seq1 = pF1KB6522.tfa, 1161 bp
seq2 = pF1KB6522/gi568815597f_98584897.tfa (gi568815597f:98584897_98860128), 275232 bp

>pF1KB6522 1161
>gi568815597f:98584897_98860128 (Chr1)

1-171  (100001-100171)   100% ->
172-282  (106179-106289)   100% ->
283-447  (106639-106803)   100% ->
448-646  (110622-110820)   100% ->
647-846  (113810-114009)   99% ->
847-933  (116921-117007)   100% ->
934-1086  (153341-153493)   100% ->
1087-1161  (175158-175232)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACATGAACTCCTTCAGCCCTATGATGCCAACATCCCCTTTATCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACATGAACTCCTTCAGCCCTATGATGCCAACATCCCCTTTATCAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATAAACCAAATCAAGTTTGAGGATGAACCAGATTTAAAGGATCTCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATAAACCAAATCAAGTTTGAGGATGAACCAGATTTAAAGGATCTCTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCACAGTTGATGAACCTGAAAGTCATGTTACTACAATAGAAACTTTCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCACAGTTGATGAACCTGAAAGTCATGTTACTACAATAGAAACTTTCATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGTATAGGATTATTACTAAG         ACATCTCGTGGGGAATTTGA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 100151 ACGTATAGGATTATTACTAAGGTA...CAGACATCTCGTGGGGAATTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCAGTGAATTTGAAGTTAGGAGACGATATCAAGATTTCCTTTGGTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106199 CTCCAGTGAATTTGAAGTTAGGAGACGATATCAAGATTTCCTTTGGTTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGGAAAACTGGAAGAAGCACACCCCACTCTGATTATTCCA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 106249 AGGGAAAACTGGAAGAAGCACACCCCACTCTGATTATTCCAGTA...TAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCATTGCCAGAAAAGTTTATAGTAAAAGGAATGGTGGAACGCTTTAACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106639 CCATTGCCAGAAAAGTTTATAGTAAAAGGAATGGTGGAACGCTTTAACGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACTTCATTGAGACACGCAGGAAGGCTTTACATAAATTTTTGAACCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106689 TGACTTCATTGAGACACGCAGGAAGGCTTTACATAAATTTTTGAACCGAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGCTGATCATCCAACTTTAACATTTAATGAAGACTTCAAAATTTTTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106739 TTGCTGATCATCCAACTTTAACATTTAATGAAGACTTCAAAATTTTTCTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ACTGCACAAGCTTGG         GAACTCTCTTCTCACAAGAAGCAAGG
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106789 ACTGCACAAGCTTGGGTA...TAGGAACTCTCTTCTCACAAGAAGCAAGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TCCTGGCTTGCTAAGCAGGATGGGGCAAACCGTCAGAGCTGTTGCGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110648 TCCTGGCTTGCTAAGCAGGATGGGGCAAACCGTCAGAGCTGTTGCGTCCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CAATGAGAGGAGTTAAAAACCGCCCAGAGGAGTTCATGGAAATGAATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110698 CAATGAGAGGAGTTAAAAACCGCCCAGAGGAGTTCATGGAAATGAATAAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TTTATTGAACTATTTAGCCAGAAAATAAATTTGATAGATAAAATATCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110748 TTTATTGAACTATTTAGCCAGAAAATAAATTTGATAGATAAAATATCTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GAGAATTTATAAGGAAGAAAGGG         AATATTTTGATGAAATGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 110798 GAGAATTTATAAGGAAGAAAGGGGTA...TAGAATATTTTGATGAAATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AAGAATATGGCCCAATTCATATTCTGTGGTCAGCGTCAGAAGAGGATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113828 AAGAATATGGCCCAATTCATATTCTGTGGTCAGCGTCAGAAGAGGATCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTTGATACTCTAAAGGATGTTGCCAGCTGCATTGACAGATGCTGTAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113878 GTTGATACTCTAAAGGATGTTGCCAGCTGCATTGACAGATGCTGTAAGGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CACTGAAAAGCGGATGTCTGGACTCTCAGAGGCCCTGCTTCCTGTTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113928 CACTGAAAAGCGGATGTCTGGACTCTCAGAGGCCCTGCTTCCTGTTGTAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ATGAATACGTGCTTTATAGTGAAATGTTAATG         GGTGTTATG
        |||| |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 113978 ATGAGTACGTGCTTTATAGTGAAATGTTAATGGTA...AAGGGTGTTATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AAAAGAAGAGACCAAATACAAGCAGAACTGGATTCCAAAGTTGAAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116930 AAAAGAAGAGACCAAATACAAGCAGAACTGGATTCCAAAGTTGAAGTTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GACCTATAAAAAGGCAGATACTGATCTG         CTTCCAGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 116980 GACCTATAAAAAGGCAGATACTGATCTGGTA...CAGCTTCCAGAGGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TTGGAAAACTTGAAGATAAAGTGGAATGTGCTAATAATGCCCTGAAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153354 TTGGAAAACTTGAAGATAAAGTGGAATGTGCTAATAATGCCCTGAAAGCA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GATTGGGAGAGATGGAAACAAAATATGCAAAATGATATCAAGTTAGCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153404 GATTGGGAGAGATGGAAACAAAATATGCAAAATGATATCAAGTTAGCATT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TACAGATATGGCTGAGGAGAATATCCATTATTATGAACAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 153454 TACAGATATGGCTGAGGAGAATATCCATTATTATGAACAGGTA...CAGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GCCTTGCTACGTGGGAATCATTCCTTACATCACAGACCAACCTTCACTTG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 175159 GCCTTGCTACGTGGGAGTCATTCCTTACATCACAGACCAACCTTCACTTG

   1200     .    :    .    :
   1138 GAAGAAGCCTCTGAAGATAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||
 175209 GAAGAAGCCTCTGAAGATAAACCT