seq1 = pF1KB6486.tfa, 1068 bp
seq2 = pF1KB6486/gi568815589r_32873501.tfa (gi568815589r:32873501_33101604), 228104 bp

>pF1KB6486 1068
>gi568815589r:32873501_33101604 (Chr9)

(complement)

1-38  (100001-100038)   100% ->
39-175  (111710-111846)   100% ->
176-222  (113476-113522)   100% ->
223-525  (113759-114061)   100% ->
526-585  (115575-115634)   100% ->
586-812  (116748-116974)   100% ->
813-916  (127044-127147)   100% ->
917-1068  (127953-128104)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGTAACGTGAATTTGTCCGTCTCCGACTTCTGGAG         AGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100001 ATGAGTAACGTGAATTTGTCCGTCTCCGACTTCTGGAGGTA...TAGAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GATGATGCGGGTGTGCTGGTTGGTGAGACAGGACAGCCGGCACCAGCGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111713 GATGATGCGGGTGTGCTGGTTGGTGAGACAGGACAGCCGGCACCAGCGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCAGACTTCCACATTTGGAAGCAGTTGTGATTGGGCGTGGCCCAGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111763 TCAGACTTCCACATTTGGAAGCAGTTGTGATTGGGCGTGGCCCAGAGACC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGATCACTGATAAGAAATGTTCTCGACAGCAAG         TACAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 111813 AAGATCACTGATAAGAAATGTTCTCGACAGCAAGGTA...CAGTACAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GAAAGCAGAGTGTAACAAGGGATATGTCAAGGTAAAGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 113483 GAAAGCAGAGTGTAACAAGGGATATGTCAAGGTAAAGCAGGTA...TAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TAGGAGTCAATCCCACCAGCATTGACTCAGTCGTAATTGGGAAGGACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113760 TAGGAGTCAATCCCACCAGCATTGACTCAGTCGTAATTGGGAAGGACCAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GAGGTGAAGCTGCAGCCTGGCCAGGTTCTCCACATGGTGAATGAACTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113810 GAGGTGAAGCTGCAGCCTGGCCAGGTTCTCCACATGGTGAATGAACTTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCCATATATTGTAGAGTTTGAGGAAGAGGCAAAGAACCCTGGCCTGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113860 TCCATATATTGTAGAGTTTGAGGAAGAGGCAAAGAACCCTGGCCTGGAAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CACACAGGAAGAGAAAGAGATCAGGCAACAGTGATTCTATAGAAAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113910 CACACAGGAAGAGAAAGAGATCAGGCAACAGTGATTCTATAGAAAGGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTGCTCAGGAAGCTGAGGCTGGGACAGGGCTGGAACCTGGGAGCAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113960 GCTGCTCAGGAAGCTGAGGCTGGGACAGGGCTGGAACCTGGGAGCAACTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGCCAATGCTCTGTGCCCCTAAAGAAGGGAAAAGATGCACCTATCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114010 TGGCCAATGCTCTGTGCCCCTAAAGAAGGGAAAAGATGCACCTATCAAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AG         GAATCCCTGGGCCACTGGAGTCAAGGCTTGAAGATTTCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114060 AGGTG...TAGGAATCCCTGGGCCACTGGAGTCAAGGCTTGAAGATTTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATGCAGGACCCCAAAATGCAG         GTTTACAAAGATGAGCAGGT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 115614 ATGCAGGACCCCAAAATGCAGGTC...TAGGTTTACAAAGATGAGCAGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGTGGTGATAAAGGATAAATACCCAAAGGCCCGTTACCATTGGCTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116768 GGTGGTGATAAAGGATAAATACCCAAAGGCCCGTTACCATTGGCTGGTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TACCGTGGACCTCCATTTCCAGTCTGAAGGCTGTGGCCAGGGAACACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116818 TACCGTGGACCTCCATTTCCAGTCTGAAGGCTGTGGCCAGGGAACACCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAACTCCTTAAGCATATGCACACTGTGGGGGAAAAGGTGATTGTAGATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116868 GAACTCCTTAAGCATATGCACACTGTGGGGGAAAAGGTGATTGTAGATTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGCTGGGTCCAGCAAACTCCGCTTCCGATTGGGCTACCACGCCATTCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116918 TGCTGGGTCCAGCAAACTCCGCTTCCGATTGGGCTACCACGCCATTCCGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GTATGAG         CCATGTACATCTTCATGTGATCAGCCAGGATTTT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116968 GTATGAGGTA...TAGCCATGTACATCTTCATGTGATCAGCCAGGATTTT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GATTCTCCTTGCCTTAAAAACAAAAAACATTGGAATTCTTTCAATACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127078 GATTCTCCTTGCCTTAAAAACAAAAAACATTGGAATTCTTTCAATACAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATACTTCCTAGAATCACAAG         CTGTGATCGAGATGGTACAAG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 127128 ATACTTCCTAGAATCACAAGGTA...CAGCTGTGATCGAGATGGTACAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGGCTGGTAGAGTAACTGTCCGAGATGGGATGCCTGAGCTCTTGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127974 AGGCTGGTAGAGTAACTGTCCGAGATGGGATGCCTGAGCTCTTGAAGCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CCCCTTCGTTGTCATGAGTGCCAGCAGCTGCTGCCTTCCATTCCTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128024 CCCCTTCGTTGTCATGAGTGCCAGCAGCTGCTGCCTTCCATTCCTCAGCT

   1100     .    :    .    :    .    :
   1038 GAAAGAACATCTCAGGAAGCACTGGACACAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 128074 GAAAGAACATCTCAGGAAGCACTGGACACAG