seq1 = pF1KB6515.tfa, 1080 bp
seq2 = pF1KB6515/gi568815581f_59069753.tfa (gi568815581f:59069753_59301628), 231876 bp

>pF1KB6515 1080
>gi568815581f:59069753_59301628 (Chr17)

1-128  (100001-100128)   100% ->
129-279  (115302-115452)   100% ->
280-402  (115688-115810)   100% ->
403-645  (123740-123982)   100% ->
646-744  (125005-125103)   100% ->
745-857  (125579-125691)   100% ->
858-917  (127792-127851)   100% ->
918-1014  (127941-128037)   100% ->
1015-1080  (131811-131876)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCCAAGTTCAAACAACGAAGACGAAAGCTAAAAGCCAAAGCCGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCCAAGTTCAAACAACGAAGACGAAAGCTAAAAGCCAAAGCCGAAAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATTATTCAAAAAAAAAGAAGCCTCTCACTTTCAGTCCAAGCTAATTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATTATTCAAAAAAAAAGAAGCCTCTCACTTTCAGTCCAAGCTAATTACAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTCCTCCTCCACCACCCTCACCAGAAAG         AGTCGGTATTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 100101 CTCCTCCTCCACCACCCTCACCAGAAAGGTA...CAGAGTCGGTATTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCAATAGATATATCTCAAAGCAGAAGCTGGCTAACATCATCCTGGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115315 TCAATAGATATATCTCAAAGCAGAAGCTGGCTAACATCATCCTGGAACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAATTTTCCTAACATCAGAGATGCAATAAAACTTTGGACAAATAGAGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115365 CAATTTTCCTAACATCAGAGATGCAATAAAACTTTGGACAAATAGAGTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGTCTATATACAGCTGGTGCCAGAACTGCATAACCCAG         AGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 115415 GGTCTATATACAGCTGGTGCCAGAACTGCATAACCCAGGTA...CAGAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTAGAAGTATTGAAAGACACCATCTTTCCATCTCGTATCTGCCACCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115691 TTAGAAGTATTGAAAGACACCATCTTTCCATCTCGTATCTGCCACCGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ACTTTACAGTGTAAAACAACAGTTTTGCATTTTGGAAAGTAAATTATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115741 ACTTTACAGTGTAAAACAACAGTTTTGCATTTTGGAAAGTAAATTATGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGCTCCAGGAAGCACTGAAG         ACCATCTCAGAAAGTTCTTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 115791 AGCTCCAGGAAGCACTGAAGGTT...CAGACCATCTCAGAAAGTTCTTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TGTCCAAGCTGTGGTCAAACATGTCACATGAGTGGTAAACTTACAAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123761 TGTCCAAGCTGTGGTCAAACATGTCACATGAGTGGTAAACTTACAAATGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCCTGCCTGCGTTCTGATCACCCCTGGAGACTCCAAAGCTGTGCTTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123811 GCCTGCCTGCGTTCTGATCACCCCTGGAGACTCCAAAGCTGTGCTTCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCACACTGCCACAGCCAGCCAGCCATTTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123861 CCACACTGCCACAGCCAGCCAGCCATTTTCCTCCTCCTCCTCCACCTCCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCTCTGCCACCTCCTCCACCACCACTAGCACCTGTGTTGCTCAGAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123911 CCTCTGCCACCTCCTCCACCACCACTAGCACCTGTGTTGCTCAGAAAACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CAGTCTCGCTAAAGCACTTCAG         GCTGGACCATTAAAAAAAG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 123961 CAGTCTCGCTAAAGCACTTCAGGTA...AAGGCTGGACCATTAAAAAAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGGACCCATGCAGATAACAGTTAAAGATCTGCTGACTGTAAAATTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125024 ATGGACCCATGCAGATAACAGTTAAAGATCTGCTGACTGTAAAATTAAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGACACAGAGTTTAGATGAAAAGAGGAAG         CTTATACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 125074 AAGACACAGAGTTTAGATGAAAAGAGGAAGGTA...AAGCTTATACCATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GCCGAAAGCACGGAATCCACTAGTTACCGTCTCTGACTTGCAGCATGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125590 GCCGAAAGCACGGAATCCACTAGTTACCGTCTCTGACTTGCAGCATGTTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCCTGAAACCTAACTCCAAAGTGTTATCGACTCGAGTTACAAACGTCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125640 CCCTGAAACCTAACTCCAAAGTGTTATCGACTCGAGTTACAAACGTCTTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 AT         CACTCCTGGAAAAAGTCAGATGGATCTGCGGAAACTGCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125690 ATGTA...CAGCACTCCTGGAAAAAGTCAGATGGATCTGCGGAAACTGCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TAGAAAAGTCGATGTAGAGAG         GAGCCCAGGTGGAACCCCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 127831 TAGAAAAGTCGATGTAGAGAGGTA...CAGGAGCCCAGGTGGAACCCCTC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTACCAATAAGGAAAATATGGAAACAGGAACAGGACTGACTCCAGTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127961 TTACCAATAAGGAAAATATGGAAACAGGAACAGGACTGACTCCAGTGATG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACGCAGGCCTTAAGGAGAAAGTTTCAG         CTGGCTCACCCTAG
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 128011 ACGCAGGCCTTAAGGAGAAAGTTTCAGGTA...TAGCTGGCTCACCCTAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AAGCCCAACTCCAACTCTGCCACTTTCTACAAGCAGCTTTGATGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131825 AAGCCCAACTCCAACTCTGCCACTTTCTACAAGCAGCTTTGATGAACAAA

   1150 
   1079 AC
        ||
 131875 AC