seq1 = pF1KB6508.tfa, 1152 bp
seq2 = pF1KB6508/gi568815575f_16023954.tfa (gi568815575f:16023954_16252642), 228689 bp

>pF1KB6508 1152
>gi568815575f:16023954_16252642 (ChrX)

1-413  (100001-100413)   100% ->
414-765  (126352-126703)   100% ->
766-1152  (128303-128689)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTAAATGACTGTTTCCTTCTGAACTTGGAGGTGGACCATTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTAAATGACTGTTTCCTTCTGAACTTGGAGGTGGACCATTTCAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACTGCAACATCTCCAGTCACAGTGCGGATCTCCCCGTGAACGATGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCACTGCAACATCTCCAGTCACAGTGCGGATCTCCCCGTGAACGATGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGTCCCACCCGGGGATCCTCTATGTCATCCCTGCAGTTTATGGGGTTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGTCCCACCCGGGGATCCTCTATGTCATCCCTGCAGTTTATGGGGTTATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTCTGATAGGCCTCATTGGCAACATCACTTTGATCAAGATCTTCTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTCTGATAGGCCTCATTGGCAACATCACTTTGATCAAGATCTTCTGTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGTCAAGTCCATGCGAAACGTTCCAAACCTGTTCATTTCCAGTCTGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGTCAAGTCCATGCGAAACGTTCCAAACCTGTTCATTTCCAGTCTGGCTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGGAGACCTGCTCCTCCTAATAACGTGTGCTCCAGTGGATGCCAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGGAGACCTGCTCCTCCTAATAACGTGTGCTCCAGTGGATGCCAGCAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TACCTGGCTGACAGATGGCTATTTGGCAGGATTGGCTGCAAACTGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TACCTGGCTGACAGATGGCTATTTGGCAGGATTGGCTGCAAACTGATCCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTTTATACAGCTTACCTCTGTTGGGGTGTCTGTCTTCACACTCACGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTTTATACAGCTTACCTCTGTTGGGGTGTCTGTCTTCACACTCACGGCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCTCGGCAGACAG         ATACAAAGCCATTGTCCGGCCAATGGAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCTCGGCAGACAGGTA...TAGATACAAAGCCATTGTCCGGCCAATGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 ATCCAGGCCTCTCATGCCCTGATGAAGATCTGCCTCAAAGCCGCCTTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126380 ATCCAGGCCTCTCATGCCCTGATGAAGATCTGCCTCAAAGCCGCCTTTAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CTGGATCATCTCCATGCTGCTGGCCATTCCAGAGGCCGTGTTTTCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126430 CTGGATCATCTCCATGCTGCTGGCCATTCCAGAGGCCGTGTTTTCTGACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 TCCATCCCTTCCATGAGGAAAGCACCAACCAGACCTTCATTAGCTGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126480 TCCATCCCTTCCATGAGGAAAGCACCAACCAGACCTTCATTAGCTGTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 CCATACCCACACTCTAATGAGCTTCACCCCAAAATCCATTCTATGGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126530 CCATACCCACACTCTAATGAGCTTCACCCCAAAATCCATTCTATGGCTTC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CTTTCTGGTCTTCTACGTCATTCCACTGTCGATCATCTCTGTTTACTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126580 CTTTCTGGTCTTCTACGTCATTCCACTGTCGATCATCTCTGTTTACTACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ACTTCATTGCTAAAAATCTGATCCAGAGTGCTTACAATCTTCCCGTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126630 ACTTCATTGCTAAAAATCTGATCCAGAGTGCTTACAATCTTCCCGTGGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GGGAATATACATGTCAAGAAGCAG         ATTGAATCCCGGAAGCG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 126680 GGGAATATACATGTCAAGAAGCAGGTA...TAGATTGAATCCCGGAAGCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 ACTTGCCAAGACAGTGCTGGTGTTTGTGGGCCTGTTCGCCTTCTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128320 ACTTGCCAAGACAGTGCTGGTGTTTGTGGGCCTGTTCGCCTTCTGCTGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TCCCCAATCATGTCATCTACCTGTACCGCTCCTACCACTACTCTGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128370 TCCCCAATCATGTCATCTACCTGTACCGCTCCTACCACTACTCTGAGGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GACACCTCCATGCTCCACTTTGTCACCAGCATCTGTGCCCGCCTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128420 GACACCTCCATGCTCCACTTTGTCACCAGCATCTGTGCCCGCCTCCTGGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CTTCACCAACTCCTGCGTGAACCCCTTTGCCCTCTACCTGCTGAGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128470 CTTCACCAACTCCTGCGTGAACCCCTTTGCCCTCTACCTGCTGAGCAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GTTTCAGGAAACAGTTCAACACTCAGCTGCTCTGTTGCCAGCCTGGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128520 GTTTCAGGAAACAGTTCAACACTCAGCTGCTCTGTTGCCAGCCTGGCCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ATCATCCGGTCTCACAGCACTGGAAGGAGTACAACCTGCATGACCTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128570 ATCATCCGGTCTCACAGCACTGGAAGGAGTACAACCTGCATGACCTCCCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 CAAGAGTACCAACCCCTCCGTGGCCACCTTTAGCCTCATCAATGGAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128620 CAAGAGTACCAACCCCTCCGTGGCCACCTTTAGCCTCATCAATGGAAACA

   1150     .    :    .    :
   1133 TCTGTCACGAGCGGTATGTC
        ||||||||||||||||||||
 128670 TCTGTCACGAGCGGTATGTC