seq1 = pF1KB6521.tfa, 1089 bp
seq2 = pF1KB6521/gi568815595r_186689972.tfa (gi568815595r:186689972_186904713), 214742 bp

>pF1KB6521 1089
>gi568815595r:186689972_186904713 (Chr3)

(complement)

1-131  (100001-100131)   100% ->
132-210  (103519-103597)   100% ->
211-290  (107100-107179)   100% ->
291-410  (109937-110056)   100% ->
411-554  (111767-111910)   100% ->
555-675  (112104-112224)   100% ->
676-801  (112864-112989)   99% ->
802-882  (114308-114388)   100% ->
883-996  (114459-114572)   100% ->
997-1089  (114650-114742)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAAGCATTTCTTAAAGGTACATCCATCAGTACTAAACCCCCGCTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCAAGCATTTCTTAAAGGTACATCCATCAGTACTAAACCCCCGCTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGGATCGAGGAGTAGCTGCCAGTGCGGGAAGTAGCGGAGAGAACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGGATCGAGGAGTAGCTGCCAGTGCGGGAAGTAGCGGAGAGAACAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGCCAAACCCGTTCCCTGGGTGGAAAAATA         TCGCCCAAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100101 AAGCCAAACCCGTTCCCTGGGTGGAAAAATAGTA...AAGTCGCCCAAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTGTGGATGAAGTTGCTTTCCAGGAAGAAGTGGTTGCAGTGCTGAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103529 TGTGTGGATGAAGTTGCTTTCCAGGAAGAAGTGGTTGCAGTGCTGAAAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCTTTAGAAGGAGCAGAT         CTTCCTAATCTCTTGTTTTACG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103579 ATCTTTAGAAGGAGCAGATGTG...CAGCTTCCTAATCTCTTGTTTTACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GACCACCTGGAACTGGAAAAACATCCACTATTTTGGCAGCAGCTAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107122 GACCACCTGGAACTGGAAAAACATCCACTATTTTGGCAGCAGCTAGAGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTCTTTGG         GCCTGAACTTTTCCGATTAAGAGTTCTTGAGTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107172 CTCTTTGGGTA...TAGGCCTGAACTTTTCCGATTAAGAGTTCTTGAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAATGCATCTGATGAACGTGGAATACAAGTAGTTCGAGAGAAAGTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109970 AAATGCATCTGATGAACGTGGAATACAAGTAGTTCGAGAGAAAGTGAAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ATTTTGCTCAATTAACTGTGTCAGGAAGTCGCTCAGA         TGGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 110020 ATTTTGCTCAATTAACTGTGTCAGGAAGTCGCTCAGAGTA...CAGTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAGCCGTGTCCGCCTTTTAAGATTGTGATTCTGGATGAAGCAGATTCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111771 AAGCCGTGTCCGCCTTTTAAGATTGTGATTCTGGATGAAGCAGATTCTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GACCTCAGCTGCTCAGGCAGCTTTAAGACGTACCATGGAGAAGGAGTCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111821 GACCTCAGCTGCTCAGGCAGCTTTAAGACGTACCATGGAGAAGGAGTCGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAACCACCCGATTCTGTCTTATCTGTAACTATGTCAGTCG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 111871 AAACCACCCGATTCTGTCTTATCTGTAACTATGTCAGTCGGTA...CAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATAATTGAACCCCTGACCTCTAGATGTTCAAAATTCCGCTTCAAGCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112105 ATAATTGAACCCCTGACCTCTAGATGTTCAAAATTCCGCTTCAAGCCTCT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GTCAGATAAAATTCAACAGCAGCGATTACTAGACATTGCCAAGAAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112155 GTCAGATAAAATTCAACAGCAGCGATTACTAGACATTGCCAAGAAGGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ATGTCAAAATTAGTGATGAG         GGAATAGCTTATCTTGTTAAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112205 ATGTCAAAATTAGTGATGAGGTA...CAGGGAATAGCTTATCTTGTTAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GTGTCAGAAGGAGACTTAAGAAAAGCCATTACATTTCTTCAAAGCGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112885 GTGTCAGAAGGAGACTTAAGAAAAGCCATTACATTTCTTCAAAGCGCTAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TCGATTAACAGGTGGAAAGGAGATCACAGAGAAAGTGATTACAGACATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112935 TCGATTAACAGGTGGAAAGGAGATCACAGAGAAAGTGATTACAGACATTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 CTGGG         GTAATACCAGCTGAGAAAATTGATGGAGTATTTGCT
        | |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112985 CCGGGGTA...TAGGTAATACCAGCTGAGAAAATTGATGGAGTATTTGCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCCTGTCAGAGTGGCTCTTTTGACAAACTAGAAGCTGTGGTCAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 114344 GCCTGTCAGAGTGGCTCTTTTGACAAACTAGAAGCTGTGGTCAAGGTA..

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883     GATTTAATAGATGAGGGTCATGCAGCAACTCAGCTCGTCAATCAAC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114394 .TAGGATTTAATAGATGAGGGTCATGCAGCAACTCAGCTCGTCAATCAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TCCATGATGTGGTTGTAGAAAATAACTTATCTGATAAACAGAAGTCTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114505 TCCATGATGTGGTTGTAGAAAATAACTTATCTGATAAACAGAAGTCTATT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATCACAGAAAAACTTGCC         GAAGTTGACAAATGCCTAGCAGA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 114555 ATCACAGAAAAACTTGCCGTA...TAGGAAGTTGACAAATGCCTAGCAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 TGGTGCTGATGAACATTTGCAACTCATCAGCCTTTGTGCAACTGTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114673 TGGTGCTGATGAACATTTGCAACTCATCAGCCTTTGTGCAACTGTGATGC

   1150     .    :    .    :
   1070 AGCAGTTATCTCAGAATTGT
        ||||||||||||||||||||
 114723 AGCAGTTATCTCAGAATTGT