seq1 = pF1KB6503.tfa, 1074 bp
seq2 = pF1KB6503/gi568815589f_129020511.tfa (gi568815589f:129020511_129247461), 226951 bp

>pF1KB6503 1074
>gi568815589f:129020511_129247461 (Chr9)

1-31  (91091-91121)   100% ->
32-129  (100003-100100)   100% ->
130-216  (102542-102628)   100% ->
217-321  (107454-107558)   100% ->
322-447  (108475-108600)   100% ->
448-565  (111012-111129)   100% ->
566-665  (114285-114384)   100% ->
666-790  (115961-116085)   100% ->
791-891  (117082-117182)   100% ->
892-999  (121935-122042)   100% ->
1000-1074  (126877-126951)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGAGGGCGAGCGGCAGCCGCCGCCAG         ATTCTTCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  91091 ATGGCTGAGGGCGAGCGGCAGCCGCCGCCAGGTA...AAGATTCTTCAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GGAGGCCCCTCCAGCCACTCAGAACTTCATCATTCCAAAAAAGGAGATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100013 GGAGGCCCCTCCAGCCACTCAGAACTTCATCATTCCAAAAAAGGAGATCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACACAGTTCCAGACATGGGCAAATGGAAGCGTTCTCAG         GCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100063 ACACAGTTCCAGACATGGGCAAATGGAAGCGTTCTCAGGTA...TAGGCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TACGCTGACTACATCGGATTCATCCTTACCCTCAACGAAGGTGTGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102545 TACGCTGACTACATCGGATTCATCCTTACCCTCAACGAAGGTGTGAAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAGAAGCTGACCTTCGAGTACAGAGTCTCCGAG         ATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 102595 GAAGAAGCTGACCTTCGAGTACAGAGTCTCCGAGGTA...TAGATGTGGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 ATGAGGTTCATGAGGAAAAGGAGCAGGCTGCAAAGCAGAGTGTGTCCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107461 ATGAGGTTCATGAGGAAAAGGAGCAGGCTGCAAAGCAGAGTGTGTCCTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GATGAATGCATACCATTACCCCGCGCCGGGCACTGTGCACCTTCGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107511 GATGAATGCATACCATTACCCCGCGCCGGGCACTGTGCACCTTCGGAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    322        GCCATTGAGAAACTAGTCGCTCTTCTCAACACGCTGGACAGGT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107561 A...CAGGCCATTGAGAAACTAGTCGCTCTTCTCAACACGCTGGACAGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGATTGATGAGACTCCTCCAGTGGACCAGCCCTCTCGGTTTGGGAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108518 GGATTGATGAGACTCCTCCAGTGGACCAGCCCTCTCGGTTTGGGAATAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCATACAGGACCTGGTATGCCAAACTTGATGAG         GAAGCAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 108568 GCATACAGGACCTGGTATGCCAAACTTGATGAGGTG...CAGGAAGCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 AAACTTGGTGGCCACAGTGGTCCCTACCCATCTGGCAGCTGCTGTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111020 AAACTTGGTGGCCACAGTGGTCCCTACCCATCTGGCAGCTGCTGTGCCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGGTGGCTGTTTACCTAAAGGAGTCAGTGGGGAACTCCACGCGCATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111070 AGGTGGCTGTTTACCTAAAGGAGTCAGTGGGGAACTCCACGCGCATTGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TACGGCACAG         GGCATGAGGCAGCCTTCGCTGCTTTCCTCTG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 111120 TACGGCACAGGTA...CAGGGCATGAGGCAGCCTTCGCTGCTTTCCTCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CTGTCTCTGCAAGATTGGGGTGCTCCGGGTGGATGACCAAATAGCTATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114316 CTGTCTCTGCAAGATTGGGGTGCTCCGGGTGGATGACCAAATAGCTATTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TCTTCAAGGTGTTCAATCG         GTACCTTGAGGTTATGCGGAAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114366 TCTTCAAGGTGTTCAATCGGTG...CAGGTACCTTGAGGTTATGCGGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTCCAGAAAACATACAGGATGGAGCCAGCCGGCAGCCAGGGAGTGTGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115983 CTCCAGAAAACATACAGGATGGAGCCAGCCGGCAGCCAGGGAGTGTGGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 TCTGGATGACTTCCAGTTTCTGCCCTTCATCTGGGGCAGTTCGCAGCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116033 TCTGGATGACTTCCAGTTTCTGCCCTTCATCTGGGGCAGTTCGCAGCTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TAG         ACCACCCATACCTGGAGCCCAGACACTTTGTGGATGAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116083 TAGGTA...CAGACCACCCATACCTGGAGCCCAGACACTTTGTGGATGAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AAGGCCGTGAATGAGAACCACAAGGACTACATGTTCCTGGAGTGTATCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117120 AAGGCCGTGAATGAGAACCACAAGGACTACATGTTCCTGGAGTGTATCCT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTTTATTACCGAG         ATGAAGACTGGCCCATTTGCAGAGCACT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 117170 GTTTATTACCGAGGTG...CAGATGAAGACTGGCCCATTTGCAGAGCACT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 CCAACCAGCTGTGGAACATCAGCGCCGTCCCTTCCTGGTCCAAAGTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121963 CCAACCAGCTGTGGAACATCAGCGCCGTCCCTTCCTGGTCCAAAGTGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CAGGGTCTCATCCGCATGTATAAGGCCGAG         TGCCTGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 122013 CAGGGTCTCATCCGCATGTATAAGGCCGAGGTG...CAGTGCCTGGAGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 GTTCCCTGTGATCCAGCACTTCAAGTTCGGGAGCCTGCTGCCCATCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126888 GTTCCCTGTGATCCAGCACTTCAAGTTCGGGAGCCTGCTGCCCATCCATC

   1150     .    :
   1061 CTGTCACGTCGGGC
        ||||||||||||||
 126938 CTGTCACGTCGGGC