seq1 = pF1KB6458.tfa, 1053 bp
seq2 = pF1KB6458/gi568815597f_27730836.tfa (gi568815597f:27730836_27950443), 219608 bp

>pF1KB6458 1053
>gi568815597f:27730836_27950443 (Chr1)

1-56  (100001-100056)   100% ->
57-117  (101921-101981)   100% ->
118-271  (107864-108017)   100% ->
272-492  (110179-110399)   100% ->
493-637  (112351-112495)   100% ->
638-702  (116193-116257)   100% ->
703-1053  (119258-119608)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCAGCCGCGAACTCCGGCTCTAGCCTCCCGCTGTTCGACTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCAGCCGCGAACTCCGGCTCTAGCCTCCCGCTGTTCGACTGCCC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AACCTG         GGCAGGTAAGCCCCCTCCCGGTTTACATCTGGATG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AACCTGGTG...CAGGGCAGGTAAGCCCCCTCCCGGTTTACATCTGGATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TAGTCAAAGGAGACAAACTAATTGAG         AAACTGATTATTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 101956 TAGTCAAAGGAGACAAACTAATTGAGGTA...TAGAAACTGATTATTGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAGAAGAAGTATTACTTATTTGGGAGAAACCCTGATTTGTGTGACTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107879 GAGAAGAAGTATTACTTATTTGGGAGAAACCCTGATTTGTGTGACTTTAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CATTGACCACCAGTCTTGCTCTCGGGTCCATGCTGCACTTGTCTACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107929 CATTGACCACCAGTCTTGCTCTCGGGTCCATGCTGCACTTGTCTACCACA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGCATCTGAAGAGAGTTTTCCTGATAGATCTCAACAGTA         CA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 107979 AGCATCTGAAGAGAGTTTTCCTGATAGATCTCAACAGTAGTA...CAGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 CACGGCACTTTCTTGGGTCACATTCGGTTGGAACCTCACAAGCCTCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110181 CACGGCACTTTCTTGGGTCACATTCGGTTGGAACCTCACAAGCCTCAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AATTCCCATCGATTCCACGGTCTCATTTGGCGCATCCACAAGGGCATACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110231 AATTCCCATCGATTCCACGGTCTCATTTGGCGCATCCACAAGGGCATACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCTGCGCGAGAAGCCTCAGACATTGCCATCGGCTGTGAAAGGAGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110281 CTCTGCGCGAGAAGCCTCAGACATTGCCATCGGCTGTGAAAGGAGATGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AAGATGGGTGGAGAGGATGATGAACTCAAGGGCTTACTGGGGCTTCCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110331 AAGATGGGTGGAGAGGATGATGAACTCAAGGGCTTACTGGGGCTTCCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGGAAACTGAGCTTGAT         AACCTGACAGAGTTCAACACTG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 110381 GGAGGAAACTGAGCTTGATGTA...TAGAACCTGACAGAGTTCAACACTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCCACAACAAGCGGATTTCTACCCTTACCATTGAGGAGGGAAATCTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112373 CCCACAACAAGCGGATTTCTACCCTTACCATTGAGGAGGGAAATCTGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ATTCAAAGACCAAAGAGGAAGAGGAAGAACTCACGGGTGACATTCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112423 ATTCAAAGACCAAAGAGGAAGAGGAAGAACTCACGGGTGACATTCAGTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGATGATGAGATCATCAACCCAG         AGGATGTGGATCCCTCAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 112473 GGATGATGAGATCATCAACCCAGGTG...CAGAGGATGTGGATCCCTCAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTGGTCGATTCAGGAACATGGTGCAAACTGCAGTGGTCCCAGTCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 116211 TTGGTCGATTCAGGAACATGGTGCAAACTGCAGTGGTCCCAGTCAAGGTA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    703       AAGAAGCGTGTGGAGGGCCCTGGCTCCCTGGGCCTGGAGGAATC
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116261 ...TAGAAGAAGCGTGTGGAGGGCCCTGGCTCCCTGGGCCTGGAGGAATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AGGGAGCAGGCGCATGCAGAACTTTGCCTTCAGCGGAGGACTCTACGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119302 AGGGAGCAGGCGCATGCAGAACTTTGCCTTCAGCGGAGGACTCTACGGGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 GCCTGCCCCCCACACACAGTGAAGCAGGCTCCCAGCCACATGGCATCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119352 GCCTGCCCCCCACACACAGTGAAGCAGGCTCCCAGCCACATGGCATCCAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GGGACAGCACTCATCGGTGGCTTGCCCATGCCATACCCAAACCTTGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119402 GGGACAGCACTCATCGGTGGCTTGCCCATGCCATACCCAAACCTTGCCCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 TGATGTGGACTTGACTCCTGTTGTGCCGTCAGCAGTGAACATGAACCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119452 TGATGTGGACTTGACTCCTGTTGTGCCGTCAGCAGTGAACATGAACCCTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CACCAAACCCTGCAGTCTATAACCCTGAAGCTGTAAATGAACCCAAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119502 CACCAAACCCTGCAGTCTATAACCCTGAAGCTGTAAATGAACCCAAGAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 AAGAAATATGCAAAAGAGGCTTGGCCAGGCAAGAAGCCCACACCTTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119552 AAGAAATATGCAAAAGAGGCTTGGCCAGGCAAGAAGCCCACACCTTCCTT

   1100     .
   1047 GCTGATT
        |||||||
 119602 GCTGATT