seq1 = pF1KB6468.tfa, 1062 bp
seq2 = pF1KB6468/gi568815597f_109448721.tfa (gi568815597f:109448721_109692230), 243510 bp

>pF1KB6468 1062
>gi568815597f:109448721_109692230 (Chr1)

1-118  (100001-100118)   100% ->
119-161  (125017-125059)   100% ->
162-303  (125176-125317)   100% ->
304-461  (130484-130641)   100% ->
462-590  (133717-133845)   100% ->
591-720  (137496-137625)   100% ->
721-874  (138009-138162)   100% ->
875-1062  (143323-143510)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCTGCACGTTGAGCGCCGAAGACAAGGCGGCAGTGGAGCGAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCTGCACGTTGAGCGCCGAAGACAAGGCGGCAGTGGAGCGAAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATGATCGACCGCAACTTACGGGAGGACGGGGAAAAAGCGGCCAAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATGATCGACCGCAACTTACGGGAGGACGGGGAAAAAGCGGCCAAAGAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGAAGCTGCTGCTACTCG         GTGCTGGAGAATCTGGTAAAAGC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 100101 TGAAGCTGCTGCTACTCGGTG...CAGGTGCTGGAGAATCTGGTAAAAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACCATTGTGAAACAGATGAA         AATCATTCATGAGGATGGCTA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 125040 ACCATTGTGAAACAGATGAAGTA...AAGAATCATTCATGAGGATGGCTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TTCAGAGGATGAATGTAAACAATATAAAGTAGTTGTCTACAGCAATACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125197 TTCAGAGGATGAATGTAAACAATATAAAGTAGTTGTCTACAGCAATACTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TACAGTCCATCATTGCAATCATAAGAGCCATGGGACGGCTAAAGATTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125247 TACAGTCCATCATTGCAATCATAAGAGCCATGGGACGGCTAAAGATTGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTGGGGAAGCTGCCAGGGCA         GATGATGCCCGGCAATTATT
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 125297 TTTGGGGAAGCTGCCAGGGCAGTA...CAGGATGATGCCCGGCAATTATT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGTTTTAGCTGGCAGTGCTGAAGAAGGAGTCATGACTCCAGAACTAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130504 TGTTTTAGCTGGCAGTGCTGAAGAAGGAGTCATGACTCCAGAACTAGCAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GAGTGATTAAACGGTTATGGCGAGATGGTGGGGTACAAGCTTGCTTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130554 GAGTGATTAAACGGTTATGGCGAGATGGTGGGGTACAAGCTTGCTTCAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGATCCAGGGAATATCAGCTCAATGATTCTGCTTCATA         TTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 130604 AGATCCAGGGAATATCAGCTCAATGATTCTGCTTCATAGTA...TAGTTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCTAAATGATCTGGATAGAATATCCCAGTCTAACTACATTCCAACTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133720 TCTAAATGATCTGGATAGAATATCCCAGTCTAACTACATTCCAACTCAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAGATGTTCTTCGGACGAGAGTGAAGACCACAGGCATTGTAGAAACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133770 AAGATGTTCTTCGGACGAGAGTGAAGACCACAGGCATTGTAGAAACACAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TTCACCTTCAAAGACCTATACTTCAA         GATGTTTGATGTAGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 133820 TTCACCTTCAAAGACCTATACTTCAAGTA...CAGGATGTTTGATGTAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGGCCAAAGATCAGAACGAAAAAAGTGGATTCACTGTTTTGAGGGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137511 TGGCCAAAGATCAGAACGAAAAAAGTGGATTCACTGTTTTGAGGGAGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CAGCAATTATCTTCTGTGTGGCCCTCAGTGATTATGACCTTGTTCTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137561 CAGCAATTATCTTCTGTGTGGCCCTCAGTGATTATGACCTTGTTCTGGCT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GAGGACGAGGAGATG         AACCGAATGCATGAAAGCATGAAACT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 137611 GAGGACGAGGAGATGGTA...CAGAACCGAATGCATGAAAGCATGAAACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GTTTGACAGCATTTGTAATAACAAATGGTTTACAGAAACTTCAATCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138035 GTTTGACAGCATTTGTAATAACAAATGGTTTACAGAAACTTCAATCATTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TCTTCCTTAACAAGAAAGACCTTTTTGAGGAAAAAATAAAGAGGAGTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138085 TCTTCCTTAACAAGAAAGACCTTTTTGAGGAAAAAATAAAGAGGAGTCCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TTAACTATCTGTTATCCAGAATACACAG         GTTCCAATACATA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 138135 TTAACTATCTGTTATCCAGAATACACAGGTA...TAGGTTCCAATACATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 TGAAGAGGCAGCTGCCTATATTCAATGCCAGTTTGAAGATCTGAACAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143336 TGAAGAGGCAGCTGCCTATATTCAATGCCAGTTTGAAGATCTGAACAGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GAAAAGATACCAAGGAGATCTATACTCACTTCACCTGTGCCACAGACACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143386 GAAAAGATACCAAGGAGATCTATACTCACTTCACCTGTGCCACAGACACG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AAGAATGTGCAGTTTGTTTTTGATGCTGTTACAGATGTCATCATTAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143436 AAGAATGTGCAGTTTGTTTTTGATGCTGTTACAGATGTCATCATTAAAAA

   1100     .    :    .    :    .
   1038 CAACTTAAAGGAATGTGGACTTTAT
        |||||||||||||||||||||||||
 143486 CAACTTAAAGGAATGTGGACTTTAT