seq1 = pF1KB6450.tfa, 1047 bp
seq2 = pF1KB6450/gi568815592r_61580966.tfa (gi568815592r:61580966_62385948), 804983 bp

>pF1KB6450 1047
>gi568815592r:61580966_62385948 (Chr6)

(complement)

335-483  (407735-407883)   100% ->
484-611  (484578-484705)   100% ->
612-810  (491116-491314)   100% ->
811-893  (653185-653267)   98% ->
894-952  (688696-688754)   100% ->
953-1047  (704889-704983)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    335 AGGAAGAAGAACTAAGGAAGAGTGGGGAAGCCAAATATGCCCACTTGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 407735 AGGAAGAAGAACTAAGGAAGAGTGGGGAAGCCAAATATGCCCACTTGAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    385 GATGAGCTTCATGTATTAATTGAAGTGTTTGCTCCACCTGGGGAAGCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 407785 GATGAGCTTCATGTATTAATTGAAGTGTTTGCTCCACCTGGGGAAGCTTA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    435 TTCACGTATGAGTCATGCATTGGAAGAGATTAAAAAATTCCTGGTTCCT 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 407835 TTCACGTATGAGTCATGCATTGGAAGAGATTAAAAAATTCCTGGTTCCTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    484         GACTACAATGATGAAATTCGTCAGGAACAACTACGTGAATTA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 407885 TA...CAGGACTACAATGATGAAATTCGTCAGGAACAACTACGTGAATTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    526 TCTTACTTAAATGGCTCAGAGGACTCTGGTCGTGGCAGAGGTATTAGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 484620 TCTTACTTAAATGGCTCAGAGGACTCTGGTCGTGGCAGAGGTATTAGAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    576 CAGAGGGATCAGAATAGCTCCCACAGCTCCTTCAAG         GGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 484670 CAGAGGGATCAGAATAGCTCCCACAGCTCCTTCAAGGTA...TAGGGGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    617 GTGGGGGTGCCATTCCTCCTCCCCCACCACCTGGACGAGGTGTTCTCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 491121 GTGGGGGTGCCATTCCTCCTCCCCCACCACCTGGACGAGGTGTTCTCACC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    667 CCTCGGGGAAGCACTGTAACCCGTGGAGCGCTTCCAGTGCCACCTGTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 491171 CCTCGGGGAAGCACTGTAACCCGTGGAGCGCTTCCAGTGCCACCTGTAGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    717 AAGAGGTGTCCCTACCCCTCGAGCCCGGGGGGCACCAACAGTGCCAGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 491221 AAGAGGTGTCCCTACCCCTCGAGCCCGGGGGGCACCAACAGTGCCAGGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    767 ACAGGGCACCTCCTCCTCCAGCCCATGAAGCTTATGAAGAATAT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 491271 ACAGGGCACCTCCTCCTCCAGCCCATGAAGCTTATGAAGAATATGTA...

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    811    GGTTATGATGATGGCTACGGGGGTGAATATGATGACCAGACCTATGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 653182 CAGGGTTATGATGATGGCTACGGGGGTGAATATGATGACCAGACCTATGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    858 GACTTATGATAACAGCTACGCGACCCAAACACAAAG         TGTGC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 653232 GACTTATGATAACAGCTATGCGACCCAAACACAAAGGTA...CAGTGTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    899 CTGAATACTATGACTACGGTCATGGAGTAAGTGAGGATGCCTATGACAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 688701 CTGAATACTATGACTACGGTCATGGAGTAAGTGAGGATGCCTATGACAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    949 TACG         CACCAGAAGAATGGGCCACAACCAGCTCTAGCTTGAA
        ||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 688751 TACGGTA...CAGCACCAGAAGAATGGGCCACAACCCGCTCTAGCTTGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    990 GGCACCACCGCAAAGGTCAGCCAGAGGGGGATACAGGGAACACCCCTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 704926 GGCACCACCGCAAAGGTCAGCCAGAGGGGGATACAGGGAACACCCCTATG

    750     .
   1040 GTAGATAT
        ||||||||
 704976 GTAGATAT