seq1 = pF1KB6476.tfa, 1065 bp
seq2 = pF1KB6476/gi568815583f_83390834.tfa (gi568815583f:83390834_83718284), 327451 bp

>pF1KB6476 1065
>gi568815583f:83390834_83718284 (Chr15)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-138  (168420-168488)   100% ->
139-211  (174301-174373)   100% ->
212-355  (177696-177839)   100% ->
356-489  (181732-181865)   100% ->
490-648  (185750-185908)   100% ->
649-752  (196150-196253)   100% ->
753-862  (197829-197938)   100% ->
863-1065  (227249-227451)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATGGAATCTTTGCTGGGATAATATGCAATCAAGCTAATAGGTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATGGAATCTTTGCTGGGATAATATGCAATCAAGCTAATAGGTGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACCTGGACCTCCCAACAG         CTATTTAGTGAAAAAATAAGTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 TACCTGGACCTCCCAACAGGTA...CAGCTATTTAGTGAAAAAATAAGTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GTGCTGAAGGAACTAAACTAGACGATGAATTTCTTGACATGGAAAGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 168442 GTGCTGAAGGAACTAAACTAGACGATGAATTTCTTGACATGGAAAGGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    139       AAAATAGATGTTACCAATAAAGTTGTTGCAGAAATTCTTTCAAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168492 ...AAGAAAATAGATGTTACCAATAAAGTTGTTGCAGAAATTCTTTCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AACCACTGAATATCTTCAGCCAAATCCAG         CATACAGAGCTA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 174345 AACCACTGAATATCTTCAGCCAAATCCAGGTA...AAGCATACAGAGCTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 AGCTAGGAATGCTGAACACTGTGTCGAAGATCCGAGGGCAGGTGAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177708 AGCTAGGAATGCTGAACACTGTGTCGAAGATCCGAGGGCAGGTGAAGACC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACAGGATACCCGCAGACGGAAGGCTTGCTGGGGGACTGTATGCTGAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 177758 ACAGGATACCCGCAGACGGAAGGCTTGCTGGGGGACTGTATGCTGAAATA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGGGAAGGAGCTCGGGGAAGACTCCACCTTTG         GCAATGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 177808 CGGGAAGGAGCTCGGGGAAGACTCCACCTTTGGTG...AAGGCAATGCAT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGATAGAAGTTGGTGAATCCATGAAGCTAATGGCTGAGGTGAAAGACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181741 TGATAGAAGTTGGTGAATCCATGAAGCTAATGGCTGAGGTGAAAGACTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CTTGATATTAATGTAAAGCAAACTTTTATTGATCCACTTCAGTTACTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181791 CTTGATATTAATGTAAAGCAAACTTTTATTGATCCACTTCAGTTACTACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGATAAAGATTTAAAAGAGATCGGG         CATCACCTGAAAAAGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 181841 AGATAAAGATTTAAAAGAGATCGGGGTA...TAGCATCACCTGAAAAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TGGAAGGCCGCCGCCTGGATTACGATTATAAAAAGAAACGAGTAGGTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185766 TGGAAGGCCGCCGCCTGGATTACGATTATAAAAAGAAACGAGTAGGTAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 ATACCAGACGAAGAAGTCAGACAAGCGGTAGAAAAATTTGAAGAGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185816 ATACCAGACGAAGAAGTCAGACAAGCGGTAGAAAAATTTGAAGAGTCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGAGTTGGCTGAAAGAAGCATGTTTAACTTTTTAGAAAATGAT       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 185866 GGAGTTGGCTGAAAGAAGCATGTTTAACTTTTTAGAAAATGATGTA...C

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    649   GTAGAACAAGTCAGCCAGTTGGCTGTGTTCATAGAGGCAGCATTAGAC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196148 AGGTAGAACAAGTCAGCCAGTTGGCTGTGTTCATAGAGGCAGCATTAGAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TATCACAGACAGTCCACAGAGATTCTGCAGGAGCTGCAGAGCAAGCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196198 TATCACAGACAGTCCACAGAGATTCTGCAGGAGCTGCAGAGCAAGCTACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GATGCG         AATATCAGCTGCATCCAGTGTCCCCAGACGAGAAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196248 GATGCGGTA...CAGAATATCAGCTGCATCCAGTGTCCCCAGACGAGAAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 ACAAGCCAAGGCCTGTGAAAAGGAGTTCTAGTGAGCTCAATGGAGTTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 197864 ACAAGCCAAGGCCTGTGAAAAGGAGTTCTAGTGAGCTCAATGGAGTTTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACCACCTCTGTAGTGAAGACGACAG         GTTCTAACATTCCCAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 197914 ACCACCTCTGTAGTGAAGACGACAGGTA...CAGGTTCTAACATTCCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGACCAGCCCTGCTGTCGTGGTCTCTATGACTTTGAGCCAGAAAACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227265 GGACCAGCCCTGCTGTCGTGGTCTCTATGACTTTGAGCCAGAAAACCAAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GAGAATTAGGATTTAAAGAAGGGGACATCATTACATTAACCAATCAAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227315 GAGAATTAGGATTTAAAGAAGGGGACATCATTACATTAACCAATCAAATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GATGAAAACTGGTATGAAGGAATGATACACGGAGAATCGGGATTCTTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227365 GATGAAAACTGGTATGAAGGAATGATACACGGAGAATCGGGATTCTTCCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .
   1029 CATTAATTACGTGGAAGTGATCGTGCCTTTACCTCAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227415 CATTAATTACGTGGAAGTGATCGTGCCTTTACCTCAG