seq1 = pF1KB6528.tfa, 1164 bp
seq2 = pF1KB6528/gi568815586f_121110165.tfa (gi568815586f:121110165_121333093), 222929 bp

>pF1KB6528 1164
>gi568815586f:121110165_121333093 (Chr12)

1-134  (100001-100134)   100% ->
135-282  (106970-107117)   100% ->
283-354  (111749-111820)   100% ->
355-427  (111930-112002)   100% ->
428-524  (112783-112879)   100% ->
525-605  (118369-118449)   100% ->
606-747  (118561-118702)   100% ->
748-884  (118799-118935)   100% ->
885-978  (122250-122343)   100% ->
979-1044  (122447-122512)   100% ->
1045-1140  (122833-122928)   100% ->
1141-1164  (123359-123382)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGGCTGCTGCGCCGCGCTGGCGGCCTTCCTGTTCGAGTACGACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGGCTGCTGCGCCGCGCTGGCGGCCTTCCTGTTCGAGTACGACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCGCATCGTGCTCATCCGCAGCCGCAAAGTGGGGCTCATGAACCGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCCGCGCATCGTGCTCATCCGCAGCCGCAAAGTGGGGCTCATGAACCGCG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCGTGCAACTGCTCATCCTGGCCTACGTCATCGG         GTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100101 CCGTGCAACTGCTCATCCTGGCCTACGTCATCGGGTG...TAGGTGGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTTGTGTGGGAAAAGGGCTACCAGGAAACTGACTCCGTGGTCAGCTCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106977 TTTGTGTGGGAAAAGGGCTACCAGGAAACTGACTCCGTGGTCAGCTCCGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TACGACCAAGGTCAAGGGCGTGGCTGTGACCAACACTTCTAAACTTGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107027 TACGACCAAGGTCAAGGGCGTGGCTGTGACCAACACTTCTAAACTTGGAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCGGATCTGGGATGTGGCGGATTATGTGATACCAGCTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 107077 TCCGGATCTGGGATGTGGCGGATTATGTGATACCAGCTCAGGTG...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGAAAACTCCCTCTTCGTCATGACCAACGTGATCCTCACCATGAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111749 GAGGAAAACTCCCTCTTCGTCATGACCAACGTGATCCTCACCATGAACCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACACAGGGCCTGTGCCCCGAG         ATTCCAGATGCGACCACTG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 111799 GACACAGGGCCTGTGCCCCGAGGTA...CAGATTCCAGATGCGACCACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGTGTAAATCAGATGCCAGCTGTACTGCCGGCTCTGCCGGCACCCACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111949 TGTGTAAATCAGATGCCAGCTGTACTGCCGGCTCTGCCGGCACCCACAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACG         GAGTCTCAACAGGCAGGTGCGTAGCTTTCAACGGGTC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111999 AACGGTA...TAGGAGTCTCAACAGGCAGGTGCGTAGCTTTCAACGGGTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TGTCAAGACGTGTGAGGTGGCGGCCTGGTGCCCGGTGGAGGATGACACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112820 TGTCAAGACGTGTGAGGTGGCGGCCTGGTGCCCGGTGGAGGATGACACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACGTGCCACA         ACCTGCTTTTTTAAAGGCTGCAGAAAACTTC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 112870 ACGTGCCACAGTG...CAGACCTGCTTTTTTAAAGGCTGCAGAAAACTTC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ACTCTTTTGGTTAAGAACAACATCTGGTATCCCAAATTTAATTTCAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118400 ACTCTTTTGGTTAAGAACAACATCTGGTATCCCAAATTTAATTTCAGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606          GAGGAATATCCTTCCCAACATCACCACTACTTACCTCAAGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118450 GTA...TAGGAGGAATATCCTTCCCAACATCACCACTACTTACCTCAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CGTGCATTTATGATGCTAAAACAGATCCCTTCTGCCCCATATTCCGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118602 CGTGCATTTATGATGCTAAAACAGATCCCTTCTGCCCCATATTCCGTCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GGCAAAATAGTGGAGAACGCAGGACACAGTTTCCAGGACATGGCCGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118652 GGCAAAATAGTGGAGAACGCAGGACACAGTTTCCAGGACATGGCCGTGGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 G         GGAGGCATCATGGGCATCCAGGTCAACTGGGACTGCAACC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118702 GGTG...CAGGGAGGCATCATGGGCATCCAGGTCAACTGGGACTGCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGACAGAGCCGCCTCCCTCTGCTTGCCCAGGTACTCCTTCCGCCGCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118839 TGGACAGAGCCGCCTCCCTCTGCTTGCCCAGGTACTCCTTCCGCCGCCTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GATACACGGGACGTTGAGCACAACGTATCTCCTGGCTACAATTTCAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 118889 GATACACGGGACGTTGAGCACAACGTATCTCCTGGCTACAATTTCAGGTG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    885       GTTTGCCAAGTACTACAGAGACCTGGCTGGCAACGAGCAGCGCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118939 ...CAGGTTTGCCAAGTACTACAGAGACCTGGCTGGCAACGAGCAGCGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 CGCTCATCAAGGCCTATGGCATCCGCTTCGACATCATTGTGTTTGGGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122294 CGCTCATCAAGGCCTATGGCATCCGCTTCGACATCATTGTGTTTGGGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979          GCAGGGAAATTTGACATCATCCCCACTATGATCAACATCGG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122344 GTA...CAGGCAGGGAAATTTGACATCATCCCCACTATGATCAACATCGG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 CTCTGGCCTGGCACTGCTAGGCATG         GCGACCGTGCTGTGTG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 122488 CTCTGGCCTGGCACTGCTAGGCATGGTG...CAGGCGACCGTGCTGTGTG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 ACATCATAGTCCTCTACTGCATGAAGAAAAGACTCTACTATCGGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122849 ACATCATAGTCCTCTACTGCATGAAGAAAAGACTCTACTATCGGGAGAAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 AAATATAAATATGTGGAAGATTACGAGCAG         GGTCTTGCTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122899 AAATATAAATATGTGGAAGATTACGAGCAGGTA...CAGGGTCTTGCTAG

   1250     .    :
   1152 TGAGCTGGACCAG
        |||||||||||||
 123370 TGAGCTGGACCAG