seq1 = pF1KB6465.tfa, 966 bp
seq2 = pF1KB6465/gi568815590r_27710308.tfa (gi568815590r:27710308_27933113), 222806 bp

>pF1KB6465 966
>gi568815590r:27710308_27933113 (Chr8)

(complement)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-152  (104916-105009)   98% ->
153-295  (109909-110051)   100% ->
296-465  (110626-110795)   100% ->
466-595  (112420-112549)   100% ->
596-772  (121980-122156)   100% ->
773-966  (122613-122806)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAAGGGATCAGTAATTTCAAGACACCAAGCAAATTATCAGAAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAAGGGATCAGTAATTTCAAGACACCAAGCAAATTATCAGAAAAAAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAATCTG         TATTATGTTCAACTCCAACTATAAATATCCCGG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAATCTGGTA...TAGTATTATGTTCAACTCCAACTATAAATATCCCGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCTCTCCATTTATGCAGAAGCTTGGCTTTGGTACTGGGGTAAATGTGTAC
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104949 CCTCTCCGTTTATGCAGAAGCTTGGCTTTGGTACTGGGGTAAATGTGTAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTAATGAAAAG         ATCTCCAAGAGGTTTGTCTCATTCTCCTTG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104999 CTAATGAAAAGGTA...TAGATCTCCAAGAGGTTTGTCTCATTCTCCTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGCTGTAAAAAAGATTAATCCTATATGTAATGATCATTATCGAAGTGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109939 GGCTGTAAAAAAGATTAATCCTATATGTAATGATCATTATCGAAGTGTGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATCAAAAGAGACTAATGGATGAAGCTAAGATTTTGAAAAGCCTTCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109989 ATCAAAAGAGACTAATGGATGAAGCTAAGATTTTGAAAAGCCTTCATCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCAAACATTGTTG         GTTATCGTGCTTTTACTGAAGCCAATGA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 110039 CCAAACATTGTTGGTA...AAGGTTATCGTGCTTTTACTGAAGCCAATGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TGGCAGTCTGTGTCTTGCTATGGAATATGGAGGTGAAAAGTCTCTAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110654 TGGCAGTCTGTGTCTTGCTATGGAATATGGAGGTGAAAAGTCTCTAAATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACTTAATAGAAGAACGATATAAAGCCAGCCAAGATCCTTTTCCAGCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110704 ACTTAATAGAAGAACGATATAAAGCCAGCCAAGATCCTTTTCCAGCAGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATAATTTTAAAAGTTGCTTTGAATATGGCAAGAGGGTTAAAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 110754 ATAATTTTAAAAGTTGCTTTGAATATGGCAAGAGGGTTAAAGGTA...TA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  TATCTGCACCAAGAAAAGAAACTGCTTCATGGAGACATAAAGTCTTCAA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112419 GTATCTGCACCAAGAAAAGAAACTGCTTCATGGAGACATAAAGTCTTCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGTTGTAATTAAAGGCGATTTTGAAACAATTAAAATCTGTGATGTAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112469 ATGTTGTAATTAAAGGCGATTTTGAAACAATTAAAATCTGTGATGTAGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GTCTCTCTACCACTGGATGAAAATATGACTG         TGACTGACCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 112519 GTCTCTCTACCACTGGATGAAAATATGACTGGTA...CAGTGACTGACCC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGAGGCTTGTTACATTGGCACAGAGCCATGGAAACCCAAAGAAGCTGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121990 TGAGGCTTGTTACATTGGCACAGAGCCATGGAAACCCAAAGAAGCTGTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGGAGAATGGTGTTATTACTGACAAGGCAGACATATTTGCCTTTGGCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122040 AGGAGAATGGTGTTATTACTGACAAGGCAGACATATTTGCCTTTGGCCTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ACTTTGTGGGAAATGATGACTTTATCGATTCCACACATTAATCTTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122090 ACTTTGTGGGAAATGATGACTTTATCGATTCCACACATTAATCTTTCAAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TGATGATGATGATGAAG         ATAAAACTTTTGATGAAAGTGATT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 122140 TGATGATGATGATGAAGGTA...AAGATAAAACTTTTGATGAAAGTGATT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTGATGATGAAGCATACTATGCAGCGTTGGGAACTAGGCCACCTATTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122637 TTGATGATGAAGCATACTATGCAGCGTTGGGAACTAGGCCACCTATTAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ATGGAAGAACTGGATGAATCATACCAGAAAGTAATTGAACTCTTCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122687 ATGGAAGAACTGGATGAATCATACCAGAAAGTAATTGAACTCTTCTCTGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 ATGCACTAATGAAGACCCTAAAGATCGTCCTTCTGCTGCACACATTGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122737 ATGCACTAATGAAGACCCTAAAGATCGTCCTTCTGCTGCACACATTGTTG

   1000     .    :    .    :
    947 AAGCTCTGGAAACAGATGTC
        ||||||||||||||||||||
 122787 AAGCTCTGGAAACAGATGTC