seq1 = pF1KB6493.tfa, 993 bp
seq2 = pF1KB6493/gi568815597f_75687496.tfa (gi568815597f:75687496_75894647), 207152 bp

>pF1KB6493 993
>gi568815597f:75687496_75894647 (Chr1)

1-111  (99999-100109)   99% ->
112-309  (101664-101861)   100% ->
310-415  (102457-102562)   100% ->
416-468  (103790-103842)   100% ->
469-579  (103966-104076)   100% ->
580-705  (104686-104811)   99% ->
706-855  (106589-106738)   100% ->
856-993  (107015-107152)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCACTCCACAGAAGGATGTTATTATCAAGTCAGATGCACCGGACAC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AAGGGCACTCCACAGAAGGATGTTATTATCAAGTCAGATGCACCGGACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TTTGTTATTGGAGAAACATGCAGATTATATCGCATCCTATGGCTCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 TTTGTTATTGGAGAAACATGCAGATTATATCGCATCCTATGGCTCAAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AAGATGATTAT         GAATACTGTATGTCTGAGTATTTGAGAATG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 AAGATGATTATGTA...TAGGAATACTGTATGTCTGAGTATTTGAGAATG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTGGCATCTATTGGGGTCTGACAGTAATGGATCTCATGGGACAACTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101694 AGTGGCATCTATTGGGGTCTGACAGTAATGGATCTCATGGGACAACTTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TCGCATGAATAGAGAAGAGATTCTGGCATTTATTAAGTCTTGCCAACATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101744 TCGCATGAATAGAGAAGAGATTCTGGCATTTATTAAGTCTTGCCAACATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATGTGGTGGAATAAGTGCTAGTATCGGACATGATCCTCATCTTTTATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101794 AATGTGGTGGAATAAGTGCTAGTATCGGACATGATCCTCATCTTTTATAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTCTTAGTGCTGTCCAG         ATTCTTACGCTGTATGACAGTAT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 101844 ACTCTTAGTGCTGTCCAGGTA...CAGATTCTTACGCTGTATGACAGTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TAATGTTATTGACGTAAATAAAGTTGTGGAATATGTTAAAGGTCTACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102480 TAATGTTATTGACGTAAATAAAGTTGTGGAATATGTTAAAGGTCTACAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AAGAAGATGGTTCTTTTGCTGGAGATATTTGGG         GAGAAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 102530 AAGAAGATGGTTCTTTTGCTGGAGATATTTGGGGTA...TAGGAGAAATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GACACAAGATTCTCTTTTTGTGCGGTGGCAACTTTGGCTTTGTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 103798 GACACAAGATTCTCTTTTTGTGCGGTGGCAACTTTGGCTTTGTTGGTA..

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    469     GGGAAGCTTGATGCTATTAATGTGGAAAAGGCAATCGAATTTGTTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103848 .TAGGGGAAGCTTGATGCTATTAATGTGGAAAAGGCAATCGAATTTGTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TATCCTGTATGAACTTTGACGGTGGATTTGGTTGCAGACCAGGTTCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104012 TATCCTGTATGAACTTTGACGGTGGATTTGGTTGCAGACCAGGTTCTGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TCCCATGCTGGGCAG         ATCTATTGTTGCACAGGATTTCTGGC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 104062 TCCCATGCTGGGCAGGTA...TAGATCTATTGTTGCACAGGATTTCTGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TATTACAAGTCAGTTGCATCAAGTAAATTCTGATTTACTTGGCTGGTGGC
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104712 AATTACAAGTCAGTTGCATCAAGTAAATTCTGATTTACTTGGCTGGTGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTTGTGAACGACAATTACCCTCAGGCGGGCTCAATGGAAGGCCGGAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104762 TTTGTGAACGACAATTACCCTCAGGCGGGCTCAATGGAAGGCCGGAGAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706          TTACCAGATGTATGCTACTCATGGTGGGTCCTGGCTTCCCT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104812 GTA...TAGTTACCAGATGTATGCTACTCATGGTGGGTCCTGGCTTCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAAGATAATTGGAAGACTTCATTGGATTGATAGAGAGAAACTGCGTAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106630 AAAGATAATTGGAAGACTTCATTGGATTGATAGAGAGAAACTGCGTAATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCATTTTAGCATGTCAAGATGAAGAAACGGGGGGATTTGCAGACAGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106680 TCATTTTAGCATGTCAAGATGAAGAAACGGGGGGATTTGCAGACAGGCCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGAGATATG         GTGGATCCTTTTCATACCTTATTTGGAATTGC
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106730 GGAGATATGGCA...TAGGTGGATCCTTTTCATACCTTATTTGGAATTGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGGATTGTCACTTTTGGGAGAAGAACAGATTAAACCTGTTAATCCTGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107047 TGGATTGTCACTTTTGGGAGAAGAACAGATTAAACCTGTTAATCCTGTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 TTTGCATGCCTGAAGAAGTGCTTCAGAGAGTGAATGTTCAGCCTGAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107097 TTTGCATGCCTGAAGAAGTGCTTCAGAGAGTGAATGTTCAGCCTGAGCTA

   1050     .
    988 GTGAGC
        ||||||
 107147 GTGAGC