seq1 = pF1KB6462.tfa, 1056 bp
seq2 = pF1KB6462/gi568815589f_17479243.tfa (gi568815589f:17479243_17895740), 416498 bp

>pF1KB6462 1056
>gi568815589f:17479243_17895740 (Chr9)

1-45  (100001-100045)   100% ->
46-114  (267824-267892)   100% ->
115-187  (282195-282267)   100% ->
188-331  (307139-307282)   100% ->
332-465  (308138-308271)   100% ->
466-624  (310150-310308)   100% ->
625-728  (311989-312092)   100% ->
729-859  (314125-314255)   100% ->
860-1056  (316302-316498)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGTGGCCGGCCTCAAGAAGCAGTTCCATAAAGCCACTCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100001 ATGTCGGTGGCCGGCCTCAAGAAGCAGTTCCATAAAGCCACTCAGGTA..

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     46     AAAGTGAGTGAGAAGGTTGGAGGAGCTGAAGGAACCAAGCTAGATG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 .CAGAAAGTGAGTGAGAAGGTTGGAGGAGCTGAAGGAACCAAGCTAGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGACTTCAAAGAGATGGAAAGG         AAAGTGGATGTCACCAGC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 267870 ATGACTTCAAAGAGATGGAAAGGGTA...CAGAAAGTGGATGTCACCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AGGGCTGTGATGGAAATAATGACTAAAACAATTGAATACCTTCAACCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282213 AGGGCTGTGATGGAAATAATGACTAAAACAATTGAATACCTTCAACCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 TCCAG         CTTCCAGAGCTAAGCTCAGCATGATCAACACCATGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 282263 TCCAGGTA...CAGCTTCCAGAGCTAAGCTCAGCATGATCAACACCATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CAAAAATCCGTGGCCAGGAGAAGGGGCCAGGCTATCCTCAGGCAGAGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307175 CAAAAATCCGTGGCCAGGAGAAGGGGCCAGGCTATCCTCAGGCAGAGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CTGCTGGCAGAGGCCATGCTCAAATTTGGAAGAGAGCTTGGAGATGATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 307225 CTGCTGGCAGAGGCCATGCTCAAATTTGGAAGAGAGCTTGGAGATGATTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CAACTTTG         GCCCAGCACTTGGTGAGGTCGGGGAGGCCATGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 307275 CAACTTTGGTA...TAGGCCCAGCACTTGGTGAGGTCGGGGAGGCCATGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 GGGAACTGTCGGAGGTCAAAGACTCTTTGGACATAGAAGTGAAGCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308171 GGGAACTGTCGGAGGTCAAAGACTCTTTGGACATAGAAGTGAAGCAGAAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TTCATTGACCCTCTTCAGAATCTTCATGACAAAGATCTTAGGGAAATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308221 TTCATTGACCCTCTTCAGAATCTTCATGACAAAGATCTTAGGGAAATTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 A         CATCATCTAAAGAAGTTGGAGGGTCGACGCCTGGATTTTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 308271 AGTA...CAGCATCATCTAAAGAAGTTGGAGGGTCGACGCCTGGATTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ATTATAAGAAGAAACGACAAGGCAAGATTCCGGATGAAGAGCTTCGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 310190 ATTATAAGAAGAAACGACAAGGCAAGATTCCGGATGAAGAGCTTCGTCAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCTCTAGAGAAATTTGATGAGTCTAAGGAAATTGCTGAGTCAAGCATGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 310240 GCTCTAGAGAAATTTGATGAGTCTAAGGAAATTGCTGAGTCAAGCATGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CAATCTCTTGGAGATGGAT         ATTGAACAAGTGAGCCAGCTCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 310290 CAATCTCTTGGAGATGGATGTA...CAGATTGAACAAGTGAGCCAGCTCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGCACTTGTGCAAGCTCAGCTGGAGTACCACAAGCAGGCAGTCCAGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 312011 CTGCACTTGTGCAAGCTCAGCTGGAGTACCACAAGCAGGCAGTCCAGATC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CTGCAGCAAGTCACGGTCAGACTGGAAGAAAG         AATAAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 312061 CTGCAGCAAGTCACGGTCAGACTGGAAGAAAGGTA...CAGAATAAGACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GGCTTCATCTCAGCCTAGAAGGGAATATCAACCTAAACCACGAATGAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314134 GGCTTCATCTCAGCCTAGAAGGGAATATCAACCTAAACCACGAATGAGCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGAGTTTCCAACTGGAGACAGTACTCAGCCCAATGGGGGTCTCTCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 314184 TGGAGTTTCCAACTGGAGACAGTACTCAGCCCAATGGGGGTCTCTCCCAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ACAGGCACTCCCAAACCTTCAG         GTGTCCAAATGGATCAGCC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 314234 ACAGGCACTCCCAAACCTTCAGGTA...CAGGTGTCCAAATGGATCAGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CTGCTGCCGAGCTCTGTACGACTTTGAACCTGAAAATGAAGGGGAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316321 CTGCTGCCGAGCTCTGTACGACTTTGAACCTGAAAATGAAGGGGAGTTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 GATTTAAAGAGGGCGATATCATCACACTCACTAACCAAATTGATGAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316371 GATTTAAAGAGGGCGATATCATCACACTCACTAACCAAATTGATGAGAAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TGGTATGAGGGGATGCTGCATGGCCATTCAGGCTTCTTCCCCATCAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 316421 TGGTATGAGGGGATGCTGCATGGCCATTCAGGCTTCTTCCCCATCAATTA

   1100     .    :    .    :    .
   1029 TGTGGAAATTCTGGTTGCCCTGCCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||
 316471 TGTGGAAATTCTGGTTGCCCTGCCCCAT