seq1 = pF1KB6494.tfa, 810 bp
seq2 = pF1KB6494/gi568815597r_27792166.tfa (gi568815597r:27792166_28014169), 222004 bp

>pF1KB6494 810
>gi568815597r:27792166_28014169 (Chr1)

(complement)

7-117  (99996-100107)   99% ->
118-219  (106888-106989)   100% ->
220-333  (107129-107242)   100% ->
334-408  (116463-116537)   100% ->
409-525  (117049-117165)   100% ->
526-633  (119773-119880)   100% ->
634-728  (120064-120158)   100% ->
729-810  (121923-122004)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 AACAG TGGATTCGAAAGCTATGGCAGCTCCTCATACGGGGGAGCCGGCG
        |||||-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99996 AACAGGTGGATTCGAAAGCTATGGCAGCTCCTCATACGGGGGAGCCGGCG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     56 GCTACACGCAGTCCCCGGGGGGCTTTGGATCGCCCGCACCTTCTCAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 GCTACACGCAGTCCCCGGGGGGCTTTGGATCGCCCGCACCTTCTCAAGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    106 GAAAAGAAATCA         AGAGCCCGAGCCCAGCACATTGTGCCCTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100096 GAAAAGAAATCAGTA...CAGAGAGCCCGAGCCCAGCACATTGTGCCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    147 TACTATATCTCAGCTGCTTTCTGCCACTTTGGTTGATGAAGTGTTCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106917 TACTATATCTCAGCTGCTTTCTGCCACTTTGGTTGATGAAGTGTTCAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    197 TTGGGAATGTTGAGATTTCACAG         GTCACTATTGTGGGGATC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 106967 TTGGGAATGTTGAGATTTCACAGGTA...TAGGTCACTATTGTGGGGATC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238 ATCAGACATGCAGAGAAGGCTCCAACCAACATTGTTTACAAAATAGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107147 ATCAGACATGCAGAGAAGGCTCCAACCAACATTGTTTACAAAATAGATGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    288 CATGACAGCTGCACCCATGGACGTTCGCCAGTGGGTTGACACAGAT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 107197 CATGACAGCTGCACCCATGGACGTTCGCCAGTGGGTTGACACAGATGTA.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334      GACACCAGCAGTGAAAACACTGTGGTTCCTCCAGAAACATATGTG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107247 ..TAGGACACCAGCAGTGAAAACACTGTGGTTCCTCCAGAAACATATGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379 AAAGTGGCAGGCCACCTGAGATCTTTTCAG         AACAAAAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 116508 AAAGTGGCAGGCCACCTGAGATCTTTTCAGGTA...TAGAACAAAAAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    420 CCTGGTAGCCTTTAAGATCATGCCCCTGGAGGATATGAATGAGTTCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117060 CCTGGTAGCCTTTAAGATCATGCCCCTGGAGGATATGAATGAGTTCACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    470 CACATATTCTGGAAGTGATCAATGCACACATGGTACTAAGCAAAGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117110 CACATATTCTGGAAGTGATCAATGCACACATGGTACTAAGCAAAGCCAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    520 AGCCAG         CCCTCAGCAGGGAGAGCACCTATCAGCAATCCAGG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117160 AGCCAGGTG...CAGCCCTCAGCAGGGAGAGCACCTATCAGCAATCCAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    561 AATGAGTGAAGCAGGGAACTTTGGTGGGAATAGCTTCATGCCAGCAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119808 AATGAGTGAAGCAGGGAACTTTGGTGGGAATAGCTTCATGCCAGCAAATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    611 GCCTCACTGTGGCCCAAAACCAG         GTGTTGAATTTGATTAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 119858 GCCTCACTGTGGCCCAAAACCAGGTA...CAGGTGTTGAATTTGATTAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    652 GCTTGTCCAAGACCTGAAGGGTTGAACTTTCAGGATCTCAAGAACCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120082 GCTTGTCCAAGACCTGAAGGGTTGAACTTTCAGGATCTCAAGAACCAGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    702 GAAACACATGTCTGTATCCTCAATCAA         GCAAGCTGTGGATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 120132 GAAACACATGTCTGTATCCTCAATCAAGTA...TAGGCAAGCTGTGGATT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    743 TTCTGAGCAATGAGGGGCACATCTATTCTACTGTGGATGATGACCATTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121937 TTCTGAGCAATGAGGGGCACATCTATTCTACTGTGGATGATGACCATTTT

    850     .    :    .
    793 AAATCCACAGATGCAGAA
        ||||||||||||||||||
 121987 AAATCCACAGATGCAGAA