seq1 = pF1KB6501.tfa, 1074 bp
seq2 = pF1KB6501/gi568815575r_3512203.tfa (gi568815575r:3512203_3813253), 301051 bp

>pF1KB6501 1074
>gi568815575r:3512203_3813253 (ChrX)

(complement)

1-166  (100001-100166)   99% ->
167-335  (138488-138656)   99% ->
336-599  (157842-158105)   100% ->
600-719  (171283-171402)   100% ->
720-815  (186740-186835)   100% ->
816-873  (191938-191995)   100% ->
874-951  (197362-197439)   100% ->
952-1074  (200929-201051)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGCGCCCGGGCTGGCCCAGGCGGCCGCGGCGGAGAGCGACTCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGCGCCCGGGCTGGCCCAGGCGGCCGCGGCGGAGAGCGACTCCCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAAGGTGGCGGAGGAGACCCCCGACGGGGCGCCCGCGCTCTGCCCCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAAGGTGGCGGAGGAGACCCCCGACGGGGCGCCCGCGCTCTGCCCCAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGAGGCGCTGTCGCCGGAGCCGCCTGCGTACAGCCTGCAGGACTTTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 100101 CTGAGGCGCTGTCGCCGGAGCCGCCTGTGTACAGCCTGCAGGACTTTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGCTGGCCACCGTGG         GCACTGGGACGTTCGGGCGGGTGCA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 100151 ACGCTGGCCACCGTGGGTG...CAGGCACTGGGACGTTCGGGCGGGTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CCTGGTGAAGGAGAAGACAGCCAAGCATTTCTTCGCCCTCAAGGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138513 CCTGGTGAAGGAGAAGACAGCCAAGCATTTCTTCGCCCTCAAGGTGATGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCATTCCTGACGTCATCCGCCTAAAGCAGGAGCAACACGTACACAATGAG
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138563 GCATTCCCGACGTCATCCGCCTAAAGCAGGAGCAACACGTACACAATGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AAGTCTGTCCTGAAGGAAGTCAGCCACCCGTTCCTCATCAGGCT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 138613 AAGTCTGTCCTGAAGGAAGTCAGCCACCCGTTCCTCATCAGGCTGTG...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336    GTTCTGGACGTGGCATGACGAGCGCTTCCTCTACATGCTCATGGAGT
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157839 CAGGTTCTGGACGTGGCATGACGAGCGCTTCCTCTACATGCTCATGGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACGTGCCGGGCGGCGAGCTCTTCAGCTACCTGCGCAACCGGGGGCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157889 ACGTGCCGGGCGGCGAGCTCTTCAGCTACCTGCGCAACCGGGGGCGCTTC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 TCCAGCACCACGGGGCTCTTCTACTCTGCAGAGATCATCTGTGCCATCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157939 TCCAGCACCACGGGGCTCTTCTACTCTGCAGAGATCATCTGTGCCATCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GTACCTGCACTCCAAAGAGATCGTCTACAGGGACTTGAAGCCAGAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157989 GTACCTGCACTCCAAAGAGATCGTCTACAGGGACTTGAAGCCAGAGAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCCTGCTGGATAGGGATGGCCACATTAAGCTCACGGACTTTGGGTTCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158039 TCCTGCTGGATAGGGATGGCCACATTAAGCTCACGGACTTTGGGTTCGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AAGAAGCTGGTAGACAG         GACTTGGACCCTCTGTGGAACACC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 158089 AAGAAGCTGGTAGACAGGTA...TAGGACTTGGACCCTCTGTGGAACACC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 CGAGTACCTAGCCCCCGAAGTCATTCAGAGCAAGGGCCACGGAAGGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171307 CGAGTACCTAGCCCCCGAAGTCATTCAGAGCAAGGGCCACGGAAGGGCCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 TGGACTGGTGGGCCCTCGGCATCCTGATATTCGAGATGCTTTCGGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 171357 TGGACTGGTGGGCCCTCGGCATCCTGATATTCGAGATGCTTTCGGGGTA.

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720      GTTTCCTCCGTTTTTTGATGACAACCCGTTTGGCATTTATCAGAA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171407 ..CAGGTTTCCTCCGTTTTTTGATGACAACCCGTTTGGCATTTATCAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AATTCTTGCAGGCAAAATAGATTTCCCCAGACATTTGGATTTCCATGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186785 AATTCTTGCAGGCAAAATAGATTTCCCCAGACATTTGGATTTCCATGTAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 A         AGACCTCATTAAGAAACTGCTCGTGGTTGACAGAACAAGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186835 AGTA...TAGAGACCTCATTAAGAAACTGCTCGTGGTTGACAGAACAAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CGATTAGGAAACATGAAG         AACGGGGCGAATGATGTGAAGCA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 191978 CGATTAGGAAACATGAAGGTC...AAGAACGGGGCGAATGATGTGAAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TCATCGGTGGTTCCGCTCCGTGGACTGGGAAGCTGTTCCGCAGAGAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197385 TCATCGGTGGTTCCGCTCCGTGGACTGGGAAGCTGTTCCGCAGAGAAAAC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TGAAG         CCTCCCATCGTGCCCAAGATAGCTGGTGACGGCGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197435 TGAAGGTA...CAGCCTCCCATCGTGCCCAAGATAGCTGGTGACGGCGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACTTCCAACTTCGAAACTTACCCTGAGAATGACTGGGACACAGCCGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 200965 ACTTCCAACTTCGAAACTTACCCTGAGAATGACTGGGACACAGCCGCGCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1038 CGTGCCGCAGAAGGATTTAGAAATCTTCAAGAATTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 201015 CGTGCCGCAGAAGGATTTAGAAATCTTCAAGAATTTC