seq1 = pF1KB6442.tfa, 1038 bp
seq2 = pF1KB6442/gi568815592r_42598298.tfa (gi568815592r:42598298_42822334), 224037 bp

>pF1KB6442 1038
>gi568815592r:42598298_42822334 (Chr6)

(complement)

1-581  (100001-100581)   99% ->
582-828  (117724-117970)   100% ->
829-1038  (123828-124037)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGCTACTGAAAGTCAAGTTTGACCAGAAGAAGCGGGTCAAGTTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGCTACTGAAAGTCAAGTTTGACCAGAAGAAGCGGGTCAAGTTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCAAGGGCTCTGGCTCATGAACTGGTTCTCCGTGTTGGCTGGCATCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCAAGGGCTCTGGCTCATGAACTGGTTCTCCGTGTTGGCTGGCATCATCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCTTCAGCCTAGGACTGTTCCTGAAGATTGAACTCCGAAAGAGGAGCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCTTCAGCCTAGGACTGTTCCTGAAGATTGAACTCCGAAAGAGGAGCGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGATGAATAATTCTGAGAGCCATTTTGTGCCCAACTCATTGATAGGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTGATGAATAATTCTGAGAGCCATTTTGTGCCCAACTCATTGATAGGGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGGGTGCTATCCTGTGTCTTCAACTCGCTGGCTGGGAAGATCTGCTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGGGTGCTATCCTGTGTCTTCAACTCGCTGGCTGGGAAGATCTGCTACG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ACGCCCTGGACCCAGCCAAGTATGCCAGATGGAAGCCCTGGCTGAAGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ACGCCCTGGACCCAGCCAAGTATGCCAGATGGAAGCCCTGGCTGAAGCCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 TACCTGGCTATCTGTGTCCTCTTCAACATCATCCTCTTCCTTGTGGCTCT
        ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 TACCTGGCTATCTGTGTTCTCTTCAACATCATCCTCTTCCTTGTGGCTCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 CTGCTGCTTTCTGCTTCGGGGCTCGCTGGAGAACACCCTGGGCCAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 CTGCTGCTTTCTGCTTCGGGGCTCGCTGGAGAACACCCTGGGCCAAGGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 TCAAGAACGGCATGAAGTACTACCGGGACACAGACACCCCTGGCAGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 TCAAGAACGGCATGAAGTACTACCGGGACACAGACACCCCTGGCAGGTGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TTCATGAAGAAGACCATCGACATGCTGCAGATCGAGTTCAAATGCTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TTCATGAAGAAGACCATCGACATGCTGCAGATCGAGTTCAAATGCTGCGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CAACAACGGTTTTCGGGACTGGTTTGAGATTCAGTGGATCAGCAATCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CAACAACGGTTTTCGGGACTGGTTTGAGATTCAGTGGATCAGCAATCGCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 ACCTGGACTTTTCCTCCAAAGAAGTCAAAGA         TCGAATCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100551 ACCTGGACTTTTCCTCCAAAGAAGTCAAAGAGTG...AAGTCGAATCAAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 AGCAACGTGGATGGGCGGTACCTGGTGGACGGCGTCCCTTTCAGCTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117734 AGCAACGTGGATGGGCGGTACCTGGTGGACGGCGTCCCTTTCAGCTGCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 CAATCCTAGCTCGCCACGGCCCTGCATCCAGTATCAGATCACCAACAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117784 CAATCCTAGCTCGCCACGGCCCTGCATCCAGTATCAGATCACCAACAACT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CAGCACACTACAGTTACGACCACCAGACGGAGGAGCTCAACCTGTGGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117834 CAGCACACTACAGTTACGACCACCAGACGGAGGAGCTCAACCTGTGGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 CGTGGCTGCAGGGCTGCCCTGCTGAGCTACTACAGCAGCCTCATGAACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117884 CGTGGCTGCAGGGCTGCCCTGCTGAGCTACTACAGCAGCCTCATGAACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CATGGGTGTCGTCACGCTCCTCATTTGGCTCTTCGAG         GTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 117934 CATGGGTGTCGTCACGCTCCTCATTTGGCTCTTCGAGGTA...CAGGTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCATTACAATTGGGCTGCGCTACCTACAGACGTCGCTGGATGGTGTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123832 CCATTACAATTGGGCTGCGCTACCTACAGACGTCGCTGGATGGTGTGTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 AACCCCGAGGAATCTGAGAGCGAGAGCGAGGGCTGGCTGCTGGAGAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||
 123882 AACCCCGAGGAATCTGAGAGCGAGAGCCAGGGCTGGCTGCTGGAGAGGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 CGTGCCGGAGACCTGGAAGGCCTTTCTGGAGAGTGTGAAGAAGCTGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123932 CGTGCCGGAGACCTGGAAGGCCTTTCTGGAGAGTGTGAAGAAGCTGGGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AGGGCAACCAGGTGGAAGCCGAGGGCGCAGGCGCAGGCCAGGCCCCAGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
 123982 AGGGCAACCAGGTGGAAGCCGAGGGCGCAGACGCAGGCCAGGCCCCAGAG

   1050     .
   1033 GCTGGC
        ||||||
 124032 GCTGGC