seq1 = pF1KB6505.tfa, 1074 bp
seq2 = pF1KB6505/gi568815578f_288011.tfa (gi568815578f:288011_496687), 208677 bp

>pF1KB6505 1074
>gi568815578f:288011_496687 (Chr20)

1-291  (100001-100291)   100% ->
292-584  (103277-103569)   100% ->
585-1074  (108188-108677)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGAGCCACCCCTCTGGCTGCTCCTGCGGGTTCCCTGTCCAGGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGAGCCACCCCTCTGGCTGCTCCTGCGGGTTCCCTGTCCAGGAAGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGTTGGAGTTGGATGACAACTTAGATACCGAGCGTCCCGTCCAGAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGTTGGAGTTGGATGACAACTTAGATACCGAGCGTCCCGTCCAGAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GAGCTCGAAGTGGGCCCCAGCCCAGACTGCCCCCCTGCCTGTTGCCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GAGCTCGAAGTGGGCCCCAGCCCAGACTGCCCCCCTGCCTGTTGCCCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGCCCACCTACTGCTCCAGATCGTGCAACTGCTGTGGCCACTGCCTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGCCCACCTACTGCTCCAGATCGTGCAACTGCTGTGGCCACTGCCTCCCG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTTGGGCCCTATGTCCTCCTGGAGCCCGAGGAGGGCGGGCGGGCCTACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTTGGGCCCTATGTCCTCCTGGAGCCCGAGGAGGGCGGGCGGGCCTACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGGCCCTGCACTGCCCTACAGGCACTGAGTATACCTGCAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100251 AGGCCCTGCACTGCCCTACAGGCACTGAGTATACCTGCAAGGTA...CAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GTGTACCCCGTCCAGGAAGCCCTGGCCGTGCTGGAGCCCTATGCGCGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103277 GTGTACCCCGTCCAGGAAGCCCTGGCCGTGCTGGAGCCCTATGCGCGGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 GCCCCCGCACAAGCATGTGGCTCGGCCCACTGAGGTCCTGGCTGGTACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103327 GCCCCCGCACAAGCATGTGGCTCGGCCCACTGAGGTCCTGGCTGGTACCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AGCTCCTCTACGCCTTTTTCACTCGGACCCATGGGGACATGCACAGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103377 AGCTCCTCTACGCCTTTTTCACTCGGACCCATGGGGACATGCACAGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 GTGCGAAGCCGCCACCGTATCCCTGAGCCTGAGGCTGCCGTGCTCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103427 GTGCGAAGCCGCCACCGTATCCCTGAGCCTGAGGCTGCCGTGCTCTTCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    492 CCAGATGGCCACCGCCCTGGCGCACTGTCACCAGCACGGTCTGGTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103477 CCAGATGGCCACCGCCCTGGCGCACTGTCACCAGCACGGTCTGGTCCTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 GTGATCTCAAGCTGTGTCGCTTTGTCTTCGCTGACCGTGAGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 103527 GTGATCTCAAGCTGTGTCGCTTTGTCTTCGCTGACCGTGAGAGGTG...C

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    585   GAAGAAGCTGGTGCTGGAGAACCTGGAGGACTCCTGCGTGCTGACTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108186 AGGAAGAAGCTGGTGCTGGAGAACCTGGAGGACTCCTGCGTGCTGACTGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCCAGATGATTCCCTGTGGGACAAGCACGCGTGCCCAGCCTACGTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108236 GCCAGATGATTCCCTGTGGGACAAGCACGCGTGCCCAGCCTACGTGGGAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CTGAGATACTCAGCTCACGGGCCTCATACTCGGGCAAGGCAGCCGATGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108286 CTGAGATACTCAGCTCACGGGCCTCATACTCGGGCAAGGCAGCCGATGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 TGGAGCCTGGGCGTGGCGCTCTTCACCATGCTGGCCGGCCACTACCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108336 TGGAGCCTGGGCGTGGCGCTCTTCACCATGCTGGCCGGCCACTACCCCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CCAGGACTCGGAGCCTGTCCTGCTCTTCGGCAAGATCCGCCGCGGGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108386 CCAGGACTCGGAGCCTGTCCTGCTCTTCGGCAAGATCCGCCGCGGGGCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 ACGCCTTGCCTGCAGGCCTCTCGGCCCCTGCCCGCTGTCTGGTTCGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108436 ACGCCTTGCCTGCAGGCCTCTCGGCCCCTGCCCGCTGTCTGGTTCGCTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CTCCTTCGTCGGGAGCCAGCTGAACGGCTCACAGCCACAGGCATCCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108486 CTCCTTCGTCGGGAGCCAGCTGAACGGCTCACAGCCACAGGCATCCTCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GCACCCCTGGCTGCGACAGGACCCGATGCCCTTAGCCCCAACCCGATCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108536 GCACCCCTGGCTGCGACAGGACCCGATGCCCTTAGCCCCAACCCGATCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 ATCTCTGGGAGGCTGCCCAGGTGGTCCCTGATGGACTGGGGCTGGACGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108586 ATCTCTGGGAGGCTGCCCAGGTGGTCCCTGATGGACTGGGGCTGGACGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 GCCAGGGAAGAGGAGGGAGACAGAGAAGTGGTTCTGTATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108636 GCCAGGGAAGAGGAGGGAGACAGAGAAGTGGTTCTGTATGGC