seq1 = pF1KB6446.tfa, 1041 bp
seq2 = pF1KB6446/gi568815586f_57506865.tfa (gi568815586f:57506865_57709149), 202285 bp

>pF1KB6446 1041
>gi568815586f:57506865_57709149 (Chr12)

1-750  (99999-100749)   99% ->
751-968  (101656-101873)   100% ->
969-1041  (102213-102285)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 A TGTCGTTCGTCCTGTCCAGAATGGCAGCCTGTGGAGGCACCTGCAAGA
        |-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 AGTGTCGTTCGTCCTGTCCAGAATGGCAGCCTGTGGAGGCACCTGCAAGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     50 ACAAAGTGACTGTGTCCAAGCCCGTGTGGGACTTCCTGAGCAAAGAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100049 ACAAAGTGACTGTGTCCAAGCCCGTGTGGGACTTCCTGAGCAAAGAGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100 CCAGCCCGGCTGGCCCGGCTTCGGGAGGAGCACCGTGTGTCCATCCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100099 CCAGCCCGGCTGGCCCGGCTTCGGGAGGAGCACCGTGTGTCCATCCTCAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    150 AGATGGCGAGACTTCTGACATCTATGTTCTCCAGCTTTCCCCACAGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100149 AGATGGCGAGACTTCTGACATCTATGTTCTCCAGCTTTCCCCACAGGGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    200 CTCCCCCGGCCCCTCCAAATGGGCTCTACCTAGCCCGGAAGGCTCTCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100199 CTCCCCCGGCCCCTCCAAATGGGCTCTACCTAGCCCGGAAGGCTCTCAAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250 GGGCTGCTAAAAGAGGCAGAGAAAGAGCTGAAGAAAGCTCAGAGGCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100249 GGGCTGCTAAAAGAGGCAGAGAAAGAGCTGAAGAAAGCTCAGAGGCAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    300 GGAGCTGATGGGCTGCCTGGCTCTGGGGGGTGGAGGGGAGCACCCTGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100299 GGAGCTGATGGGCTGCCTGGCTCTGGGGGGTGGAGGGGAGCACCCTGAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    350 TGCACCGCGCAGGCCCACCCCCTCTCCGAGCAGCCCCACTTCTGCCCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100349 TGCACCGCGCAGGCCCACCCCCTCTCCGAGCAGCCCCACTTCTGCCCCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    400 GGAGCTCGGGGGCTCCCCCCTCCTCCTCCCCCCCTGCCCCCACCTCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100399 GGAGCTCGGGGGCTCCCCCCTCCTCCTCCCCCCCTGCCCCCACCTCTTCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    450 TCCTCGCCTTCGGGAGGAGGCAGAAGAGCAGGAGAGCACCTGCCCCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100449 TCCTCGCCTTCGGGAGGAGGCAGAAGAGCAGGAGAGCACCTGCCCCATCT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    500 GTCTGGGGGAGATCCAGAATGCCAAGACATTGGAGAAGTGCCGGCATTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100499 GTCTGGGGGAGATCCAGAATGCCAAGACATTGGAGAAGTGCCGGCATTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    550 TTCTGCGAGGGCTGCATCACCCGGGCTCTGCAGGTGAAAAAGGCCTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100549 TTCTGCGAGGGCTGCATCACCCGGGCTCTGCAGGTGAAAAAGGCCTGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    600 CATGTGCGGCCGCTTCTATGGGCAGCTGGTGGGCAACCAGCCCCAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100599 CATGTGCGGCCGCTTCTATGGGCAGCTGGTGGGCAACCAGCCCCAGAATG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    650 GGCGGATGCTGGTCTCTAAGGACGCCACCCTCCTACTGCCCAGCTATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100649 GGCGGATGCTGGTCTCTAAGGACGCCACCCTCCTACTGCCCAGCTATGAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    700 AAGTACGGCACCATTGTCATCCAGTACGTCTTCCCGCCCGGTGTCCAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100699 AAGTACGGCACCATTGTCATCCAGTACGTCTTCCCGCCCGGTGTCCAGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    750 G         GCTGAACACCCAAACCCAGGAGTTCGGTATCCTGGCACCA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100749 GGTA...CAGGCTGAACACCCAAACCCAGGAGTTCGGTATCCTGGCACCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    791 CACGGGTGGCCTACCTCCCGGACTGCCCTGAGGGCAACAAGGTGCTGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101696 CACGGGTGGCCTACCTCCCGGACTGCCCTGAGGGCAACAAGGTGCTGACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    841 CTGTTCCGCAAGGCGTTTGACCAGCGTCTCACCTTCACTATCGGCACGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101746 CTGTTCCGCAAGGCGTTTGACCAGCGTCTCACCTTCACTATCGGCACGTC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    891 CATGACCACAGGGAGACCGAATGTCATCACCTGGAACGACATCCACCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101796 CATGACCACAGGGAGACCGAATGTCATCACCTGGAACGACATCCACCACA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    941 AGACCAGCTGCACAGGGGGACCCCAGCT         GTTTGGGTACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101846 AGACCAGCTGCACAGGGGGACCCCAGCTGTG...CAGGTTTGGGTACCCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    982 GACCCCACCTACCTGACCCGGGTGCAAGAGGAGCTGAGAGCGAAGGGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102226 GACCCCACCTACCTGACCCGGGTGCAAGAGGAGCTGAGAGCGAAGGGTAT

   1050     .    :
   1032 CACAGATGAC
        ||||||||||
 102276 CACAGATGAC