seq1 = pF1KB6529.tfa, 1095 bp
seq2 = pF1KB6529/gi568815592f_36030583.tfa (gi568815592f:36030583_36239370), 208788 bp

>pF1KB6529 1095
>gi568815592f:36030583_36239370 (Chr6)

1-119  (100001-100119)   99% ->
120-249  (100689-100818)   100% ->
250-308  (102039-102097)   100% ->
309-417  (105171-105279)   100% ->
418-447  (105437-105466)   100% ->
448-495  (105902-105949)   100% ->
496-610  (106074-106188)   100% ->
611-682  (106297-106368)   100% ->
683-762  (107783-107862)   100% ->
763-841  (108120-108198)   100% ->
842-1018  (108297-108473)   100% ->
1019-1095  (108712-108788)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCTCATCCGGAAAAAGGGCTTCTACAAGCAGGACGTCAACAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCTCATCCGGAAAAAGGGCTTCTACAAGCAGGACGTCAACAAGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGCCTGGGAGCTGCCCAAGACCTACGTGTCCCCGACGCACGTCGGCAGCG
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCCTGGGAGCTGCCCAAGACCTACGTGTCCCCGACGCACGTCGGCAGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGCCTATGGCTCCGTGTG         CTCGGCCATCGACAAGCGGTCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100101 GGGCCTATGGCTCCGTGTGGTG...CAGCTCGGCCATCGACAAGCGGTCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGGAGAAGGTGGCCATCAAGAAGCTGAGCCGACCCTTTCAGTCCGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100711 GGGGAGAAGGTGGCCATCAAGAAGCTGAGCCGACCCTTTCAGTCCGAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCGCCAAGCGCGCCTACCGGGAGCTGCTGCTGCTGAAGCACATGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100761 CTTCGCCAAGCGCGCCTACCGGGAGCTGCTGCTGCTGAAGCACATGCAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATGAGAAC         GTCATTGGGCTCCTGGATGTCTTCACCCCAGCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100811 ATGAGAACGTA...CAGGTCATTGGGCTCCTGGATGTCTTCACCCCAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCCTCCCTGCGCAACTTCTATGACTT         CTACCTGGTGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 102072 TCCTCCCTGCGCAACTTCTATGACTTGTG...CAGCTACCTGGTGATGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CTTCATGCAGACGGATCTGCAGAAGATCATGGGGATGGAGTTCAGTGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105186 CTTCATGCAGACGGATCTGCAGAAGATCATGGGGATGGAGTTCAGTGAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAAGATCCAGTACCTGGTGTATCAGATGCTCAAAGGCCTTAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 105236 AGAAGATCCAGTACCTGGTGTATCAGATGCTCAAAGGCCTTAAGGTG...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    418    TACATCCACTCTGCTGGGGTCGTGCACAGG         GACCTGAA
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 105434 TAGTACATCCACTCTGCTGGGGTCGTGCACAGGGTG...CAGGACCTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 GCCAGGCAACCTGGCTGTGAATGAGGACTGTGAACTGAAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 105910 GCCAGGCAACCTGGCTGTGAATGAGGACTGTGAACTGAAGGTG...TAGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 TTCTGGATTTTGGGCTGGCGCGACATGCAGACGCCGAGATGACTGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106075 TTCTGGATTTTGGGCTGGCGCGACATGCAGACGCCGAGATGACTGGCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GTGGTGACCCGCTGGTACCGAGCCCCCGAGGTGATCCTCAGCTGGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106125 GTGGTGACCCGCTGGTACCGAGCCCCCGAGGTGATCCTCAGCTGGATGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTACAACCAGACAG         TGGACATCTGGTCTGTGGGCTGTATCA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 106175 CTACAACCAGACAGGTC...CAGTGGACATCTGGTCTGTGGGCTGTATCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 TGGCAGAGATGCTGACAGGGAAAACTCTGTTCAAGGGGAAAGATT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 106324 TGGCAGAGATGCTGACAGGGAAAACTCTGTTCAAGGGGAAAGATTGTA..

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683     ACCTGGACCAGCTGACCCAGATCCTGAAAGTGACCGGGGTGCCTGG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106374 .AAGACCTGGACCAGCTGACCCAGATCCTGAAAGTGACCGGGGTGCCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CACGGAGTTTGTGCAGAAGCTGAACGACAAAGCG         GCCAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 107829 CACGGAGTTTGTGCAGAAGCTGAACGACAAAGCGGTG...CAGGCCAAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    770 CCTACATCCAGTCCCTGCCACAGACCCCCAGGAAGGATTTCACTCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108127 CCTACATCCAGTCCCTGCCACAGACCCCCAGGAAGGATTTCACTCAGCTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    820 TTCCCACGGGCCAGCCCCCAGG         CTGCGGACCTGCTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108177 TTCCCACGGGCCAGCCCCCAGGGTG...CAGCTGCGGACCTGCTGGAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    861 GATGCTGGAGCTAGACGTGGACAAGCGCCTGACGGCCGCGCAGGCCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108316 GATGCTGGAGCTAGACGTGGACAAGCGCCTGACGGCCGCGCAGGCCCTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    911 CCCATCCCTTCTTTGAACCCTTCCGGGACCCTGAGGAAGAGACGGAGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108366 CCCATCCCTTCTTTGAACCCTTCCGGGACCCTGAGGAAGAGACGGAGGCC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    961 CAGCAGCCGTTTGATGATTCCTTAGAACACGAGAAACTCACAGTGGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108416 CAGCAGCCGTTTGATGATTCCTTAGAACACGAGAAACTCACAGTGGATGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 ATGGAAGC         AGCACATCTACAAGGAGATTGTGAACTTCAGCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 108466 ATGGAAGCGTA...CAGAGCACATCTACAAGGAGATTGTGAACTTCAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CCATTGCCCGGAAGGACTCACGGCGCCGGAGTGGCATGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108745 CCATTGCCCGGAAGGACTCACGGCGCCGGAGTGGCATGAAGCTG