seq1 = pF1KB6484.tfa, 1068 bp
seq2 = pF1KB6484/gi568815585f_33718179.tfa (gi568815585f:33718179_33936292), 218114 bp

>pF1KB6484 1068
>gi568815585f:33718179_33936292 (Chr13)

1-87  (100001-100087)   100% ->
88-225  (102954-103091)   100% ->
226-293  (105739-105806)   100% ->
294-391  (107611-107708)   100% ->
392-573  (111658-111839)   100% ->
574-710  (112541-112677)   100% ->
711-809  (113078-113176)   100% ->
810-879  (116970-117039)   100% ->
880-1068  (117926-118114)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGCCTCTGGGTGGACAAGTATCGGCCCTGCTCCTTGGGACGGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGCCTCTGGGTGGACAAGTATCGGCCCTGCTCCTTGGGACGGCTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTATCACAAGGAGCAGGCGGCCCAGCTGCGGAACCTG         GTGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 100051 CTATCACAAGGAGCAGGCGGCCCAGCTGCGGAACCTGGTG...CAGGTGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGTGTGGTGACTTTCCTCATCTGTTAGTGTACGGACCATCAGGTGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102958 AGTGTGGTGACTTTCCTCATCTGTTAGTGTACGGACCATCAGGTGCTGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAAAAGACAAGAATTATGTGTATTCTACGTGAACTTTATGGTGTTGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103008 AAAAAGACAAGAATTATGTGTATTCTACGTGAACTTTATGGTGTTGGAGT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGAAAAATTGAGAATTGAACATCAGACCATCACA         ACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 103058 GGAAAAATTGAGAATTGAACATCAGACCATCACAGTA...CAGACTCCAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTAAAAAAAAAATTGAAATTAGCACCATTGCAAGTAACTACCACCTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105746 CTAAAAAAAAAATTGAAATTAGCACCATTGCAAGTAACTACCACCTTGAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTAATCCTAG         TGATGCTGGAAATAGTGACCGAGTAGTCAT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 105796 GTTAATCCTAGGTA...TAGTGATGCTGGAAATAGTGACCGAGTAGTCAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCAGGAGATGTTGAAAACAGTGGCACAATCACAACAACTTGAAACAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107641 TCAGGAGATGTTGAAAACAGTGGCACAATCACAACAACTTGAAACAAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCAAAGGGATTTTAAAG         TGGTATTATTGACAGAAGTTGAC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 107691 CTCAAAGGGATTTTAAAGGTA...CAGTGGTATTATTGACAGAAGTTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 AAACTCACCAAAGATGCTCAGCATGCCTTGCGAAGAACCATGGAAAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111681 AAACTCACCAAAGATGCTCAGCATGCCTTGCGAAGAACCATGGAAAAATA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TATGTCTACCTGCAGATTGATCTTGTGCTGCAATTCTACATCTAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111731 TATGTCTACCTGCAGATTGATCTTGTGCTGCAATTCTACATCTAAAGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TCCCACCTATTCGTAGTAGGTGCTTGGCGGTTCGTGTGCCTGCTCCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111781 TCCCACCTATTCGTAGTAGGTGCTTGGCGGTTCGTGTGCCTGCTCCCAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTGAAGAT         ATTTGCCACGTGTTATCTACTGTGTGTAAGAA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 111831 ATTGAAGATGTA...TAGATTTGCCACGTGTTATCTACTGTGTGTAAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAAGGTCTGAATCTTCCTTCACAACTGGCTCATAGACTTGCAGAGAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112573 GGAAGGTCTGAATCTTCCTTCACAACTGGCTCATAGACTTGCAGAGAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTTGTAGAAATCTCAGAAAAGCCCTGCTTATGTGTGAAGCCTGCAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112623 CTTGTAGAAATCTCAGAAAAGCCCTGCTTATGTGTGAAGCCTGCAGAGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CAACA         ATATCCTTTTACTGCAGATCAAGAAATCCCTGAGAC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112673 CAACAGTG...TAGATATCCTTTTACTGCAGATCAAGAAATCCCTGAGAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGATTGGGAGGTGTATCTGAGGGAGACTGCAAATGCTATTGTCAGTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113114 AGATTGGGAGGTGTATCTGAGGGAGACTGCAAATGCTATTGTCAGTCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 AAACTCCACAAAG         GCTCCTTGAAGTTCGTGGAAGGCTGTAT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 113164 AAACTCCACAAAGGTA...TAGGCTCCTTGAAGTTCGTGGAAGGCTGTAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GAGCTTCTAACTCATTGTATTCCTCCTGAGATAATAATGAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 116998 GAGCTTCTAACTCATTGTATTCCTCCTGAGATAATAATGAAGGTA...TA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    880  GGCCTTCTCTCAGAACTGTTACATAATTGTGATGGACAACTGAAAGGGG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117925 GGGCCTTCTCTCAGAACTGTTACATAATTGTGATGGACAACTGAAAGGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 AGGTGGCACAAATGGCAGCTTACTATGAGCATCGTCTACAGCTGGGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117975 AGGTGGCACAAATGGCAGCTTACTATGAGCATCGTCTACAGCTGGGTAGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 AAAGCCATTTATCACTTGGAAGCGTTTGTGGCCAAATTCATGGCACTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118025 AAAGCCATTTATCACTTGGAAGCGTTTGTGGCCAAATTCATGGCACTTTA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 TAAGAAGTTCATGGAGGATGGATTGGAAGGCATGATGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118075 TAAGAAGTTCATGGAGGATGGATTGGAAGGCATGATGTTC