seq1 = pF1KB6512.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KB6512/gi568815584f_67723544.tfa (gi568815584f:67723544_68694521), 970978 bp

>pF1KB6512 1152
>gi568815584f:67723544_68694521 (Chr14)

1-84  (100001-100084)   100% ->
85-198  (101921-102034)   100% ->
199-315  (111537-111653)   100% ->
316-452  (141460-141596)   100% ->
453-572  (162326-162445)   100% ->
573-764  (163478-163668)   98% ==
1035-1152  (870940-871057)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTAGCAAGAAACTAAAACGAGTGGGTTTATCACAAGAGCTGTGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTAGCAAGAAACTAAAACGAGTGGGTTTATCACAAGAGCTGTGTGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCGTCTGAGTAGACATCAGATCCTTACCTGTCAG         GACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 100051 CCGTCTGAGTAGACATCAGATCCTTACCTGTCAGGTA...TAGGACTTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TATGTCTTTCCCCACTGGAGCTTATGAAGGTGACTGGTCTGAGTTATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101928 TATGTCTTTCCCCACTGGAGCTTATGAAGGTGACTGGTCTGAGTTATCGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGTGTCCATGAACTTCTATGTATGGTCAGCAGGGCCTGTGCCCCAAAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101978 GGTGTCCATGAACTTCTATGTATGGTCAGCAGGGCCTGTGCCCCAAAGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAAACG         GCTTATGGGATAAAAGCACAAAGGTCTGCTGATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102028 GCAAACGGTA...TAGGCTTATGGGATAAAAGCACAAAGGTCTGCTGATT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCTCACCAGCATTCTTATCTACTACCCTTTCTGCTTTGGACGAAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111571 TCTCACCAGCATTCTTATCTACTACCCTTTCTGCTTTGGACGAAGCCCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CATGGTGGTGTGGCTTGTGGATCCCTCACAGAG         ATTACAGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 111621 CATGGTGGTGTGGCTTGTGGATCCCTCACAGAGGTA...TAGATTACAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCCACCAGGTTGTGGAAAAACTCAGTTTTGTATAATGATGAGCATTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141468 TCCACCAGGTTGTGGAAAAACTCAGTTTTGTATAATGATGAGCATTTTGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTACATTACCCACCAACATGGGAGGATTAGAAGGAGCTGTGGTGTACATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141518 CTACATTACCCACCAACATGGGAGGATTAGAAGGAGCTGTGGTGTACATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACACAGAGTCTGCATTTAGTGCTGAAAG         ACTGGTTGAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 141568 GACACAGAGTCTGCATTTAGTGCTGAAAGGTA...CAGACTGGTTGAAAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGCAGAATCCCGTTTTCCCAGATATTTTAACACTGAAGAAAAGTTACTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162338 AGCAGAATCCCGTTTTCCCAGATATTTTAACACTGAAGAAAAGTTACTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGACAAGTAGTAAAGTTCATCTTTATCGGGAACTCACCTGTGATGAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162388 TGACAAGTAGTAAAGTTCATCTTTATCGGGAACTCACCTGTGATGAAGTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTACAAAG         GATTGAATCTTTGGAAGAAGAAATTATCTCAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 162438 CTACAAAGGTA...TAGGATTGAATCTTTGGAAGAAGAAATTATCTCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGGAATTAAACTTGTGATTCTTGACTCTGTTGCTTCTGTGGTCAGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163511 AGGAATTAAACTTGTGATTCTTGACTCTGTTGCTTCTGTGGTCAGAAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGTTTGATGCACAACTTCAAGGCAATCTCAAAGAAAGAAACAAGTTCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163561 AGTTTGATGCACAACTTCAAGGCAATCTCAAAGAAAGAAACAAGTTCTTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCAAGAGAGGCATCCTCCTTGAAGTATTTGGCTGAGGAGTTTTCAATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163611 GCAAGAGAGGCATCCTCCTTGAAGTATTTGGCTGAGGAGTTTTCAATCCC

    800     .
    756 AGTTATCTT
        ||| | -||
 163661 AGTAAG TT

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1035 AGAGACAACATTTTGCTCTGTCACCCAAGCTGAACTGAACTGGGCTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 870940 AGAGACAACATTTTGCTCTGTCACCCAAGCTGAACTGAACTGGGCTCCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1085 AAATCCTCCCACCTCAGCCTCCTGAGCAGCTAGGACTACAGATGTGCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 870990 AAATCCTCCCACCTCAGCCTCCTGAGCAGCTAGGACTACAGATGTGCCAC

    100     .    :    .
   1135 CATACCCAGCTAATTTTT
        ||||||||||||||||||
 871040 CATACCCAGCTAATTTTT