seq1 = pF1KB6459.tfa, 954 bp
seq2 = pF1KB6459/gi568815593f_159168916.tfa (gi568815593f:159168916_159383339), 214424 bp

>pF1KB6459 954
>gi568815593f:159168916_159383339 (Chr5)

1-154  (100001-100154)   100% ->
155-246  (100993-101084)   100% ->
247-332  (101445-101530)   100% ->
333-448  (101613-101728)   100% ->
449-547  (103108-103206)   100% ->
548-585  (105670-105707)   100% ->
586-684  (106233-106331)   100% ->
685-801  (109323-109439)   100% ->
802-929  (114297-114424)   100% ->
930-954  (115989-116013)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCTCCCTATCATTGTAAAATGGGGTGGACAGGAGTATTCAGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCTCCCTATCATTGTAAAATGGGGTGGACAGGAGTATTCAGTGAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACACTTTCAGAAGATGATACTGTGCTCGATCTCAAACAGTTTCTCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACACTTTCAGAAGATGATACTGTGCTCGATCTCAAACAGTTTCTCAAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCCTTACAGGAGTTCTTCCAGAACGCCAAAAGTTACTTGGACTCAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCCTTACAGGAGTTCTTCCAGAACGCCAAAAGTTACTTGGACTCAAAGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAAG         GCAAACCTGCAGAAAATGATGTTAAGCTTGGAGCTCT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AAAGGTA...TAGGCAAACCTGCAGAAAATGATGTTAAGCTTGGAGCTCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CAAACTGAAACCAAATACTAAAATCATGATGATGGGAACTCGTGAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101030 CAAACTGAAACCAAATACTAAAATCATGATGATGGGAACTCGTGAGGAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GCTTG         GAAGATGTCTTAGGTCCACCCCCTGACAATGATGAT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101080 GCTTGGTA...TAGGAAGATGTCTTAGGTCCACCCCCTGACAATGATGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTTGTTAATGACTTTGATATTGAAGATGAAGTAGTTGAAGTAGAAAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101481 GTTGTTAATGACTTTGATATTGAAGATGAAGTAGTTGAAGTAGAAAATAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333          GGAAGAAAACCTACTGAAAATTTCTCGCAGAGTGAAAGAGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101531 GTA...TAGGGAAGAAAACCTACTGAAAATTTCTCGCAGAGTGAAAGAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAAAGTGGAAATTTTGAATCCTCCCAGGGAAGGGAAAAAGCTTTTGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101654 ACAAAGTGGAAATTTTGAATCCTCCCAGGGAAGGGAAAAAGCTTTTGGTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTAGATGTTGATTATACATTATTTG         ACCACAGGTCTTGTGC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 101704 CTAGATGTTGATTATACATTATTTGGTA...TAGACCACAGGTCTTGTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGAGACTGGGGTAGAATTAATGCGGCCATATCTTCATGAATTTCTAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103124 AGAGACTGGGGTAGAATTAATGCGGCCATATCTTCATGAATTTCTAACAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CTGCCTATGAAGATTATGACATTGTTATTTGGT         CTGCAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 103174 CTGCCTATGAAGATTATGACATTGTTATTTGGTGTA...TAGCTGCAACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AATATGAAGTGGATTGAAGCTAAAATGAAA         GAGCTGGGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 105678 AATATGAAGTGGATTGAAGCTAAAATGAAAGTA...TAGGAGCTGGGAGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GAGCACAAATGCAAATTATAAGATTACTTTCATGTTGGATAGTGCTGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106244 GAGCACAAATGCAAATTATAAGATTACTTTCATGTTGGATAGTGCTGCTA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGATAACAGTACATACTCCAAGGAGAGGATTAATAGAC         GTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 106294 TGATAACAGTACATACTCCAAGGAGAGGATTAATAGACGTA...AAGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 AAGCCTCTTGGTGTTATATGGGGAAAGTTTTCGGAGTTTTACAGCAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109326 AAGCCTCTTGGTGTTATATGGGGAAAGTTTTCGGAGTTTTACAGCAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 AAACACCATTATGTTTGATGACATAGGGAGAAATTTTCTAATGAACCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109376 AAACACCATTATGTTTGATGACATAGGGAGAAATTTTCTAATGAACCCAC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 AGAATGGACTAAAG         ATAAGGCCTTTTATGAAAGCGCACCTA
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109426 AGAATGGACTAAAGGTA...TAGATAAGGCCTTTTATGAAAGCGCACCTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 AATCGTGATAAAGACAAAGAACTTTTAAAATTAACTCAGTACCTCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114324 AATCGTGATAAAGACAAAGAACTTTTAAAATTAACTCAGTACCTCAAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GATAGCAAAATTAGATGACTTTTTGGATCTAAATCACAAATATTGGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114374 GATAGCAAAATTAGATGACTTTTTGGATCTAAATCACAAATATTGGGAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .
    929 G         ATATCTCTCAAAGAAGCAAGGACAG
        |>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 114424 GGTA...CAGATATCTCTCAAAGAAGCAAGGACAG