seq1 = pF1KB6472.tfa, 1065 bp
seq2 = pF1KB6472/gi568815595f_50136336.tfa (gi568815595f:50136336_50357687), 221352 bp

>pF1KB6472 1065
>gi568815595f:50136336_50357687 (Chr3)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-161  (115765-115807)   100% ->
162-303  (116062-116203)   100% ->
304-464  (116689-116849)   100% ->
465-593  (119857-119985)   100% ->
594-723  (120388-120517)   100% ->
724-877  (120602-120755)   100% ->
878-1065  (121165-121352)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTGCACCGTGAGCGCCGAGGACAAGGCGGCGGCCGAGCGCTCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTGCACCGTGAGCGCCGAGGACAAGGCGGCGGCCGAGCGCTCTAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGATCGACAAGAACCTGCGGGAGGACGGAGAGAAGGCGGCGCGGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATGATCGACAAGAACCTGCGGGAGGACGGAGAGAAGGCGGCGCGGGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAGTTGCTGCTGTTGG         GTGCTGGGGAGTCAGGGAAGAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAGTTGCTGCTGTTGGGTG...CAGGTGCTGGGGAGTCAGGGAAGAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCATCGTCAAGCAGATGAA         GATCATCCACGAGGATGGCTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 115788 ACCATCGTCAAGCAGATGAAGTA...CAGGATCATCCACGAGGATGGCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CTCCGAGGAGGAATGCCGGCAGTACCGGGCGGTTGTCTACAGCAACACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116083 CTCCGAGGAGGAATGCCGGCAGTACCGGGCGGTTGTCTACAGCAACACCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TCCAGTCCATCATGGCCATTGTCAAAGCCATGGGCAACCTGCAGATCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116133 TCCAGTCCATCATGGCCATTGTCAAAGCCATGGGCAACCTGCAGATCGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGCCGACCCCTCCAGAGCG         GACGACGCCAGGCAGCTATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 116183 TTTGCCGACCCCTCCAGAGCGGTA...CAGGACGACGCCAGGCAGCTATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGCACTGTCCTGCACCGCCGAGGAGCAAGGCGTGCTCCCTGATGACCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116709 TGCACTGTCCTGCACCGCCGAGGAGCAAGGCGTGCTCCCTGATGACCTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCGGCGTCATCCGGAGGCTCTGGGCTGACCATGGTGTGCAGGCCTGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116759 CCGGCGTCATCCGGAGGCTCTGGGCTGACCATGGTGTGCAGGCCTGCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GGCCGCTCAAGGGAATACCAGCTCAACGACTCAGCTGCCTA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 116809 GGCCGCTCAAGGGAATACCAGCTCAACGACTCAGCTGCCTAGTG...CAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CTACCTGAACGACCTGGAGCGTATTGCACAGAGTGACTACATCCCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119857 CTACCTGAACGACCTGGAGCGTATTGCACAGAGTGACTACATCCCCACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AGCAAGATGTGCTACGGACCCGCGTAAAGACCACGGGGATCGTGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119907 AGCAAGATGTGCTACGGACCCGCGTAAAGACCACGGGGATCGTGGAGACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CACTTCACCTTCAAGGACCTACACTTCAA         GATGTTTGATGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 119957 CACTTCACCTTCAAGGACCTACACTTCAAGTG...CAGGATGTTTGATGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GGGTGGTCAGCGGTCTGAGCGGAAGAAGTGGATCCACTGCTTTGAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120400 GGGTGGTCAGCGGTCTGAGCGGAAGAAGTGGATCCACTGCTTTGAGGGCG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TCACAGCCATCATCTTCTGCGTAGCCTTGAGCGCCTATGACTTGGTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120450 TCACAGCCATCATCTTCTGCGTAGCCTTGAGCGCCTATGACTTGGTGCTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GCTGAGGACGAGGAGATG         AACCGCATGCATGAGAGCATGAA
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 120500 GCTGAGGACGAGGAGATGGTG...CAGAACCGCATGCATGAGAGCATGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTATTCGATAGCATCTGCAACAACAAGTGGTTCACAGACACGTCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120625 GCTATTCGATAGCATCTGCAACAACAAGTGGTTCACAGACACGTCCATCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCCTCTTCCTCAACAAGAAGGACCTGTTTGAGGAGAAGATCACACACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120675 TCCTCTTCCTCAACAAGAAGGACCTGTTTGAGGAGAAGATCACACACAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CCCCTGACCATCTGCTTCCCTGAGTACACAG         GGGCCAACAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 120725 CCCCTGACCATCTGCTTCCCTGAGTACACAGGTG...CAGGGGCCAACAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ATATGATGAGGCAGCCAGCTACATCCAGAGTAAGTTTGAGGACCTGAATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121175 ATATGATGAGGCAGCCAGCTACATCCAGAGTAAGTTTGAGGACCTGAATA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGCGCAAAGACACCAAGGAGATCTACACGCACTTCACGTGCGCCACCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121225 AGCGCAAAGACACCAAGGAGATCTACACGCACTTCACGTGCGCCACCGAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 ACCAAGAACGTGCAGTTCGTGTTTGACGCCGTCACCGATGTCATCATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121275 ACCAAGAACGTGCAGTTCGTGTTTGACGCCGTCACCGATGTCATCATCAA

   1100     .    :    .    :    .
   1038 GAACAACCTGAAGGACTGCGGCCTCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 121325 GAACAACCTGAAGGACTGCGGCCTCTTC