seq1 = pF1KB6489.tfa, 987 bp
seq2 = pF1KB6489/gi568815595r_146094414.tfa (gi568815595r:146094414_146320927), 226514 bp

>pF1KB6489 987
>gi568815595r:146094414_146320927 (Chr3)

(complement)

1-118  (99997-100113)   96% ->
119-354  (114167-114402)   100% ->
355-397  (119851-119893)   100% ->
398-624  (120889-121115)   99% ->
625-786  (124135-124296)   100% ->
787-945  (125646-125804)   100% ->
946-987  (126473-126514)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAGGTGTGGTACCCACAGCCCCTGAACAGCCTGCAGGTGAAATGGA
         || -|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99997 CTGA AGGTGTGGTACCCACAGCCCCTGAACAGCCTGCAGGTGAAATGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AAATCAAACAAAACCACCAGATCCAAGGCCTGATGCTCCTCCTGAATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 AAATCAAACAAAACCACCAGATCCAAGGCCTGATGCTCCTCCTGAATACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GTTCTCATTTTTTACCAG         GACCCCCTGGAACAGCTGTCCCT
         |||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100096 ATTCTCATTTTTTACCAGGTG...CAGGACCCCCTGGAACAGCTGTCCCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCACCTACTGGCTACCCAGGAGGCTTGCCTATGGGATACTACAGTCCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114190 CCACCTACTGGCTACCCAGGAGGCTTGCCTATGGGATACTACAGTCCACA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAACCCAGTACCTTCCCTTTGTACCAGCCAGTTGGTGGTATCCATCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114240 GCAACCCAGTACCTTCCCTTTGTACCAGCCAGTTGGTGGTATCCATCCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCCGGTATCAGCCTGGCAAATATCCTATGCCAAATCAGTCTGTTCCAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114290 TCCGGTATCAGCCTGGCAAATATCCTATGCCAAATCAGTCTGTTCCAATA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACATGGATGCCAGGGCCAACTCCTATGGCAAACTGCCCTCCTGGTCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114340 ACATGGATGCCAGGGCCAACTCCTATGGCAAACTGCCCTCCTGGTCTGGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ATACTTAGTTCAG         TTGGACAACATACATGTTCTTCAGCATT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 114390 ATACTTAGTTCAGGTA...CAGTTGGACAACATACATGTTCTTCAGCATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTGAGCCTCTGGAAA         TGATGACATGTTTTGAAACTAATAAT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 119879 TTGAGCCTCTGGAAAGTA...TAGTGATGACATGTTTTGAAACTAATAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGATATGATATTAAAAACAACTCAGACCAGATGGTTTACGTTGTAACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 120915 AGATATGATATTAAAAACAACTCAGACCAGATGGTTTACATTGTAACCGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGACACAGATGACTTTACCAGGAATGCCTATCGGACACTAAGGCCCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120965 AGACACAGATGACTTTACCAGGAATGCCTATCGGACACTAAGGCCCTTCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCCTCCGGGTCACTGATTGTATGGGCCGAGAAATCATGACAATGCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121015 TCCTCCGGGTCACTGATTGTATGGGCCGAGAAATCATGACAATGCAGAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CCCTTCAGATGCACCTGCTGTTGCTTCTGTTGCCCCTCTGCCAGACAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121065 CCCTTCAGATGCACCTGCTGTTGCTTCTGTTGCCCCTCTGCCAGACAAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 G         CTGGAGGTGCAGTGTCCTCCTGGTGTCACCATTGGCTTTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121115 GGTC...CAGCTGGAGGTGCAGTGTCCTCCTGGTGTCACCATTGGCTTTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TTGCGGAACATTGGAACCTGTGCAGGGCGGTGTACAGCATCCAAAATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124175 TTGCGGAACATTGGAACCTGTGCAGGGCGGTGTACAGCATCCAAAATGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AAGAAAGAAAATGTGATGAGAGTTCGTGGGCCATGCTCAACCTATGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124225 AAGAAAGAAAATGTGATGAGAGTTCGTGGGCCATGCTCAACCTATGGCTG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TGGTTCAGATTCTGTTTTTGAG         GTCAAATCCCTTGATGGCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 124275 TGGTTCAGATTCTGTTTTTGAGGTG...CAGGTCAAATCCCTTGATGGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TATCCAACATCGGCAGTATTATCCGGAAGTGGAATGGTTTGTTATCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125665 TATCCAACATCGGCAGTATTATCCGGAAGTGGAATGGTTTGTTATCAGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 ATGGCAGATGCTGACCATTTTGACATTCACTTCCCACTAGACCTGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125715 ATGGCAGATGCTGACCATTTTGACATTCACTTCCCACTAGACCTGGATGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GAAGATGAAAGCCATGATTTTTGGAGCTTGCTTCCTCATT         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 125765 GAAGATGAAAGCCATGATTTTTGGAGCTTGCTTCCTCATTGTA...CAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ACTTCATGTATTTTGAAAGATCTCCACCACAACGTTCAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126474 ACTTCATGTATTTTGAAAGATCTCCACCACAACGTTCAAGA