seq1 = pF1KB6434.tfa, 1032 bp
seq2 = pF1KB6434/gi568815596f_70970501.tfa (gi568815596f:70970501_71278770), 308270 bp

>pF1KB6434 1032
>gi568815596f:70970501_71278770 (Chr2)

1-29  (98184-98212)   100% ->
30-114  (100002-100086)   100% ->
115-213  (100241-100339)   100% ->
214-355  (101186-101327)   100% ->
356-466  (102141-102251)   100% ->
467-579  (102982-103094)   100% ->
580-667  (105055-105142)   100% ->
668-765  (106104-106201)   100% ->
766-844  (107058-107136)   100% ->
845-1032  (107818-108005)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGCGATCTATGGGGGTGTAGAGGG         GGGAGGCACACG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
  98184 ATGGCCGCGATCTATGGGGGTGTAGAGGGGTG...TAGGGGAGGCACACG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 ATCCGAGGTCCTTTTAGTCTCAGAGGATGGGAAGATCCTGGCAGAAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100014 ATCCGAGGTCCTTTTAGTCTCAGAGGATGGGAAGATCCTGGCAGAAGCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATGGACTGAGCACAAACCACTGG         CTGATCGGGACAGACAAG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 100064 ATGGACTGAGCACAAACCACTGGGTA...CAGCTGATCGGGACAGACAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 TGTGTGGAGAGGATCAATGAGATGGTGAACAGGGCCAAACGGAAAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100259 TGTGTGGAGAGGATCAATGAGATGGTGAACAGGGCCAAACGGAAAGCAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGTGGATCCTCTGGTACCGCTGCGAAGCTTG         GGCCTATCTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100309 GGTGGATCCTCTGGTACCGCTGCGAAGCTTGGTG...TAGGGCCTATCTC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 TGAGCGGTGGGGACCAGGAGGACGCGGGGAGGATCCTGATCGAGGAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101196 TGAGCGGTGGGGACCAGGAGGACGCGGGGAGGATCCTGATCGAGGAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AGGGACCGATTTCCCTACCTGAGTGAAAGCTACTTAATCACCACCGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101246 AGGGACCGATTTCCCTACCTGAGTGAAAGCTACTTAATCACCACCGATGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CGCCGGCTCCATCGCCACAGCTACACCGGATG         GTGGAGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 101296 CGCCGGCTCCATCGCCACAGCTACACCGGATGGTG...CAGGTGGAGTTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TGCTCATATCTGGAACAGGCTCCAACTGCAGGCTCATCAACCCTGATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102150 TGCTCATATCTGGAACAGGCTCCAACTGCAGGCTCATCAACCCTGATGGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 TCCGAGAGTGGCTGCGGCGGCTGGGGCCATATGATGGGTGATGAGGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102200 TCCGAGAGTGGCTGCGGCGGCTGGGGCCATATGATGGGTGATGAGGGTTC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AG         CCTACTGGATCGCACACCAAGCAGTGAAAATAGTGTTTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102250 AGGTG...CAGCCTACTGGATCGCACACCAAGCAGTGAAAATAGTGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 ACTCCATTGACAACCTAGAGGCGGCTCCTCATGATATCGGCTACGTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103021 ACTCCATTGACAACCTAGAGGCGGCTCCTCATGATATCGGCTACGTCAAA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CAGGCCATGTTCCACTATTTCCAG         GTGCCAGATCGGCTAGG
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 103071 CAGGCCATGTTCCACTATTTCCAGGTA...CAGGTGCCAGATCGGCTAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 GATACTCACTCACCTGTATAGGGACTTTGATAAATGCAGGTTTGCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105072 GATACTCACTCACCTGTATAGGGACTTTGATAAATGCAGGTTTGCTGGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TTTGCCGGAAAATTGCAGAAG         GTGCTCAGCAGGGAGACCCC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 105122 TTTGCCGGAAAATTGCAGAAGGTA...CAGGTGCTCAGCAGGGAGACCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 CTTTCCCGCTATATCTTCAGGAAGGCTGGGGAGATGCTGGGCAGACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106124 CTTTCCCGCTATATCTTCAGGAAGGCTGGGGAGATGCTGGGCAGACACAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CGTAGCAGTGTTGCCCGAGATTGACCCG         GTCTTGTTCCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106174 CGTAGCAGTGTTGCCCGAGATTGACCCGGTG...CAGGTCTTGTTCCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    779 GCAAGATTGGACTCCCCATCCTGTGCGTGGGCTCTGTGTGGAAGAGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107071 GCAAGATTGGACTCCCCATCCTGTGCGTGGGCTCTGTGTGGAAGAGCTGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GAGCTGCTGAAGGAAG         GTTTTCTTTTGGCGCTGACCCAGGG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||| ||||||||||||||||
 107121 GAGCTGCTGAAGGAAGGTG...CAGGTTTTCTTCTGGCGCTGACCCAGGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    870 CAGAGAGATCCAGGCTCAGAACTTCTTCTCCAGCTTCACCCTGATGAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107843 CAGAGAGATCCAGGCTCAGAACTTCTTCTCCAGCTTCACCCTGATGAAGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGAGGCACTCCTCCGCTCTGGGTGGGGCCAGCCTAGGGGCCAGGCACATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107893 TGAGGCACTCCTCCGCTCTGGGTGGGGCCAGCCTAGGGGCCAGGCACATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGGCACCTCCTCCCCATGGACTATAGCGCCAATGCCATTGCCTTCTATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107943 GGGCACCTCCTCCCCATGGACTATAGCGCCAATGCCATTGCCTTCTATTC

   1100     .    :
   1020 CTACACCTTTTCC
        |||||||||||||
 107993 CTACACCTTTTCC