seq1 = pF1KB6477.tfa, 978 bp
seq2 = pF1KB6477/gi568815578f_37933948.tfa (gi568815578f:37933948_38189872), 255925 bp

>pF1KB6477 978
>gi568815578f:37933948_38189872 (Chr20)

1-151  (100001-100151)   100% ->
152-281  (106488-106617)   100% ->
282-415  (114401-114534)   100% ->
416-528  (123585-123697)   100% ->
529-655  (125447-125573)   100% ->
656-831  (132134-132309)   100% ->
832-978  (155779-155925)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCTCCTTCTCTGAGTCGGCGCTGGAGAAGAAGCTCTCGGAGCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCTCCTTCTCTGAGTCGGCGCTGGAGAAGAAGCTCTCGGAGCTGAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACTCTCAGCAGAGCGTGCAGACCCTGTCCCTTTGGCTCATCCACCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACTCTCAGCAGAGCGTGCAGACCCTGTCCCTTTGGCTCATCCACCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCAAGCACGCGGGACCCATCGTCTCCGTGTGGCACCGCGAGCTCCGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCAAGCACGCGGGACCCATCGTCTCCGTGTGGCACCGCGAGCTCCGCAAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 G         CCAAATCAAATAGAAAGCTTACTTTTCTGTATTTAGCGAA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGTA...CAGCCAAATCAAATAGAAAGCTTACTTTTCTGTATTTAGCGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGATGTCATCCAAAACAGTAAAAGGAAAGGACCTGAATTCACTAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106528 TGATGTCATCCAAAACAGTAAAAGGAAAGGACCTGAATTCACTAGAGAAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TTGAATCTGTCCTTGTGGATGCTTTTTCTCATGTTGCCAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 106578 TTGAATCTGTCCTTGTGGATGCTTTTTCTCATGTTGCCAGGTA...CAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAGGCAGATGAAGGCTGTAAAAAACCTTTAGAAAGATTGCTGAACATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114402 GAGGCAGATGAAGGCTGTAAAAAACCTTTAGAAAGATTGCTGAACATCTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GCAAGAACGAAGTGTGTATGGCGGCGAGTTCATACAGCAGCTGAAGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114452 GCAAGAACGAAGTGTGTATGGCGGCGAGTTCATACAGCAGCTGAAGCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CTATGGAGGACTCCAAGAGCCCTCCCCCCAAAG         CAACAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 114502 CTATGGAGGACTCCAAGAGCCCTCCCCCCAAAGGTA...TAGCAACAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAGAAGAAATCTCTGAAACGAACTTTTCAGCAAATTCAGGAGGAGGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123593 GAGAAGAAATCTCTGAAACGAACTTTTCAGCAAATTCAGGAGGAGGAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGACGACTACCCTGGCAGCTACTCTCCTCAGGATCCTTCTGCAGGACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123643 TGACGACTACCCTGGCAGCTACTCTCCTCAGGATCCTTCTGCAGGACCCC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCTTG         ACTGAGGAACTAATCAAAGCTTTGCAGGATCTGGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123693 TCTTGGTA...CAGACTGAGGAACTAATCAAAGCTTTGCAGGATCTGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AATGCCGCATCAGGGGATGCTACTGTCCGACAGAAAATTGCTTCTCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125483 AATGCCGCATCAGGGGATGCTACTGTCCGACAGAAAATTGCTTCTCTGCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCAGGAAGTGCAAGATGTTTCTCTATTGGAAAAAATAACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125533 CCAGGAAGTGCAAGATGTTTCTCTATTGGAAAAAATAACAGGTG...TAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 ACAAAGAGGCAGCTGAACGTCTTTCAAAAACAGTAGATGAAGCATGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132134 ACAAAGAGGCAGCTGAACGTCTTTCAAAAACAGTAGATGAAGCATGTCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTACTAGCAGAATATAACGGGCGCCTGGCAGCAGAACTGGAGGACCGTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132184 TTACTAGCAGAATATAACGGGCGCCTGGCAGCAGAACTGGAGGACCGTCG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCAGCTGGCTCGGATGTTGGTGGAGTATACCCAGAATCAGAAAGATGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132234 CCAGCTGGCTCGGATGTTGGTGGAGTATACCCAGAATCAGAAAGATGTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TGTCGGAGAAGGAGAAAAAACTAGAG         GAATACAAACAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 132284 TGTCGGAGAAGGAGAAAAAACTAGAGGTG...TAGGAATACAAACAGAAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CTTGCACGAGTAACCCAGGTCCGCAAGGAACTGAAATCCCATATTCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155794 CTTGCACGAGTAACCCAGGTCCGCAAGGAACTGAAATCCCATATTCAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTTGCCAGACCTCTCACTGCTGCCCAACGTCACAGGGGGCTTAGCCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 155844 CTTGCCAGACCTCTCACTGCTGCCCAACGTCACAGGGGGCTTAGCCCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :
    947 TGCCCTCTGCTGGGGACCTGTTTTCAACTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 155894 TGCCCTCTGCTGGGGACCTGTTTTCAACTGAC