seq1 = pF1KB6456.tfa, 1053 bp
seq2 = pF1KB6456/gi568815590r_102108136.tfa (gi568815590r:102108136_102338874), 230739 bp

>pF1KB6456 1053
>gi568815590r:102108136_102338874 (Chr8)

(complement)

1-48  (100001-100048)   100% ->
49-204  (106571-106726)   100% ->
205-321  (112841-112957)   100% ->
322-455  (113857-113990)   100% ->
456-550  (114735-114829)   100% ->
551-684  (119928-120061)   100% ->
685-789  (124717-124821)   100% ->
790-903  (125986-126099)   100% ->
904-1053  (130590-130739)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCGACCCGGAAAGGCCGGAAGCGGCCGGGCTGGATCAGGATGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 100001 ATGGGCGACCCGGAAAGGCCGGAAGCGGCCGGGCTGGATCAGGATGAGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     49        AGATCATCTTCAGACACCAACGAAAGTGAAATAAAGTCAAATG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 A...AAGAGATCATCTTCAGACACCAACGAAAGTGAAATAAAGTCAAATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAGAGCCACTCCTAAGAAAGAGTTCTCGCCGGTTTGTCATCTTTCCAATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106614 AAGAGCCACTCCTAAGAAAGAGTTCTCGCCGGTTTGTCATCTTTCCAATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGTACCCTGATATTTGGAAAATGTATAAACAGGCACAGGCTTCCTTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106664 CAGTACCCTGATATTTGGAAAATGTATAAACAGGCACAGGCTTCCTTCTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GACAGCAGAAGAG         GTCGACTTATCAAAGGATCTCCCTCACT
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 106714 GACAGCAGAAGAGGTA...CAGGTCGACTTATCAAAGGATCTCCCTCACT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAACAAGCTTAAAGCAGATGAGAAGTACTTCATCTCTCACATCTTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112869 GGAACAAGCTTAAAGCAGATGAGAAGTACTTCATCTCTCACATCTTAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTTTTTGCAGCCAGTGATGGAATTGTAAATGAAAATTTG         GT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 112919 TTTTTTGCAGCCAGTGATGGAATTGTAAATGAAAATTTGGTA...TAGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GGAGCGCTTTAGTCAGGAGGTGCAGGTTCCAGAGGCTCGCTGTTTCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113859 GGAGCGCTTTAGTCAGGAGGTGCAGGTTCCAGAGGCTCGCTGTTTCTATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCTTTCAAATTCTCATCGAGAATGTTCACTCAGAGATGTACAGTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113909 GCTTTCAAATTCTCATCGAGAATGTTCACTCAGAGATGTACAGTTTGCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATAGACACTTACATCAGAGATCCCAAGAAAAG         GGAATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 113959 ATAGACACTTACATCAGAGATCCCAAGAAAAGGTA...CAGGGAATTTTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATTTAATGCAATTGAAACCATGCCCTATGTTAAGAAAAAAGCAGATTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114744 ATTTAATGCAATTGAAACCATGCCCTATGTTAAGAAAAAAGCAGATTGGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 CCTTGCGATGGATAGCAGATAGAAAATCTACTTTTG         GGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114794 CCTTGCGATGGATAGCAGATAGAAAATCTACTTTTGGTA...CAGGGGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 AGAGTGGTGGCCTTTGCTGCTGTAGAAGGAGTTTTCTTCTCAGGATCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119933 AGAGTGGTGGCCTTTGCTGCTGTAGAAGGAGTTTTCTTCTCAGGATCTTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TGCTGCTATATTCTGGCTAAAGAAGAGAGGTCTTATGCCAGGACTCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119983 TGCTGCTATATTCTGGCTAAAGAAGAGAGGTCTTATGCCAGGACTCACTT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 TTTCCAATGAACTCATCAGCAGAGATGAA         GGACTTCACTGT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 120033 TTTCCAATGAACTCATCAGCAGAGATGAAGTA...TAGGGACTTCACTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GACTTTGCTTGCCTGATGTTCCAATACTTAGTAAATAAGCCTTCAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124729 GACTTTGCTTGCCTGATGTTCCAATACTTAGTAAATAAGCCTTCAGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 AAGGGTCAGGGAGATCATTGTTGATGCTGTCAAAATTGAGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 124779 AAGGGTCAGGGAGATCATTGTTGATGCTGTCAAAATTGAGCAGGTA...C

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    790   GAGTTTTTAACAGAAGCCTTGCCAGTTGGCCTCATTGGAATGAATTGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125984 AGGAGTTTTTAACAGAAGCCTTGCCAGTTGGCCTCATTGGAATGAATTGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 ATTTTGATGAAACAGTACATTGAGTTTGTAGCTGACAGATTACTTGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126034 ATTTTGATGAAACAGTACATTGAGTTTGTAGCTGACAGATTACTTGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 ACTTGGATTCTCAAAG         GTTTTTCAGGCAGAAAATCCTTTTG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 126084 ACTTGGATTCTCAAAGGTA...TAGGTTTTTCAGGCAGAAAATCCTTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 ATTTTATGGAAAACATTTCTTTAGAAGGAAAAACAAATTTCTTTGAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130615 ATTTTATGGAAAACATTTCTTTAGAAGGAAAAACAAATTTCTTTGAGAAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 CGAGTTTCAGAGTATCAGCGTTTTGCAGTTATGGCAGAAACCACAGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130665 CGAGTTTCAGAGTATCAGCGTTTTGCAGTTATGGCAGAAACCACAGATAA

   1100     .    :    .    :    .
   1029 CGTCTTCACCTTGGATGCAGATTTT
        |||||||||||||||||||||||||
 130715 CGTCTTCACCTTGGATGCAGATTTT