seq1 = pF1KB6504.tfa, 1146 bp
seq2 = pF1KB6504/gi568815579f_45592704.tfa (gi568815579f:45592704_45803046), 210343 bp

>pF1KB6504 1146
>gi568815579f:45592704_45803046 (Chr19)

1-207  (100001-100207)   100% ->
208-351  (100710-100853)   100% ->
352-633  (102734-103015)   100% ->
634-786  (105844-105996)   100% ->
787-886  (106098-106197)   100% ->
887-1003  (109095-109211)   100% ->
1004-1146  (110201-110343)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGTTCCGGGGGCCGCGGGCGACCCCGCCTGCGGCTGGGGGAACGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGTTCCGGGGGCCGCGGGCGACCCCGCCTGCGGCTGGGGGAACGTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTCATGGAGCCACTCTTGCCGCCGAAGCGCCGCCTGCTACCGCGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTCATGGAGCCACTCTTGCCGCCGAAGCGCCGCCTGCTACCGCGGGTTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTCTTGCCTCTGTTGCTGGCGCTGGCCGTGGGCTCGGCGTTCTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCTCTTGCCTCTGTTGCTGGCGCTGGCCGTGGGCTCGGCGTTCTACACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ATTTGGAGCGGCTGGCACCGCAGGACTGAGGAGCTGCCGCTGGGCCGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ATTTGGAGCGGCTGGCACCGCAGGACTGAGGAGCTGCCGCTGGGCCGGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGCGG         GTCCCATTGATCGGAAGCCTCCCCGAAGCCCGGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGCGGGTG...AAGGTCCCATTGATCGGAAGCCTCCCCGAAGCCCGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGCGGAGGGTGGTGGGACAACTGGATCCACAGCGTCTCTGGAGCACTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100744 TGCGGAGGGTGGTGGGACAACTGGATCCACAGCGTCTCTGGAGCACTTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTGCGCCCCCTGCTGGTTGTGCGAACCCCGGGCAGCCCGGGAAATCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100794 CTGCGCCCCCTGCTGGTTGTGCGAACCCCGGGCAGCCCGGGAAATCTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 AGTCAGAAAG         TTCCTGGAGGCCACGCTGCGGTCCCTGACAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100844 AGTCAGAAAGGTA...TAGTTCCTGGAGGCCACGCTGCGGTCCCTGACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAGGTTGGCACGTGGAGCTGGATCCCTTCACAGCCTCAACACCCCTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102765 CAGGTTGGCACGTGGAGCTGGATCCCTTCACAGCCTCAACACCCCTGGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CCAGTGGACTTTGGCAATGTGGTGGCCACACTGGACCCAAGGGCTGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102815 CCAGTGGACTTTGGCAATGTGGTGGCCACACTGGACCCAAGGGCTGCCCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCACCTCACCCTTGCCTGCCATTATGACTCGAAGCTCTTCCCACCCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102865 TCACCTCACCCTTGCCTGCCATTATGACTCGAAGCTCTTCCCACCCGGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CGACCCCCTTTGTAGGGGCCACGGATTCGGCTGTGCCCTGTGCCCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102915 CGACCCCCTTTGTAGGGGCCACGGATTCGGCTGTGCCCTGTGCCCTGCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CTGGAGCTGGCCCAAGCACTTGACCTGGAGCTGAGCAGGGCCAAAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102965 CTGGAGCTGGCCCAAGCACTTGACCTGGAGCTGAGCAGGGCCAAAAAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 G         GCAGCCCCGGTGACCCTGCAACTGCTCTTCTTGGATGGTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103015 GGTG...CAGGCAGCCCCGGTGACCCTGCAACTGCTCTTCTTGGATGGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AAGAGGCGCTGAAGGAGTGGGGACCCAAGGACTCCCTTTACGGTTCCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105884 AAGAGGCGCTGAAGGAGTGGGGACCCAAGGACTCCCTTTACGGTTCCCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 CACCTGGCCCAGCTCATGGAGTCTATACCTCACAGCCCCGGCCCCACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105934 CACCTGGCCCAGCTCATGGAGTCTATACCTCACAGCCCCGGCCCCACCAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    774 GATCCAGGCTATT         GAGCTCTTTATGCTTCTTGATCTCCTGG
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105984 GATCCAGGCTATTGTA...TAGGAGCTCTTTATGCTTCTTGATCTCCTGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 GAGCCCCCAATCCCACCTTCTACAGCCACTTCCCTCGCACGGTCCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106126 GAGCCCCCAATCCCACCTTCTACAGCCACTTCCCTCGCACGGTCCGCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 TTCCATCGGCTGAGGAGCATTG         AGAAGCGTCTGCACCGTTT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 106176 TTCCATCGGCTGAGGAGCATTGGTA...CAGAGAAGCGTCTGCACCGTTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAACCTGCTGCAGTCTCATCCCCAGGAAGTGATGTACTTCCAACCCGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109114 GAACCTGCTGCAGTCTCATCCCCAGGAAGTGATGTACTTCCAACCCGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGCCCTTTGGCTCTGTGGAAGACGACCACATCCCCTTCCTCCGCAGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 109164 AGCCCTTTGGCTCTGTGGAAGACGACCACATCCCCTTCCTCCGCAGAGGT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1004        GGGTACCCGTGCTCCATCTCATCTCCACGCCCTTCCCTGCTGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109214 A...CAGGGGTACCCGTGCTCCATCTCATCTCCACGCCCTTCCCTGCTGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 CTGGCACACCCCTGCGGACACCGAGGTCAATCTCCACCCACCCACGGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110244 CTGGCACACCCCTGCGGACACCGAGGTCAATCTCCACCCACCCACGGTAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1097 ACAACTTGTGCCGCATTCTCGCTGTGTTCCTGGCTGAATACCTGGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110294 ACAACTTGTGCCGCATTCTCGCTGTGTTCCTGGCTGAATACCTGGGGCTC