seq1 = pF1KB6439.tfa, 942 bp
seq2 = pF1KB6439/gi568815597f_39640164.tfa (gi568815597f:39640164_39862621), 222458 bp

>pF1KB6439 942
>gi568815597f:39640164_39862621 (Chr1)

1-31  (98738-98768)   100% ->
32-130  (100002-100100)   100% ->
131-174  (101203-101246)   100% ->
175-201  (101732-101758)   100% ->
202-283  (103053-103134)   100% ->
284-384  (103661-103761)   100% ->
385-508  (105212-105335)   100% ->
509-694  (108740-108925)   100% ->
695-837  (112747-112889)   100% ->
838-942  (122354-122458)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCACCACCAAGCGCGTCTTGTACGTGG         GTGGACTGGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
  98738 ATGGCCACCACCAAGCGCGTCTTGTACGTGGGTG...CAGGTGGACTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AGAGGAAGTGGACGACAAAGTTCTTCATGCTGCGTTCATTCCTTTTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100012 AGAGGAAGTGGACGACAAAGTTCTTCATGCTGCGTTCATTCCTTTTGGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACATCACAGATATTCAGATTCCTCTGGATTATGAAACAG         AA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 100062 ACATCACAGATATTCAGATTCCTCTGGATTATGAAACAGGTG...TAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAGCACCGAGGATTTGCTTTTGTTGAATTTGAGTTGGCAGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101205 AAGCACCGAGGATTTGCTTTTGTTGAATTTGAGTTGGCAGAGGTG...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    175  GATGCTGCAGCAGCTATCGACAACATG         AATGAATCTGAGC
        >|||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 101731 GGATGCTGCAGCAGCTATCGACAACATGGTA...CAGAATGAATCTGAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    215 TTTTTGGACGTACAATTCGTGTCAATTTGGCCAAACCAATGAGAATTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103066 TTTTTGGACGTACAATTCGTGTCAATTTGGCCAAACCAATGAGAATTAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 GAAGGCTCTTCCAGGCCAG         TTTGGTCAGATGATGACTGGTT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 103116 GAAGGCTCTTCCAGGCCAGGTG...CAGTTTGGTCAGATGATGACTGGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    306 GAAGAAGTTTTCTGGGAAGACGCTTGAAGAGAATAAAGAGGAAGAAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103683 GAAGAAGTTTTCTGGGAAGACGCTTGAAGAGAATAAAGAGGAAGAAGGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 CAGAGCCTCCCAAAGCAGAGACCCAGGAG         GGAGAGCCCATT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 103733 CAGAGCCTCCCAAAGCAGAGACCCAGGAGGTG...TAGGGAGAGCCCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    397 GCTAAAAAGGCCCGCTCAAATCCTCAGGTGTACATGGACATCAAGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105224 GCTAAAAAGGCCCGCTCAAATCCTCAGGTGTACATGGACATCAAGATTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    447 GAACAAGCCGGCTGGCCGCATCCAGATGCTCCTGCGTTCTGATGTCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105274 GAACAAGCCGGCTGGCCGCATCCAGATGCTCCTGCGTTCTGATGTCGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    497 CCATGACAGCAG         AGAATTTCCGCTGCCTGTGCACTCATGAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105324 CCATGACAGCAGGTG...CAGAGAATTTCCGCTGCCTGTGCACTCATGAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    538 AAGGGCTTTGGCTTTAAGGGAAGCAGCTTCCACCGCATCATCCCCCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108769 AAGGGCTTTGGCTTTAAGGGAAGCAGCTTCCACCGCATCATCCCCCAGTT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 CATGTGCCAGGGCGGTGATTTCACAAACCACAATGGCACTGGGGGCAAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108819 CATGTGCCAGGGCGGTGATTTCACAAACCACAATGGCACTGGGGGCAAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CCATCTATGGGAAGAAGTTCGATGATGAAAACTTTATCCTCAAGCATACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108869 CCATCTATGGGAAGAAGTTCGATGATGAAAACTTTATCCTCAAGCATACG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGACCAG         GTCTACTATCCATGGCCAACTCTGGCCCAAACAC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108919 GGACCAGGTA...CAGGTCTACTATCCATGGCCAACTCTGGCCCAAACAC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    729 CAATGGCTCTCAGTTCTTCCTGACATGTGACAAGACAGACTGGCTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112781 CAATGGCTCTCAGTTCTTCCTGACATGTGACAAGACAGACTGGCTGGATG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GCAAGCATGTGGTGTTTGGAGAGGTCACCGAAGGCCTAGATGTCTTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112831 GCAAGCATGTGGTGTTTGGAGAGGTCACCGAAGGCCTAGATGTCTTGCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAAATTGAG         GTTGCCCCAGATACCAAGGCATCAAAAGCCAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 112881 CAAATTGAGGTA...AAGGTTGCCCCAGATACCAAGGCATCAAAAGCCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 GGGATCCAGAAAAAACAAAGATGGCCAAGAGAGAAACTGGGGGAAAAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122386 GGGATCCAGAAAAAACAAAGATGGCCAAGAGAGAAACTGGGGGAAAAGCC

   1000     .    :    .    :
    920 AAAAGGTTGAGAGCCACACCATC
        |||||||||||||||||||||||
 122436 AAAAGGTTGAGAGCCACACCATC