seq1 = pF1KB6492.tfa, 1071 bp
seq2 = pF1KB6492/gi568815594r_3412977.tfa (gi568815594r:3412977_3632412), 219436 bp

>pF1KB6492 1071
>gi568815594r:3412977_3632412 (Chr4)

(complement)

1-204  (100001-100204)   100% ->
205-349  (107362-107506)   100% ->
350-471  (112220-112341)   100% ->
472-592  (113422-113542)   100% ->
593-751  (114221-114379)   100% ->
752-834  (116215-116297)   100% ->
835-1011  (117485-117661)   100% ->
1012-1071  (119377-119436)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCCGCGGAGGGTCAGGTCGTTTCTGCGCGGGCTCCCGGCGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCCGCGGAGGGTCAGGTCGTTTCTGCGCGGGCTCCCGGCGCTGCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGCTGCTGCTCTTCCTCGGGCCCTGGCCCGCTGCGAGCCACGGCGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGCTGCTGCTCTTCCTCGGGCCCTGGCCCGCTGCGAGCCACGGCGGCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTACTCGCGGGAGAAGAACCAGCCCAAGCCGTCCCCGAAACGCGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTACTCGCGGGAGAAGAACCAGCCCAAGCCGTCCCCGAAACGCGAGTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGAGAGGAGTTCCGCATGGAGAAGTTGAACCAGCTGTGGGAGAAGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGAGAGGAGTTCCGCATGGAGAAGTTGAACCAGCTGTGGGAGAAGGCCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCGA         CTGCATCTTCCTCCCGTGAGGCTGGCCGAGCTCCACG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCGAGTG...CAGCTGCATCTTCCTCCCGTGAGGCTGGCCGAGCTCCACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGATCTGAAGATACAGGAGAGGGACGAACTCGCCTGGAAGAAACTAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107399 CTGATCTGAAGATACAGGAGAGGGACGAACTCGCCTGGAAGAAACTAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CTTGACGGCTTGGACGAAGATGGGGAGAAGGAAGCGAGACTCATACGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107449 CTTGACGGCTTGGACGAAGATGGGGAGAAGGAAGCGAGACTCATACGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 CCTCAATG         TCATCTTGGCCAAGTATGGTCTGGACGGAAAGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 107499 CCTCAATGGTA...TAGTCATCTTGGCCAAGTATGGTCTGGACGGAAAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 AGGACGCTCGGCAGGTGACCAGCAACTCCCTCAGTGGCACCCAGGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112253 AGGACGCTCGGCAGGTGACCAGCAACTCCCTCAGTGGCACCCAGGAAGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGGCTGGATGACCCCAGGCTGGAAAAGCTGTGGCACAAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112303 GGGCTGGATGACCCCAGGCTGGAAAAGCTGTGGCACAAGGTA...TAGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GAAGACCTCTGGGAAATTCTCCGGCGAAGAACTGGACAAGCTCTGGCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113424 GAAGACCTCTGGGAAATTCTCCGGCGAAGAACTGGACAAGCTCTGGCGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGTTCCTGCATCACAAAGAGAAAGTTCACGAGTACAACGTCCTGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113474 AGTTCCTGCATCACAAAGAGAAAGTTCACGAGTACAACGTCCTGCTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 ACCCTGAGCAGGACCGAAG         AAATCCACGAGAACGTCATTAG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 113524 ACCCTGAGCAGGACCGAAGGTG...CAGAAATCCACGAGAACGTCATTAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCCCTCGGACCTGAGCGACATCAAGGGCAGCGTCCTGCACAGCAGGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114243 CCCCTCGGACCTGAGCGACATCAAGGGCAGCGTCCTGCACAGCAGGCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGGAGCTGAAGGAGAAGCTGCGCAGCATCAACCAGGGCCTGGACCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114293 CGGAGCTGAAGGAGAAGCTGCGCAGCATCAACCAGGGCCTGGACCGCCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CGCAGGGTCAGCCACCAGGGCTACAGCACTGAGGCTG         AGTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 114343 CGCAGGGTCAGCCACCAGGGCTACAGCACTGAGGCTGGTG...CAGAGTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CGAGGAGCCCAGGGTGATTGACCTGTGGGACCTGGCGCAGTCCGCCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116219 CGAGGAGCCCAGGGTGATTGACCTGTGGGACCTGGCGCAGTCCGCCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCACGGACAAGGAGCTGGAGGCGTTCCGG         GAGGAGCTCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 116269 TCACGGACAAGGAGCTGGAGGCGTTCCGGGTA...CAGGAGGAGCTCAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CACTTCGAAGCCAAAATCGAGAAGCACAACCACTACCAGAAGCAGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117497 CACTTCGAAGCCAAAATCGAGAAGCACAACCACTACCAGAAGCAGCTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GATTGCGCACGAGAAGCTGAGGCACGCAGAGAGCGTGGGCGACGGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117547 GATTGCGCACGAGAAGCTGAGGCACGCAGAGAGCGTGGGCGACGGCGAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GTGTGAGCCGCAGCCGCGAGAAGCACGCCCTGCTGGAGGGGCGGACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117597 GTGTGAGCCGCAGCCGCGAGAAGCACGCCCTGCTGGAGGGGCGGACCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GAGCTGGGCTACACG         GTGAAGAAGCATCTGCAGGACCTGTC
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 117647 GAGCTGGGCTACACGGTG...CAGGTGAAGAAGCATCTGCAGGACCTGTC

   1100     .    :    .    :    .    :
   1038 CGGCAGGATCTCCAGAGCTCGGCACAACGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119403 CGGCAGGATCTCCAGAGCTCGGCACAACGAACTC