAAGGAGATCGACGGCCGTCTTAAGGAGTGTG...CAGTAAGGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AACAATTAAAAGAACTTACCAAGCAGTATGAAAAGTCTGAAAATGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101096 AACAATTAAAAGAACTTACCAAGCAGTATGAAAAGTCTGAAAATGATCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGCCCTACAGAGTGTTGGGCAG         ATCGTGGGTGAAGTGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 101146 AAGGCCCTACAGAGTGTTGGGCAGGTA...TAGATCGTGGGTGAAGTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TAAACAGTTAACTGAAGAAAAAT         TCATTGTTAAAGCTACCA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 101281 TAAACAGTTAACTGAAGAAAAATGTG...TAGTCATTGTTAAAGCTACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGGACCAAGATATGTTGTGGGTTGTCGTCGACAG         CTTGAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 101563 ATGGACCAAGATATGTTGTGGGTTGTCGTCGACAGGTA...TAGCTTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 AAAAGTAAGCTGAAGCCAGGAACAAGAGTTGCTTTGGATATGACTACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103888 AAAAGTAAGCTGAAGCCAGGAACAAGAGTTGCTTTGGATATGACTACACT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AACTATCATGAG         ATATTTGCCGAGAGAGGTGGATCCACTGG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 103938 AACTATCATGAGGTG...TAGATATTTGCCGAGAGAGGTGGATCCACTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 TTTATAACATGTCTCATGAGGACCCTGGGAATGTTTCTTATTCTGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104220 TTTATAACATGTCTCATGAGGACCCTGGGAATGTTTCTTATTCTGAGATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 GGAGGGCTATCAGAACAGATCCGGGAATTAAGAGAG         GTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 104270 GGAGGGCTATCAGAACAGATCCGGGAATTAAGAGAGGTT...TAGGTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 AGAATTACCTCTTACAAACCCAGAGTTATTTCAGCGTGTAGGAATAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106667 AGAATTACCTCTTACAAACCCAGAGTTATTTCAGCGTGTAGGAATAATAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CTCCAAAAGGCTGTTTGTTATATGGACCACCAG         GTACGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 106717 CTCCAAAAGGCTGTTTGTTATATGGACCACCAGGTT...TAGGTACGGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 AAAACACTCTTGGCACGAGCCGTTGCTAGCCAGCTGGACTGCAATTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110870 AAAACACTCTTGGCACGAGCCGTTGCTAGCCAGCTGGACTGCAATTTCTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 AAAG         GTTGTATCTAGTTCTATTGTAGACAAGTACATTGGTG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110920 AAAGGTA...CAGGTTGTATCTAGTTCTATTGTAGACAAGTACATTGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    629 AAAGTGCTCGTTTGATCAGAGAAATGTTTAATTATGCTAGAGATCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111047 AAAGTGCTCGTTTGATCAGAGAAATGTTTAATTATGCTAGAGATCATCAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 CCATGCATCATTTTTATGGATGAAATAGATGCTATTG         GTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 111097 CCATGCATCATTTTTATGGATGAAATAGATGCTATTGGTA...TAGGTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TCGTCGGTTTTCTGAGGGTACTTCAGCTGACAGAGAGATTCAGAGAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111762 TCGTCGGTTTTCTGAGGGTACTTCAGCTGACAGAGAGATTCAGAGAACGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 TAATGGAG         TTACTGAATCAAATGGATGGATTTGATACTCTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 111812 TAATGGAGGTA...TAGTTACTGAATCAAATGGATGGATTTGATACTCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811 CATAGAGTTAAAATGATCATGGCTACAAACAGACCAGATACACTGGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113675 CATAGAGTTAAAATGATCATGGCTACAAACAGACCAGATACACTGGATCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 TGCTTTGCTGCGTCCAGGAAGATTAGATAGAAAAATAC         ATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 113725 TGCTTTGCTGCGTCCAGGAAGATTAGATAGAAAAATACGTG...CAGATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    902 TTGATTTGCCAAATGAACAAGCAAGATTAGACATACTGAAAATCCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113894 TTGATTTGCCAAATGAACAAGCAAGATTAGACATACTGAAAATCCATGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    952 GGTCCCATTACAAAGCATGGTGAAATAG         ATTATGAAGCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 113944 GGTCCCATTACAAAGCATGGTGAAATAGGTA...CAGATTATGAAGCAAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    993 TGTGAAGCTTTCGGATGGCTTTAATGGAGCAGATCTGAGAAATGTTTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116759 TGTGAAGCTTTCGGATGGCTTTAATGGAGCAGATCTGAGAAATGTTTGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1043 CTGAAGCAG         GTATGTTCGCAATTCGTGCTGATCATGATTTT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 116809 CTGAAGCAGGTA...CAGGTATGTTCGCAATTCGTGCTGATCATGATTTT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1084 GTAGTACAGGAAGACTTCATGAAAGCAGTCAGAAAAGTGGCTGATTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120312 GTAGTACAGGAAGACTTCATGAAAGCAGTCAGAAAAGTGGCTGATTCTAA

   1250     .    :    .    :    .    :
   1134 GAAGCTGGAGTCTAAATTGGACTACAAACCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120362 GAAGCTGGAGTCTAAATTGGACTACAAACCTGTG