seq1 = pF1KB6473.tfa, 975 bp
seq2 = pF1KB6473/gi568815596f_108559609.tfa (gi568815596f:108559609_108783996), 224388 bp

>pF1KB6473 975
>gi568815596f:108559609_108783996 (Chr2)

1-156  (100001-100156)   100% ->
157-223  (111173-111239)   100% ->
224-344  (112717-112837)   100% ->
345-494  (113272-113421)   100% ->
495-645  (116270-116420)   100% ->
646-738  (116998-117090)   100% ->
739-787  (118371-118419)   100% ->
788-863  (121087-121162)   100% ->
864-975  (124277-124388)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCAACGCCCTGGCCAGCGCCACTTGCGAGCGCTGCAAGGGCGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCAACGCCCTGGCCAGCGCCACTTGCGAGCGCTGCAAGGGCGGCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGCGCCCGCTGAGAAGATCGTGAACAGTAATGGGGAGCTGTACCATGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGCGCCCGCTGAGAAGATCGTGAACAGTAATGGGGAGCTGTACCATGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGTGTTTCGTGTGCGCTCAGTGCTTCCAGCAGTTCCCAGAAGGACTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGTGTTTCGTGTGCGCTCAGTGCTTCCAGCAGTTCCCAGAAGGACTCTTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TATGAG         TTTGAAGGAAGAAAGTACTGTGAACATGACTTTCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TATGAGGTG...CAGTTTGAAGGAAGAAAGTACTGTGAACATGACTTTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GATGCTCTTTGCCCCTTGCTGTCATCAGTGTG         GTGAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111208 GATGCTCTTTGCCCCTTGCTGTCATCAGTGTGGTA...CAGGTGAATTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCATTGGCCGAGTTATCAAAGCCATGAATAACAGCTGGCATCCGGAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112726 TCATTGGCCGAGTTATCAAAGCCATGAATAACAGCTGGCATCCGGAGTGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTCCGCTGTGACCTCTGCCAGGAAGTTCTGGCAGATATCGGGTTTGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112776 TTCCGCTGTGACCTCTGCCAGGAAGTTCTGGCAGATATCGGGTTTGTCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAATGCTGGGAG         ACACCTGTGTCGCCCCTGTCATAATCGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 112826 GAATGCTGGGAGGTA...TAGACACCTGTGTCGCCCCTGTCATAATCGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGAAAGCCAGAGGCCTTGGGAAATACATCTGCCAGAAATGCCATGCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113301 AGAAAGCCAGAGGCCTTGGGAAATACATCTGCCAGAAATGCCATGCTATC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATCGATGAGCAGCCTCTGATATTCAAGAACGACCCCTACCATCCAGACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113351 ATCGATGAGCAGCCTCTGATATTCAAGAACGACCCCTACCATCCAGACCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTTCAACTGCGCCAACTGCGG         GAAGGAGCTGACTGCCGATG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 113401 TTTCAACTGCGCCAACTGCGGGTA...CAGGAAGGAGCTGACTGCCGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CACGGGAGCTGAAAGGGGAGCTATACTGCCTCCCATGCCATGATAAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116290 CACGGGAGCTGAAAGGGGAGCTATACTGCCTCCCATGCCATGATAAAATG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGGTCCCCATCTGTGGTGCTTGCCGACGGCCCATCGAAGGGCGCGTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116340 GGGGTCCCCATCTGTGGTGCTTGCCGACGGCCCATCGAAGGGCGCGTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GAACGCTATGGGCAAGCAGTGGCATGTGGAG         CATTTTGTTT
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 116390 GAACGCTATGGGCAAGCAGTGGCATGTGGAGGTG...CAGCATTTTGTTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GTGCCAAGTGTGAGAAACCCTTTCTTGGACATCGCCATTATGAGAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117008 GTGCCAAGTGTGAGAAACCCTTTCTTGGACATCGCCATTATGAGAGGAAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GGCCTGGCATATTGTGAAACTCACTATAACCAG         CTATTTGG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 117058 GGCCTGGCATATTGTGAAACTCACTATAACCAGGTA...CAGCTATTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TGATGTTTGCTTCCACTGCAATCGTGTTATAGAAGGTGATG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 118379 TGATGTTTGCTTCCACTGCAATCGTGTTATAGAAGGTGATGGTA...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGTCTCTGCTCTTAATAAGGCCTGGTGCGTGAACTGCTTTGCCTGTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121087 TGGTCTCTGCTCTTAATAAGGCCTGGTGCGTGAACTGCTTTGCCTGTTCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACCTGCAACACTAAATTAACACTCAA         GAATAAGTTTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 121137 ACCTGCAACACTAAATTAACACTCAAGTA...TAGGAATAAGTTTGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GTTTGACATGAAGCCAGTCTGTAAGAAGTGCTATGAGAAATTTCCATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124292 GTTTGACATGAAGCCAGTCTGTAAGAAGTGCTATGAGAAATTTCCATTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    929 AGCTGAAGAAAAGACTTAAGAAACTAGCTGAGACCTTAGGAAGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124342 AGCTGAAGAAAAGACTTAAGAAACTAGCTGAGACCTTAGGAAGGAAA