seq1 = pF1KB6440.tfa, 1035 bp
seq2 = pF1KB6440/gi568815581r_66112136.tfa (gi568815581r:66112136_66329379), 217244 bp

>pF1KB6440 1035
>gi568815581r:66112136_66329379 (Chr17)

(complement)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-241  (101184-101360)   100% ->
242-338  (103256-103352)   100% ->
339-415  (105606-105682)   100% ->
416-604  (108638-108826)   100% ->
605-784  (112413-112592)   100% ->
785-982  (114730-114927)   99% ->
983-1035  (117192-117244)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATTTCTCCAGTGCTCATCTTGTTCTCGAGTTTTCTCTGCCATGTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATTTCTCCAGTGCTCATCTTGTTCTCGAGTTTTCTCTGCCATGTTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TATTGCAGGACGGA         CCTGTCCCAAGCCAGATGATTTACCAT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 TATTGCAGGACGGAGTA...CAGCCTGTCCCAAGCCAGATGATTTACCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTTCCACAGTGGTCCCGTTAAAAACATTCTATGAGCCAGGAGAAGAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101211 TTTCCACAGTGGTCCCGTTAAAAACATTCTATGAGCCAGGAGAAGAGATT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACGTATTCCTGCAAGCCGGGCTATGTGTCCCGAGGAGGGATGAGAAAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101261 ACGTATTCCTGCAAGCCGGGCTATGTGTCCCGAGGAGGGATGAGAAAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATCTGCCCTCTCACAGGACTGTGGCCCATCAACACTCTGAAATGTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101311 TATCTGCCCTCTCACAGGACTGTGGCCCATCAACACTCTGAAATGTACAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242          CCAGAGTATGTCCTTTTGCTGGAATCTTAGAAAATGGAGCC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101361 GTA...CAGCCAGAGTATGTCCTTTTGCTGGAATCTTAGAAAATGGAGCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GTACGCTATACGACTTTTGAATATCCCAACACGATCAGTTTTTCTTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103297 GTACGCTATACGACTTTTGAATATCCCAACACGATCAGTTTTTCTTGTAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACTGG         GTTTTATCTGAATGGCGCTGATTCTGCCAAGTGCA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103347 CACTGGGTA...CAGGTTTTATCTGAATGGCGCTGATTCTGCCAAGTGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGAGGAAGGAAAATGGAGCCCGGAGCTTCCTGTCTGTGCTC        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 105641 CTGAGGAAGGAAAATGGAGCCCGGAGCTTCCTGTCTGTGCTCGTA...CA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    416  CCATCATCTGCCCTCCACCATCCATACCTACGTTTGCAACACTTCGTGT
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108637 GCCATCATCTGCCCTCCACCATCCATACCTACGTTTGCAACACTTCGTGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTATAAGCCATCAGCTGGAAACAATTCCCTCTATCGGGACACAGCAGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108687 TTATAAGCCATCAGCTGGAAACAATTCCCTCTATCGGGACACAGCAGTTT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGAATGTTTGCCACAACATGCGATGTTTGGAAATGATACAATTACCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108737 TTGAATGTTTGCCACAACATGCGATGTTTGGAAATGATACAATTACCTGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 ACGACACATGGAAATTGGACTAAATTACCAGAATGCAGGG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 108787 ACGACACATGGAAATTGGACTAAATTACCAGAATGCAGGGGTA...TAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AGTAAAATGCCCATTCCCATCAAGACCAGACAATGGATTTGTGAACTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112414 AGTAAAATGCCCATTCCCATCAAGACCAGACAATGGATTTGTGAACTATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CTGCAAAACCAACACTTTATTACAAGGATAAAGCCACATTTGGCTGCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112464 CTGCAAAACCAACACTTTATTACAAGGATAAAGCCACATTTGGCTGCCAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 GATGGATATTCTCTGGATGGCCCGGAAGAAATAGAATGTACCAAACTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112514 GATGGATATTCTCTGGATGGCCCGGAAGAAATAGAATGTACCAAACTGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AAACTGGTCTGCCATGCCAAGTTGTAAAG         CATCTTGTAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||| 
 112564 AAACTGGTCTGCCATGCCAAGTTGTAAAGGTA...CAGCATCTTGTAAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TACCTGTGAAAAAAGCCACTGTGGTGTACCAAGGAGAGAGAGTAAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114742 TACCTGTGAAAAAAGCCACTGTGGTGTACCAAGGAGAGAGAGTAAAGATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CAGGAAAAATTTAAGAATGGAATGCTACATGGTGATAAAGTTTCTTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114792 CAGGAAAAATTTAAGAATGGAATGCTACATGGTGATAAAGTTTCTTTCTT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CTGCAAAAATAAGGAAAAGAAGTGTAGCTATACAGAGGATGCTCAGTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114842 CTGCAAAAATAAGGAAAAGAAGTGTAGCTATACAGAGGATGCTCAGTGTA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TAGATGGCACTATCGAAGTCCCCAAATGCTTCAAGG         AACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 114892 TAGATGGCACTATCGAAGTCCCCAAATGCTTCAAGGGTA...CAGAACAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    988 AGTTCTCTGGCTTTTTGGAAAACTGATGCATCCGATGTAAAGCCATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117197 AGTTCTCTGGCTTTTTGGAAAACTGATGCATCCGATGTAAAGCCATGC